永光三年（庚辰，公元前41年）
春天二月，冯奉世平定羌族叛乱后回到京城长安，被改任为左将军，并被赐予关内侯的爵位。
三月，汉元帝立皇子刘康为济阳王。
夏天四月癸未日，平昌考侯王接去世。秋天七月壬戌日，朝廷任命平恩侯许嘉为大司马、车骑将军。
冬天十一月己丑日，发生地震，还下了大雨。
这一年，朝廷重新设置盐铁官，将博士弟子的名额增加到一千人。之所以这样做，是因为国家财政吃紧，很多百姓都享受着免除赋税徭役的待遇，导致朝廷没有足够人力、财力来承担内外各项事务。
永光四年（辛巳，公元前40年）
春天二月，汉元帝大赦天下。
三月，元帝前往雍地，祭祀五帝。
夏天六月甲戌日，汉宣帝陵园的东阙发生火灾。
六月戊寅日，也就是月末的最后一天，出现了日食。汉元帝把之前那些说日食是因为周堪、张猛在朝导致灾祸的大臣都召来责问，这些大臣吓得纷纷磕头谢罪。于是元帝下诏书称赞周堪的才能品德，把他征召到自己身边，任命为光禄大夫，俸禄为中二千石，并让他掌管尚书事务；张猛则重新担任太中大夫、给事中。但当时中书令石显也管理尚书事务，尚书台的五名官员都是他的党羽。周堪很难见到皇帝，只能通过石显向皇帝汇报事情，而事情的决定权也都在石显口中。不巧周堪得了哑病，不能说话，不久后就去世了。石显趁机诬陷张猛，逼得张猛在公车署自杀。
当初，贡禹上奏说：“汉惠帝、汉景帝的宗庙，按照亲族关系已经出了五服，应该拆除；各郡国设立的宗庙不符合古代礼法，也应该重新整顿。”汉元帝觉得他说得对。秋天七月戊子日，朝廷废除昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的陵园祭祀活动，只安排少量官吏士卒守护。冬天十月乙丑日，又废除了各郡国的祖宗宗庙。
各个皇帝的陵园分别归三辅管辖。汉元帝把渭城寿陵亭部原上作为自己的陵墓所在地，并下诏书说，不在陵墓附近设置县邑，也不迁徙郡国的百姓到这里。
永光五年（壬午，公元前39年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀天神泰畤。三月，又到河东祭祀土地神后土。
秋天，颍川发大水，很多百姓被淹死。
冬天，元帝到长杨宫的射熊馆，举行大规模的狩猎活动。
十二月乙酉日，根据韦玄成等人的建议，朝廷拆除了太上皇、汉惠帝的寝庙园。
汉元帝喜欢儒家学说和文学辞藻，对汉宣帝时期的政策做了不少改动。很多向皇帝上书提建议的人都得到了召见，每个人都觉得自己说到了皇帝心坎里。此外，傅昭仪和她的儿子济阳王刘康特别受元帝宠爱，风头甚至盖过了皇后和太子。太子少傅匡衡上书说：“我听说国家治乱安危的关键，在于皇帝心里看重什么。开国皇帝忙着创立基业、传承帝统；继位的皇帝，就该想着继承发扬先帝的德行功绩。以前周成王继位后，一心想传承周文王、周武王的治国之道，把美好的功业都归功于两位先王，不敢独占美名，所以得到上天庇佑、鬼神护持。陛下您品德高尚，爱民如子，但现在阴阳不调，奸邪之事不断，大概是因为大臣们没有大力宣扬先帝的功绩，反而总说旧制度不好用，急着变更。有些新制度行不通，又改回去，搞得大臣们互相指责，百姓也不知道该信什么。我真觉得可惜，国家放弃已经成熟的事业，白白折腾这些！希望陛下仔细谋划治国大业，重视遵循旧制、宣扬先帝功绩，好让大臣们安心。《大雅》说‘要时常追念你的祖先，修养自身的德行’，这是道德的根本。古书上说‘审察自己的好恶，修养自己的性情，王道就完备了’。修养性情，要清楚自己的长处，弥补不足：聪明通达的人要避免过于苛察；见识短浅的人要防止思想闭塞；勇猛刚强的人要克制暴躁；仁爱温良的人要避免优柔寡断；沉静安稳的人要注意把握时机；胸怀宽广的人要防止粗心健忘。一定要清楚自己该警戒的地方，用道义来规范自己，这样才能实现和谐教化，那些投机取巧的人就不敢结党营私、谋求晋升了。希望陛下以此为戒，弘扬圣德！
“我还听说，家庭关系处理好了，天下就能治理好。所以《诗经》以《国风》开篇，《礼记》把冠礼、婚礼作为根本。《国风》从人的情感本性出发，阐明人伦关系；冠礼、婚礼奠定基础，防范不好的事情发生。所以圣明的君主一定会谨慎处理后妃关系，明确嫡庶长幼的地位，用礼仪规范宫内事务。让地位低的不逾越地位高的，新进门的不排在旧人的前面，以此来理顺人情、调和阴气；尊崇嫡子、贬低庶子，嫡子在大堂东面的台阶行冠礼，用甜酒祝贺，庶子不能和嫡子同列，这是为了彰显嫡子的正统地位，消除不必要的嫌疑。这不是表面上走走形式，而是内心就有区别对待，所以礼仪能把内心的想法体现出来。如果圣人日常的行为、交往都遵循规矩，那么天下百姓也会跟着自我约束、接受教化。要是该亲近的人被疏远，该尊贵的人被轻视，那些奸佞狡猾之徒就会趁机兴风作浪，扰乱国家。所以圣人要谨慎防范事情的开端，在不好的事情发生前就加以制止，不因为私人恩情损害国家大义。古书上说‘治理好家庭，天下就能安定’！”
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