革新之首务，在明阁臣权责，立“首辅统筹、阁臣分职”之核心架构。经内阁议决、奏请圣裁，命三朝元老周伯衡（时居首席阁老，后致仕）总掌内阁全局，统筹庶务决策，调和阁臣之歧、中枢与诸司之隙，为内阁之核心。周伯衡于首次权责划分会议上，申谕众臣：“首辅之责，在定方向、协分歧、掌全局，非事必躬亲，乃使诸卿各展其长、各尽其职，共襄国政而已。”
权责之案，寻即敲定：杨启仍掌监察，协理都察院整肃官风，兼督内阁议事纪律、决策执行，确保举措落地无违；张伏专司地方，统筹牧守迁转、民生工程、灾区赈济，牵头对接地方布、按二司，采撷疆场诉求，反馈地方舆情；杨璞精研律法，除主持律典修订外，增内阁决策合规审核之责，确保凡有决议，皆合邦法；李云岫长于民生、漕运，掌民生举措拟定、漕运统筹之事，协张伏对接地方民生实务。
为杜权责交叉之弊，内阁复撰《阁臣权责明细册》，明定诸臣管辖之界、议事之权、对接之司，标注权责分野与协同流程。譬如，地方官员考核之事，由杨启（监察）与张伏（地方）协理，杨启督考核之纪，张伏定考核之标、行结果之用；民生政策合规审核，由杨璞（律法）与李云岫（民生）联署把关，务使政策合法而合民需。
权责既明，诸臣各司其职、协济高效。一日，河南巡抚柳恒上表，乞调粮种、农具，推广“分段育苗法”。此案由张伏牵头对接，李云岫协核粮种、农具之需；杨启遣御史督查调拨之纪；杨璞审核流程之规；周伯衡统筹协调户部，落实资金物资。各环节衔接无滞，仅三日即完成审批，粮种、农具星夜运往河南。柳恒得物资后，感慨上疏：“内阁权责明晰，协济高效，地方政务，今无滞碍之虞矣！”
未几，周伯衡以年高乞骸骨，萧燊准其奏，同时颁诏，明定内阁首辅统筹之制，后续首辅，由阁臣共推、圣裁任命，以固“首辅统筹、阁臣分职”之架构。此协济之式，为内阁高效运转，筑牢根基。
权责既定，内阁复规议事之程，立“集体议事、高效决策”之制，完善议事记录与决策追溯之法。经诸臣共议，撰《内阁议事规程》，明定议事之时、议事之界、参会之人、表决之式、记录归档之则，使议事有章可循，无复从前之紊乱。
议事之时，立“每日晨会、每旬例会、遇事特会”之制：每日昧旦，召开短会，汇总昨日政务、部署今日庶务；每旬望日，召开例会，议重大政务、核政策议案、听诸司汇报；遇边情、灾荒等急务，任一阁臣皆可提议，召开临时特会，速决速行。参会之人，依议事内容而定，除阁臣外，需对接之六部堂官、地方牧守，可受邀列席，以保信息对称，无有壅蔽。
决策之式，行“集体商议、首辅定夺、少数留痕”之制：凡重大政务，必经诸臣共议，各抒己见，详陈依据；议毕，由首辅综核众论，定夺最终决策；若有阁臣持异见，需详载于议事记录，既保决策之周详，亦尊异见之声。昔议“西北边防堡寨修缮经费调配”，李云岫以民生为重，建议减部分堡寨修缮之费；兵部尚书秦昭（列席）以边防为要，力主足额拨付，双方辩难再三。周伯衡综核边情与民生，定议“适度增边防之费，复从冗费中调剂补充民生”，李云岫之异见，详载于册，以备后查。
为保决策可追溯，设专职议事记录官，择中书省精干之臣任之，详录议事全程，包括参会之人、议事之要、诸臣言旨、决策之果、异见之辞，记录既毕，需诸参会阁臣签字确认，方可归档藏于内阁秘档库，专人管理。若需查阅（如决策执行有差、后续修策参考），必履严格借阅之仪，确保追溯有据。
《内阁议事规程》推行之后，内阁议事效率大增，决策规范愈彰，昔日“久议不决、决策无据”之弊，尽皆涤荡。都察院左都御史虞谦，巡查内阁政务后，上疏萧燊：“内阁议事有规，决策有度，记录有凭，实为中枢理政之典范。”帝阅后欣慰，令六部仿内阁之式，规范本司议事之程。
内阁协济之制臻于成熟，尤赖与六部、地方之顺畅联动。昔者“上下壅塞、政令梗阻”，为治国大患。内阁遂牵头，立中枢与六部、地方常态化沟通之制，筑“中枢—六部—地方”三级联动之桥，使政策拟定合于实情，推行高效无阻。
内阁与六部之沟通，立“对口对接、定期会商”之制：诸阁臣各对应六部，形成固定对接之谊——杨启对接都察院、吏部（监察与吏治），张伏对接户部、工部（地方实务与工程），杨璞对接刑部、礼部（律法与礼仪），李云岫对接户部、工部（民生与漕运），首辅总揽全局，对接尚书令楚崇澜。每月中旬，阁臣与对应六部堂官，召开会商之会，通报进展、对接庶务、反馈困阻、共商对策。
譬如，杨启与吏部左侍郎宋景初、右侍郎沈从之，每月定期会商官员考核与吏治整顿之事。杨启反馈监察所获官员违规之弊，宋、沈二卿汇报官员考核进度与冗员裁撤之况，三方共议考核标准之优化、违规官员之处置，确保吏治整顿协济推进。户部尚书谢明与张伏、李云岫之会商，更趋常态化，每日皆有专人对接，及时沟通财赋收支、物资调配、民生经费保障之事，使国帑用之有当，精准赋能诸般政务。
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