星海立刻让路卡利欧展开“波导探测”：“路卡利欧，用‘波导’确认对方宝可梦的状态！”路卡利欧闭上眼睛，片刻后睁开：“路卡~（对方的大针蜂体内有异常的能量波动，似乎被注射了某种药物，攻击性很强）”欧鲁德脸色一变：“是‘黑暗火箭队’！他们之前就试图偷取石板，没想到这次又来了！班基拉斯，用‘岩石封锁’困住他们！”班基拉斯怒吼一声，从地面升起无数岩石，将三个黑衣人围在中间。
但黑衣人早有准备，其中一人掏出一枚黑色的徽章，徽章发出一阵黑色的光芒，班基拉斯的动作突然变得迟缓起来。“不好，是‘黑暗徽章’，能干扰宝可梦的意志！”星海立刻让沙奈朵用“治愈波动”：“沙奈朵，释放‘治愈波动’，净化班基拉斯体内的黑暗能量！”沙奈朵双手合十，粉色的能量波纹笼罩住班基拉斯，班基拉斯甩了甩头，重新恢复了活力，它再次发动“岩石封锁”，将黑衣人死死困住。
就在小智准备上前询问黑衣人的目的时，塔外突然传来一阵巨大的轰鸣声，红色暴鲤龙的叫声从远处传来。星海脸色一变，跑到窗边一看，只见一只巨大的机械宝可梦正在攻击红色暴鲤龙，喷火龙则在一旁不断用“喷射火焰”攻击机械宝可梦，但机械宝可梦的外壳异常坚硬，火焰根本无法穿透。“是‘机械超梦’！黑暗火箭队竟然造出了这种东西！”欧鲁德震惊地说道。
小智立刻掏出喷火龙的宝可梦球：“喷火龙，回来休息一下，皮卡丘，我们上！用‘终极伏特狂雷闪’！”皮卡丘跳到甲贺忍蛙的背上，甲贺忍蛙凝聚出水柱，将皮卡丘托到空中，皮卡丘的尾巴迸发出耀眼的电流，对着机械超梦就劈了过去。但机械超梦的外壳上弹出一道能量护盾，将电流挡了下来。星海立刻让裂空座出战：“裂空座，展开‘流星群’，攻击机械超梦的能量核心！”裂空座从云层中俯冲下来，金色的流星从它身边划过，精准地砸向机械超梦背部的红色核心。
“砰！”流星群击中核心，机械超梦发出一阵刺耳的警报声，外壳开始出现裂痕。三个黑衣人见状，立刻掏出烟雾弹，趁着混乱逃走了。欧鲁德松了口气，对着小智和星海拱手：“多谢你们帮忙，否则石板就危险了。不过黑暗火箭队肯定不会善罢甘休，接下来我们要更加小心。”星海点点头，收起能量检测仪：“我会把机械超梦的数据分析传给卡洛斯联盟总部，同时加强石板的能量防护。小智，明天我们可以在塔内进行训练，说不定能从古代图案中找到对抗黑暗能量的方法。”小智兴奋地跳起来：“太好了！我一定要让甲贺忍蛙变得更强！”
第二天一早，小智就带着甲贺忍蛙来到精练之塔的第三层，这里的墙壁上雕刻着许多关于“羁绊进化”的图案。星海则和欧鲁德一起研究石板上的古代文字，希特隆在一旁用侦测仪检测塔内的能量波动，莎莉娜和柚丽嘉则在塔前的庭院里训练宝可梦。
“星海，你看这段文字！”欧鲁德指着石板上的一行符号说道，“上面写着‘当训练家与宝可梦的心意相通，水之勇者将觉醒新的力量’，这会不会和小智的甲贺忍蛙有关？”星海凑过去一看，眼睛突然亮了起来：“没错！你看这幅图案，上面的甲贺忍蛙和训练家手牵手，周围环绕着蓝色的能量，这应该就是‘羁绊进化’的正确触发方式！小智之前的甲贺忍蛙虽然能进行羁绊进化，但似乎还没有完全掌握这种力量。”
就在这时，庭院里突然传来莎莉娜的叫声：“小智，快来看看！我的火狐狸进化成六尾了！”小智立刻跑下楼，只见莎莉娜的六尾正围着她转圈，白色的毛发在阳光下闪闪发光。“好可爱的六尾！莎莉娜，恭喜你！”小智开心地说道。莎莉娜笑着摸了摸六尾的头：“多亏了昨天的战斗，火狐狸在保护咚咚鼠的时候突破了进化瓶颈。对了，星海姐姐说你的甲贺忍蛙能进行特殊进化，我们要不要一起训练？”
小智立刻点头，带着甲贺忍蛙来到庭院的空地上。星海也跟着下楼，手里拿着一张绘制着古代图案的纸：“小智，你按照图案上的姿势，和甲贺忍蛙一起集中精神，尝试将你们的意志连接起来。”小智按照图案上的样子，伸出手握住甲贺忍蛙的爪子，闭上眼睛默念：“甲贺忍蛙，我们一起变得更强，保护大家！”
甲贺忍蛙也闭上眼睛，蓝色的能量从它身上慢慢扩散开来，小智的手臂上也出现了相同颜色的纹路。就在这时，天空突然暗了下来，远处传来一阵熟悉的轰鸣声——黑暗火箭队的机械超梦又回来了！而且这次还多了两只机械宝可梦，分别是机械固拉多和机械盖欧卡。
“不好，他们是来报复的！”欧鲁德立刻让班基拉斯做好战斗准备，“班基拉斯，用‘沙尘暴’挡住它们的视线！”班基拉斯怒吼一声，扬起漫天黄沙，机械宝可梦的行动暂时受阻。星海让红色暴鲤龙和喷火龙分别应对机械盖欧卡和机械固拉多：“暴鲤龙，用‘水柱尾’攻击机械盖欧卡的腿部关节！喷火龙，用‘火焰拳’打向机械固拉多的眼睛！”
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