十月下旬，慕容宝见士气低落，又得不到京城的消息，只好烧船退兵。他以为魏军没有船，短时间内过不了河，就放松了警惕。可没想到，拓跋珪早就料到了这一点，他选精锐骑兵两万余人，日夜兼程，沿着黄河冰面追击后燕军。
当燕军退到参合陂（今内蒙古凉城县东北岱海）时，还没来得及扎营，魏军就追上来了。燕军毫无防备，顿时乱作一团。在魏军的猛烈攻击下，燕军大败，被俘四五万人，慕容宝只带着几千人狼狈逃回后燕。这一战，就是历史上着名的参合陂之战，它成为了慕容宝一生的耻辱，也让后燕元气大伤。
拓跋珪对待这些俘虏极其残忍，除了少数有才能的幸免于难，其余的全部被坑杀。这场大屠杀，让后燕和北魏之间的仇恨更深了。慕容宝回到后燕后，深感自己无能，以参合陂惨败为耻，他向父皇慕容垂请命，想再次兴兵伐魏，洗刷耻辱。
慕容垂看着儿子如此窝囊地败回来，心里既愤怒又失望。但他也知道，慕容宝是自己选定的继承人，不能就这么放弃。为了给儿子树立威望，也为了挽回后燕的颜面，已经七十多岁高龄的慕容垂决定亲自挂帅，攻打北魏。
建兴十一年（396年）三月，慕容垂带着大军出征了。这一次，燕军一路势如破竹，接连攻克了北魏的几个城池。当大军行至参合陂时，慕容垂看到了去年战场上堆积如山的尸骨，心中涌起一阵悲愤。他下令设吊祭之礼，为死去的将士们哀悼。《资治通鉴》记载：“垂至参合，见往年战处积骸如山，设吊祭之礼，死者父兄一时号哭，军中皆恸。垂惭愤呕血，因而寝疾。”
慕容垂这一病，就再也没能好起来。他只好下令退兵，在退兵途中，病情越来越严重。四月，慕容垂在上谷的沮阳（今河北怀来东南）去世，年七十二岁，谥号武成皇帝，庙号世祖。
慕容垂去世后，慕容宝顺利即位，在境内赦免罪犯，改元永康。从太子到皇帝，慕容宝终于登上了权力的巅峰，可他面临的，却是一个内忧外患的烂摊子。
慕容宝一当上皇帝，就开始着手处理国内的事务。他先是遵照慕容垂的遗令，检查户口，将军营遣散，分配给各郡县，确定士族原先的出身，明确他们的官仪。可他的这些政策，法律严峻政令苛刻，引起了朝廷上下的不满，百姓中也有很多人反对他。
除了国内的政治问题，慕容宝在家庭关系上也处理得一塌糊涂。他一继位，就派遣卫将军、赵王慕容麟去逼迫继母成哀皇后段元妃自杀。这是为什么呢？原来，当初慕容宝被立为太子时，段元妃就曾对慕容垂说：“太子姿质雍容，优柔寡断，在太平盛世是个仁明的君主，在危难之时却非济世的雄杰，陛下把大业交给他，小妾就看不到子孙后代昌大。辽西王慕容农和高阳王慕容隆是陛下儿子中贤明的，应该选择一个立为太子。赵王慕容麟奸诈负气，常有轻侮太子的心理，陛下一旦辞世，一定会有灾难出现。这是陛下的家事，应该深入考虑。”慕容垂没有采纳她的建议，慕容宝和慕容麟听到这番话后，都对段元妃怀恨在心。所以慕容宝一继位，就迫不及待地对继母下了毒手。段元妃怒骂慕容宝逼杀继母，肯定也不能保守社稷，然后自杀身亡。
处理完继母的事情，慕容宝又面临着立太子的问题。当初，慕容垂因为慕容宝未确立嗣子，经常为此忧虑。慕容宝庶子清河公慕容会多才多艺，有雄才大略，慕容垂很器重他。慕容宝出兵北伐时，便派慕容会代他掌管东宫之事，总录朝政，待遇和太子一样，从这可以看出慕容垂有让慕容会当继承人的意图。慕容垂去讨伐北魏时，因龙城是旧都，宗庙所在地，又派遣慕容会镇守幽州，将防守东北的重任交给他，还精心选派下属官吏辅佐他，以提高他的威望。慕容垂临终时留下遗令，让慕容会当太子。
可慕容宝却偏爱小儿子濮阳公慕容策，立太子的意图不在慕容会身上。慕容宝的长子长乐公慕容盛自以为他和慕容会同父所生且比慕容会年长，以慕容会先于自己为耻，于是极力称赞慕容策适合当太子，而诽谤慕容会。慕容宝知道后非常高兴，就询问赵王慕容麟、高阳王慕容隆的意见，慕容麟等人都奉承慕容宝的旨意，赞成慕容策当太子。慕容宝于是与慕容麟等人定下计策，册封慕容策的生母为皇后，慕容策为皇太子，慕容盛、慕容会晋升为王。这一决定，为后来的内乱埋下了隐患。
慕容宝继位后，北魏并没有给他喘息的机会。同年（396年），北魏道武帝拓跋珪亲率四十万大军伐燕。魏军先攻并州，慕容垂的弟弟骠骑将军慕容农率军迎战，结果打了败仗，返回晋阳。守将大司马慕舆嵩紧闭城门，拒绝让他进城。慕容农只好率领数千人逃回中山，走到潞川时，又被北魏的追军赶上，除慕容农一人逃回外，其余人马全军覆没。
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