中平元年（184年），黄巾首领张角在魏郡起事（参见：黄巾起义）。由于这次起义八州并发，所以来势迅猛，起义火焰很快燃遍了整个中原地区。百姓风起响应。起义军所到之处，焚烧郡县官府，处死地方官员。官吏豪强抱头鼠窜，刘氏江山摇摇欲坠。在三十六方一旦俱发的起义声威面前，东汉统治者惶恐不安。他们调动一切力量，对起义军进行镇压。车骑将军皇甫嵩、中郎将朱儁奉调围剿威胁洛阳的黄巾军波才部。朱儁奏请孙坚担任佐军司马。孙坚把他的家眷都留在九江郡寿春县 ，在淮、泗一带招募了一些士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千人。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。
孙坚作战悍猛，常置生死于度外。一次，他乘胜追敌，单骑深入，失利，受伤堕马，卧于草中。当时，军众分散，不知他在什么地方。亏得他所乘战马跑回军营，咆哮嘶鸣。将士们随马找去，才在草中发现了孙坚。孙坚回营养了十几天，伤势略好，又奔赴疆场。
汝颍的黄巾军，处于困境，无路可走，固守宛城。孙坚领兵进攻，他独当一面，亲冒矢石，率先登上城墙。他的部众受此鼓励，纷纷紧随其后，于是，攻下了宛城。朱儁把孙坚的事迹全部呈报给朝廷，朝廷任命孙坚为别部司马。
边章、韩遂在凉州制造骚乱，中郎将董卓前往抵御讨伐，未见成效。中平三年（186年），朝廷派司空张温代理车骑将军，西讨边章等乱兵。张温奏请孙坚参军事。
张温率部驻扎长安，用诏书召见董卓，董卓拖延时间，过了好半天才来。张温责备他，他应对时，出言不逊。 当时，孙坚正好在座，见此情形，便走到张温旁边，跟张温耳语说：“董卓不害怕自己有罪反而出言狂妄，应当以不按时应召前来之罪，按军法杀掉他。”张温说：“董卓一向在陇、蜀一带享有威名，现在杀掉他，西进讨伐没有依靠了。”孙坚说：“您亲领皇家军队，威震天下，还依赖什么董卓？看董卓今天的谈话，并不想听您的，轻上无礼，是第一条罪状。边章、韩遂胡作非为已一年多，应当及时进讨，而董卓反说不可，沮丧军心，疑惑将士，是第二条罪状。董卓接受重任而毫无战功，召其前来又滞缓不前，反倒狂妄自傲，是第三条罪状。古代名将，带兵临阵，无不果断地斩处违犯军纪者，来显扬威严，故此有了穰苴斩庄贾、魏绛杀杨干的事。现在您对董卓留情，不立即斩杀，如此必然使军威受到损亏。”张温不忍心执行军法，于是就说：“你暂时先回营，免得董卓会怀疑你。”
十一月，张温破北宫伯玉于美阳，因遣荡寇将军周慎追击之，围榆中；又遣中郎将董卓讨先零羌。慎、卓并不克。而且周慎几乎全军覆没，唯董卓以全军还。但好多人听说孙坚指陈董卓三条罪状，劝张温诛杀他，都为之叹息。于是，朝廷拜孙坚为议郎。
中平四年（187年），长沙人区星反叛，自称将军，聚众一万多人，攻围城邑。朝廷任命孙坚为长沙太守，前往剿灭。孙坚到郡，检选循吏，使之治民，并且明白交代：“你们只管好好对待善良百姓，好好处理官曹文书，按规矩办事。至于郡中盗贼，交我负责好了！”他说到做到，立即率领将士，谋划方略，仅一个月的工夫，就打败了区星，郡中震服。
当时，周朝、郭石等人也在零陵、桂阳一带起义，与区星遥相呼应。孙坚就越过郡界，前往征讨。这样一来，三个郡都得到了平定，秩序井然。
庐江太守陆康的侄儿当时任宜春县令，被敌兵所攻，派人向孙坚求救。主簿劝孙坚不要越界征讨。孙坚回答：“太守我没有什么文德，只以征伐为功。越界征讨，是为保全郡国。倘若以此获罪，我无愧于天下！”于是，整顿部伍，起兵驰援，敌人听说孙坚要来，闻风逃遁。 汉卫朝检录孙坚前后战功，封他为乌程侯。
汉灵帝驾崩，大将军何进与十常侍争权同归于尽，董卓废少帝刘辩，改立陈留王刘协为帝，掌握朝中大权，在京城横行跋扈，恣意妄为。孙坚闻知，拊膺长叹：“如果当年张温听了我的话，朝廷哪会有这场浩劫！”
孙坚举兵形势
天下诸多州郡，纷纷兴兵讨伐董卓。孙坚也参与其事。孙坚起兵不久，便做了两件大事。兵到荆州，逼死了荆州刺史王睿；兵到南阳，杀掉了南阳太守张咨。
王睿曾和孙坚一起平定零陵、桂阳。因为孙坚是武官，所以，他在言谈中，常常流露轻蔑之意。对此，孙坚早就心存不满。王睿又与武陵太守曹寅合不来。这次举兵讨伐董卓，王睿宣称要先杀曹寅。曹寅害怕被杀，便假冒案行使者光禄大夫温毅的檄文，下达给孙坚，檄文中数说王睿的罪过，命令孙坚将他处死。孙坚领受檄文，立即起兵前往。
王睿闻知有军队到来，登楼观望，并派人询问这些兵来此的意图。孙坚的前部回答：“我们长久奔波在外。劳苦不堪，所得的赏赐，还不够做衣服呢。这次来，不过是想请您开恩，再赏些财物。”王睿信以为真，说道：“这有何难，我做刺史的，难道还去吝啬吗？”当下传令打开库藏，让兵士们自己进去，看还有什么东西可资用度。
等到来兵涌到楼下，王睿才发现了孙坚，大惊，忙问：“士兵们自来请求赏赐，孙府君怎么也在这里？”孙坚回答：“奉案行使者檄文，特来取你的首级。”王睿又问：“我犯了什么罪？”孙坚回答：“在下我也不知道！”王睿走投无路，刮金饮之而死。
孙坚逼杀王睿之后，引军到达南阳。下公文给南阳太守张咨，请他供应军粮。当时孙坚部下已有数万人，袁术也已上表，奏请以孙坚为代理中郎将。张咨问手下人应该如何对待。手下人说：“孙坚不过是邻郡的一个太守，他无权调发我们的粮饷。”张咨认为言之有理，于是，对孙坚不加理睬。
孙坚以牛酒为礼物去拜访张咨，张咨第二天只好也来答谢。孙坚设宴款待，酒酣，孙坚的主簿进来禀报：“前有文书传给南阳太守，但至今道路尚未修整，军用钱粮尚未备足，请将他逮捕交付主簿问个明白。”张咨见势头不好，想要离去。但四周已布满士兵，根本无路可走。一会儿工夫，主簿又进来向孙坚请示：“南阳太守稽停义兵，使贼不时讨，请收出案军法从事”。说着，便令部下将张咨推出军门斩首。 南阳郡府官员大为震惊，从此，孙坚的部队想要什么，就有什么。
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