丰缘联盟白银大会的硝烟尚未散尽，小智的喷火龙在决赛中与对手的巨金怪鏖战至最后一刻，虽以微弱劣势落败，却让全场观众记住了这个永不言弃的少年。离场时，小遥望着公告栏上新出炉的“开拓区挑战指南”，指尖无意识地划过“对战工厂”的字样：“听说关都地区的开拓之脑都很厉害呢……”
小胜抱着怀里的吼爆弹图鉴，突然指着远处天空中掠过的三道异色气流：“哥！你们看那个！” 话音未落，三道气流骤然俯冲，在众人面前炸开——竟是三只身披暗紫色能量铠甲的宝可梦：盔甲鸟、巨钳螳螂与赫拉克罗斯。它们的眼睛泛着诡异的红光，翅膀扇动时带起的气流中，漂浮着细碎的黑色晶体。
“这是……” 小智正要派出皮卡丘，却被身旁的星海按住手腕。星海的目光紧锁着那些黑色晶体，指尖在便携终端上飞速滑动，调出最近三个月来关都、丰缘两地的异常事件报告：“三个月内，已有十七起野生宝可梦暴走事件，现场都发现了类似的晶体残留。能量特征显示，它们都来自同一个源头——” 她顿了顿，终端屏幕上弹出一张模糊的卫星照片，照片中央是一座被浓雾笼罩的孤岛，“位于橘子群岛以西的‘暗晶岛’。”
赫拉克罗斯突然发出一声刺耳的鸣叫，挥舞着巨角朝星海猛冲过来。星海迅速侧身避开，同时抛出精灵球：“沙奈朵，精神强念！” 沙奈朵的瞳孔泛着蓝光，无形的念力瞬间将赫拉克罗斯禁锢在半空。但就在这时，赫拉克罗斯身上的暗紫色铠甲突然裂开，黑色晶体如鳞片般竖起，挣脱念力束缚的瞬间，它的巨角竟暴涨了近一倍！
“能量在短时间内过载了。” 星海的语速依旧平稳，却在沙奈朵耳边低语，“瞄准它铠甲的接缝处，用幻象光线。” 沙奈朵心领神会，两道扭曲的光线精准命中赫拉克罗斯的关节，铠甲应声碎裂，黑色晶体失去光泽，赫拉克罗斯晃了晃脑袋，眼中的红光渐渐褪去，倒在地上昏了过去。
解决完三只失控的宝可梦，小智挠了挠头：“这些家伙到底怎么了？” 星海收起终端，望向暗晶岛的方向：“有人在利用暗晶能量强化宝可梦，而且手法越来越成熟。如果不阻止他们，下一个目标可能就是联盟总部。” 她的目光转向小智，语气中带着少见的严肃，“开拓区的挑战可以延后，现在我们有更重要的事要做——去暗晶岛。”
船只接近暗晶岛时，海面突然掀起巨浪。星海站在船头，看着船舷边不断碰撞的暗紫色水母（毒刺水母的变异体），眉头微蹙：“它们的触手分泌出的毒液里，暗晶能量浓度是普通毒刺水母的3倍。” 她转身对小智说：“需要引开它们，否则船会被腐蚀穿。”
小智立刻派出大王燕：“大王燕，用空气斩！” 大王燕在空中划出几道锐利的风刃，精准地劈在毒刺水母群的间隙中，却没伤到任何一只。“不是攻击它们，是制造混乱。” 星海补充道，“它们的群体行动依赖水流振动传递信号，打乱这个节奏。” 小智恍然大悟：“原来如此！大王燕，再来一次空气斩，朝水面打！” 风刃击中海面，激起的水花打乱了水流，毒刺水母群果然出现了短暂的混乱，船只趁机加速，冲过了水母的包围圈。
登岛后，浓雾中传来若隐若现的机械运转声。星海让沙奈朵释放出微弱的念力场，感知周围的能量流动：“西南方三百米处有强烈的能量反应，而且……不止一个。” 众人循声走去，只见一座巨大的钢铁建筑矗立在雾中，建筑外墙上布满了暗晶能量管道，管道中流淌着粘稠的黑色液体。
突然，建筑的闸门打开，一个穿着白色研究员制服的男人走了出来，他的肩上站着一只同样披着暗晶铠甲的耿鬼。“没想到会有客人主动送上门。” 男人推了推眼镜，嘴角勾起一抹冷笑，“我是暗晶研究室的首席研究员，佐尔。”
佐尔打了个响指，耿鬼瞬间消失在原地。“小心！” 星海话音刚落，耿鬼的影子就在沙奈朵脚下浮现，暗影拳带着黑色能量直扑沙奈朵的后背。“瞬间移动避开，然后用预知未来！” 星海的指令精准而迅速，沙奈朵瞬移到耿鬼身后，蓝光在掌心凝聚。耿鬼转身想用舌头舔舐沙奈朵，却被突然从虚空中降下的念力重击狠狠砸在地上。
“暗晶能量虽然能强化力量，但会让宝可梦失去判断力。” 星海看着挣扎起身的耿鬼，“它们的行动模式会变得单一，只懂得强攻。” 她对沙奈朵点点头，“精神强念，持续施压。” 沙奈朵的念力如潮水般涌来，耿鬼的铠甲在念力挤压下寸寸碎裂，最终瘫倒在地，黑色晶体从它身上剥落，化作粉末。
佐尔见状，脸色铁青地按下手中的遥控器，建筑内传来刺耳的警报声：“你们破坏了我的实验品……那就留下来当新的实验材料吧！” 随着他的话音，建筑深处传来无数宝可梦的嘶吼，浓雾中，一双双红光闪烁的眼睛正在逼近。
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