皇家表演秀结束后的第二天，小智一行人抵达枯叶市。枯叶森林的入口处拉起了警戒线，几位研究员正在监测森林的空气质量。“你们好，我们是来调查毒系宝可梦异常事件的。”星海出示了自己的博士证件，研究员立刻点头：“太好了！最近森林里的毒系宝可梦突然变得暴躁，经常攻击路过的训练家和野生宝可梦，我们检测到森林深处的水质含有异常毒素，但因为毒系宝可梦的阻拦，无法深入调查。”
小智立刻拿出精灵球：“交给我们吧！我们会清理掉阻拦的毒系宝可梦，帮助你们调查水质！”他率先走进森林，皮卡丘和鬃岩狼士跟在身后，警惕地观察着周围的环境。森林里的树木枝叶茂密，阳光很难穿透，空气中弥漫着一股淡淡的腥气。突然，前方的草丛剧烈晃动，三只毒蔷薇跳了出来，它们的花瓣呈现出异常的深紫色，显然是受到了毒素影响。
“鬃岩狼士，用‘岩石封锁’限制它们的移动！”小智下令。鬃岩狼士立刻释放出岩石，将毒蔷薇围在中间。但毒蔷薇却释放出“毒刺”，击碎了岩石，朝着鬃岩狼士冲来。星海立刻提醒：“它们的毒素已经扩散到全身，普通攻击无法让它们冷静下来！路卡利欧，用‘波导弹’攻击它们的腿部，避免造成致命伤害；耿鬼，用‘暗影球’吸附空气中的毒素！”
路卡利欧精准地释放出波导弹，击中毒蔷薇的腿部；耿鬼则张开嘴巴，释放出暗影球，将周围的毒素一点点吸附。毒蔷薇失去平衡，倒在地上，眼神中的暴躁渐渐褪去。星海立刻拿出抗毒喷雾，对着毒蔷薇喷洒：“这是能中和异常毒素的喷雾，它们很快就能恢复正常。”
众人继续深入森林，来到一处湖泊边。湖泊的水呈现出黑色，几只毒刺水母在水中游荡，身上的毒刺比普通毒刺水母更长。研究员拿出水质检测仪，惊呼道：“毒素浓度是正常水平的十倍！源头应该在湖泊上游的工厂！”小智顺着研究员指的方向看去，果然看到一座冒着黑烟的工厂，工厂的排水管正朝着湖泊排放黑色的污水。
“太过分了！居然污染宝可梦的栖息地！”小智愤怒地喊道，刚要冲过去，却被星海拦住：“我们需要先制定计划。工厂周围可能有防御设施，直接冲过去会有危险。沙奈朵，用‘精神强念’探测工厂内部的情况；喷火龙，准备用‘喷射火焰’切断排水管，但要注意避免伤害到周围的宝可梦。”
沙奈朵闭上眼睛，通过精神强念探测到工厂内部有三只毒系宝可梦守护，还有一套自动防御系统。“小智，你带着皮卡丘和鬃岩狼士吸引防御系统的注意力；希特隆，你负责破解工厂的电子锁；莎莉娜和柚莉嘉，你们留在湖泊边，帮助研究员清理水质；我和其他宝可梦去对付守护的毒系宝可梦。”星海清晰地分配任务，众人立刻行动起来。
小智带着皮卡丘和鬃岩狼士来到工厂门口，皮卡丘释放出“十万伏特”，击中工厂的防御系统，警报声瞬间响起。工厂内的三只毒臭鼬冲了出来，对着他们释放“毒瓦斯”。“鬃岩狼士，用‘尖石攻击’挡住毒瓦斯！皮卡丘，用‘电网’限制毒臭鼬的移动！”小智下令。鬃岩狼士立刻释放出岩石，挡住毒瓦斯；皮卡丘则释放出电网，将毒臭鼬围在中间。
与此同时，星海带着沙奈朵和路卡利欧绕到工厂后方。沙奈朵用“精神强念”控制住一只毒臭鼬；路卡利欧则用“金属爪”击败另一只。最后一只毒臭鼬想要逃跑，却被耿鬼用“暗影球”击中，倒在地上。希特隆趁机破解了电子锁，冲进工厂内部，关闭了污水排放系统。
工厂的负责人听到动静，急忙跑出来，看到眼前的景象，顿时慌了神：“对不起，我们只是想节省处理污水的成本，没想到会污染湖泊，伤害到宝可梦……”星海严肃地说：“宝可梦的栖息地是它们的家园，也是生态系统的重要组成部分。你需要立刻停止生产，清理湖泊的污水，还要赔偿所有受伤宝可梦的治疗费用。否则，我们会向卡洛斯地区的环保部门举报。”
负责人连忙点头答应，立刻安排员工清理污水。研究员拿出特制的净化药剂，倒入湖泊中，黑色的湖水渐渐恢复清澈。受伤的野生宝可梦也被送到附近的宝可梦中心治疗，妙蛙种子在治疗后，依依不舍地蹭了蹭小智的手，才跟着其他宝可梦返回森林。
离开枯叶森林时，夕阳已经西下。小智看着恢复生机的森林，露出了开心的笑容：“终于解决了危机！明天我们就去挑战毒系道馆，拿到第七枚徽章！”星海笑着递给他一份资料：“这是枯叶道馆的详细资料，馆主科拿擅长使用毒系与草系组合的战术，你可以让鬃岩狼士练习‘岩石封锁’与‘尖石攻击’的配合，更好地应对草系宝可梦。”
莎莉娜也兴奋地说：“今天在清理湖泊时，我发现荧光花的种子，等道馆挑战结束，我们可以去森林里种荧光花，让那里变得更漂亮！”柚莉嘉拉着希特隆的手，小声说：“哥哥，我也想帮忙种荧光花，还要和仙子伊布一起给花浇水！”
众人说说笑笑地朝着枯叶市的酒店走去，晚霞将天空染成温暖的橙色。小智握紧拳头，心里充满了期待——他知道，接下来的道馆挑战会更加艰难，但只要和伙伴们还有宝可梦们一起努力，就一定能克服困难，朝着卡洛斯联盟的目标继续前进。而星海则跟在后面，看着小智充满活力的背影，嘴角露出温柔的笑容，她相信，这段冒险旅程会成为所有人心中最珍贵的回忆。
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