针对战时决策复杂性、专业性强的特点，内阁还创新性建立“专家咨询机制”，打破“闭门议事”的局限。萧燊下旨，邀请太师萧景、太傅林文昭、少师魏长风等深谙军国要务的资深元老，及国子监祭酒孔学礼、工部营缮清吏司郎中徐策等在各领域有深厚造诣的专业人才，组成战时决策咨询团，参与重大决策议事。在审议西北烽火台加固与延伸方案时，内阁专门邀请魏长风少师、西北副总兵赵烈等熟悉边防事务的专家参会。魏长风结合前朝边防建设经验，提出“烽火台需增设了望塔与防御工事，兼具预警与防守功能，可在关键节点设置屯兵点，形成联防体系”的建议；赵烈则结合实战经验，提出烽火台间距、信号传递方式等优化建议。这些建议被内阁充分采纳，大幅提升了方案的实用性与可行性。
议事过程中，阁臣们也主动打破“论资排辈、唯上是从”的传统陋习，鼓励畅所欲言、各抒己见，形成了“群策群力、求真务实”的良好氛围。李云岫身为新任大学士，资历尚浅，但敢于直面问题，针对漕运与军需转运协同不畅的问题，提出“漕运与驿马转运联动机制”，建议在关键节点设立转运枢纽，实现粮草快速交接转运。此方案虽与部分资深阁臣的初始想法不同，但经充分讨论，因其务实高效、可操作性强，最终被内阁采纳推行；秦书言、苏晚卿等新锐官员，借助双线联络机制，将前线实际需求与基层情况带入内阁议事，为决策提供了精准的基层依据，彻底改变了此前“中枢决策脱离实际、闭门造车”的弊病。
在审议沿海抗倭战船改良方案时，内阁更是广开言路，邀请水师参将海正刚、工部徐策郎中、海外交流使团成员等多方人员共同议事。海正刚结合多年抗倭实战经验，直言当前战船存在航速慢、火力弱、抗风浪能力差等问题，提出战船需提升航速与火力配置、优化船体结构的建议；徐策从技术层面分析改良可行性，详细阐述了战船木料选择、火炮装配、船体设计等关键技术要点；海外交流使团成员则分享了海外先进战船的设计理念与建造工艺，为战船改良提供了新思路。各方观点碰撞融合，相互补充，最终确定的改良方案，既充分适配沿海作战环境，又融合了先进技术，战船改良完成后，战力较此前提升三成，为后续抗倭胜利奠定了坚实基础。
革新后的议事方式，让内阁决策更加科学精准、务实高效。萧燊亲自前往内阁议事现场观摩，见阁臣与专家、前线官员各抒己见、坦诚交流，最终形成切实可行之良策，欣慰不已，对诸卿说道：“诸卿今日议事，既有资深元老的经验加持，又有一线官员的实际洞察，还有专业人才的技术支撑，如此集思广益、求真务实，方能定出经得起实战检验的良策。今后内阁议事，当始终保持这般务实之风，广纳贤言，共商国是。”
内阁效能提升整顿的成效，很快便在双线御敌的实战中得到充分检验。时值深秋，北风卷地，鞑靼可汗亲率三万精锐骑兵，突袭西北重镇宣府。宣府乃西北边防门户，一旦失守，西北防线将全线动摇。宣府总兵石勇率部顽强抵抗，浴血守城，但鞑靼兵力雄厚、攻势猛烈，守军渐渐不支，石勇紧急上书求援，奏折以八百里加急星夜送往中枢。奏折抵达内阁后，战时统筹司第一时间启动情报整合工作，将石勇求援奏折、玄夜卫侦得的鞑靼兵力部署情报、西北边防兵力分布情况等快速汇总分析，形成精准情报简报：鞑靼主力集中于宣府东门，全力攻城；西北边防其他区域兵力空虚，无增援之力；我方西北主力距宣府两日路程，京营卫所兵力可一日内驰援宣府。
内阁当即启动紧急议事流程，李云岫大学士牵头，快速召集核心阁臣会商，结合情报简报与前线需求，迅速拟定救援方案：令京营镇国将军卫凛率一万精锐铁骑，星夜驰援宣府，从侧翼发起佯攻，牵制鞑靼主力，缓解宣府守城压力；令西北副总兵赵烈率两万兵力，从鞑靼后方迂回包抄，切断其退路与粮草补给线；令户部尚书谢明加急调配宣府周边州县粮草，组织加急转运，保障救援军队与宣府守军补给；令工部侍郎冯衍调拨一批最新改良火炮，由驿马快速运往宣府，增强守军火力。整个议事过程仅用一个时辰，决策指令便快速下发至各部门、各军营。
各部门、各将领接到指令后，快速响应，高效执行。卫凛将军接旨后，即刻集结京营精锐铁骑，下令“人不卸甲、马不停蹄”，星夜驰援，一日内便抵达宣府外围，按计划发起佯攻，鼓声震天，杀声四起，成功牵制了鞑靼主力攻城兵力；赵烈副总兵则迅速整合兵力，隐蔽行军，按计划从鞑靼后方迂回包抄，成功切断了鞑靼的退路与粮草补给线，令鞑靼军心动摇；谢明尚书协调的宣府周边粮草，提前一日抵达宣府，保障了守军与援军的粮食供应；冯衍侍郎调拨的改良火炮也及时送达，守军借助先进火炮，大幅提升了防御火力，有效压制了鞑靼攻势。石勇总兵见援军及时赶到，军心大振，当即下令开城反击，与卫凛、赵烈所部内外夹击，奋勇冲杀。鞑靼军腹背受敌、粮草断绝，大败而逃，此役共歼敌五千余人，成功击退鞑靼大军，守住了宣府重镇。
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