遂下令将二人押至营地广场，召集全体将士，当众宣布其罪状。毅龙立于高台之上，神色威严，厉声训道：“‘令严方可以肃兵威，命重始足以整纲纪’，军纪乃军队之根本，无严明军纪，则无精锐之师。尔等皆为国家将士，当以忠义为本，以军纪为纲，奋勇杀敌，报效国家。今此二人，竟敢无视军纪，克扣粮草，中饱私囊，此乃对国家不忠，对将士不义！本帅今日将其斩首示众，以儆效尤！”言毕，下令行刑。两颗头颅落地，将士们皆凛然敬畏，无人敢有异动。毅龙又曰：“凡敢触犯军纪、损害军威、背叛国家者，无论官职大小，一律严惩不贷！希望诸位将士引以为戒，严守军纪，同心同德，共破倭贼！”将士们齐声应诺，声震四方。
柳清臣见状，甚为赞许，遂协助郑毅龙，结合水师作战特点，制定了严格的舰队军纪，明确将士们的言行规范、作战职责、奖惩机制：凡奋勇作战、战功卓着者，予以嘉奖、晋升；凡临阵退缩、畏敌避战者，予以严惩；凡欺压百姓、劫掠民财者，以军法处置；凡浪费粮草、损坏军械者，按情节轻重追责。同时，清臣在营地与码头设立举报点，鼓励将士与百姓举报违纪行为，确保军纪得到有效执行。
在柳清臣的督导与严格军纪的约束下，舰队风气焕然一新。将士们纪律严明，作风优良，无克扣粮草、欺压百姓、懈怠训练之事，皆恪守职责，刻苦操练，团结协作，形成了令行禁止、奋勇争先的良好氛围。郑毅龙见军纪整肃，军心稳固，心中甚慰，知舰队已具备决战之姿。
一月训练期满，东海舰队已脱胎换骨，战船精良，军械充足，将士精锐，战术娴熟，军纪严明，已然具备与倭贼主力决战的实力。消息传至京师，帝萧燊大喜，遂决定亲赴宁波，检阅舰队，慰问将士，正式任命统帅，鼓舞军心。帝率蒙傲、秦昭、冯衍等重臣，驾临宁波，沿海百姓夹道相迎，盛况空前。
抵达宁波码头时，郑毅龙率全体舰队将士，身着铠甲，列队迎接。码头之上，战船整齐排列，帆樯如林，旌旗蔽日，火炮林立，将士们精神抖擞，甲胄鲜明，手持戈矛，肃立待命。帝登岸，毅龙率诸将跪地叩拜，将士们齐声高呼“吾皇万岁万岁万万岁”，声震海疆，久久不息。帝扶起毅龙，曰：“郑元帅训练有方，舰队精锐善战，朕心甚慰。”随后，帝登上旗舰，毅龙陪同检阅舰队。
检阅开始，舰队将士依次演练编队布阵、火力打击与登舰作战科目。百艘战船穿梭有序，阵型变换自如；火炮轰鸣，精准击中靶船；将士们奋勇登舰，格斗娴熟，展现出极强的战力与高昂的士气。帝立于旗舰船头，见舰队气势如虹，将士们奋勇争先，龙颜大悦，对毅龙曰：“郑元帅，朕观此军，威武雄壮，纪律严明，实乃精锐之师。有此强军，必能荡平倭患，永固海疆。”毅龙躬身曰：“此乃陛下圣德，诸臣协力，将士用命之功，臣不敢独揽。”
检阅结束后，帝在旗舰上举行授帅仪式，文武百官与舰队诸将分列两侧，气氛庄严。内侍捧上帅印与尚方宝剑，帝亲手授予郑毅龙，厉声说道：“朕赐你帅印，节制全国水师，凡沿海诸卫水师，皆听你调遣；赐你尚方宝剑，遇不听调遣、畏敌避战、贪墨舞弊者，可先斩后奏，无需禀奏朕知。朕命你率舰队挥师东海，直指倭巢，彻底荡平倭寇主力，还我大吴海疆安宁，护我黎民百姓周全！”
郑毅龙跪地接帅印与尚方宝剑，高举过头顶，高声应道：“臣郑毅龙，接旨谢恩！臣定当竭尽所能，率舰队将士，奋勇杀敌，冲锋陷阵，扫平倭患，荡平倭巢，鞠躬尽瘁，死而后已，绝不辜负陛下重托，绝不辜负百姓期盼！”全体将士亦齐声高呼“荡平倭患，永固海疆”，誓言响彻海面，震彻云霄。帝又对随行重臣曰：“诸位需继续各司其职，全力支持郑元帅决战倭寇，中枢与地方同心协力，粮草、军械、情报一一保障到位，必能成就此千秋功业。”大臣们躬身应诺，纷纷表示将鼎力相助。
授帅仪式结束后，帝启程返回京师，郑毅龙即刻召集诸将与徐策、柳清臣等人，召开战前部署会议，统筹决战事宜。帅府之内，舆图铺展，毅龙按图指划，沉声说道：“倭贼主力盘踞在东海琉球群岛附近，筑有坚固巢穴，战船约百艘，士卒四万余人，且熟悉当地海域地形，战力不容小觑。我军虽强，但亦不可轻敌。今定方略：先遣斥候探查倭贼动向，再分兵部署，伺机发起总攻。”
玄夜卫指挥使陆冰，当即奏曰：“臣已派精锐情报人员十余人，乔装成渔民，深入东海琉球群岛附近，探查倭贼水师兵力部署、战船性能、粮草储备、防御工事及进出路线等情报，一旦有消息，即刻传回帅府。”毅龙点头，又令钱海生：“汝率游击舰队十艘，沿东海海域巡逻，扩大侦查范围，搜集倭贼情报，同时防范倭贼突袭，确保我军侧翼安全，遇小股倭贼，可相机歼灭，不可恋战，及时回报。”海生领命而去。
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