燧发枪的轰鸣声犹在耳畔，西苑校场那日点燃的激情与希望，并未随时间流逝而消散，反而化为了更为具体、更为严苛的行动。朱由检深知，先进的武器只是强军的骨架，而严明的纪律、科学的训练与统一的战术，才是填充这副骨架、赋予其灵魂的血肉。在格物院武器工坊加班加点改进燧发枪工艺、力争早日实现小批量量产的同时，他将更大的精力投入到了新军的编练之中。
这支以孙应元为千总、暂定员额三千人的新军，被朱由检寄予厚望，视为未来军事改革的种子和模板。他绝不允许它沾染上旧式明军的任何一点陋习。为此，他结合了后世军训的核心理治与明末的实际条件，亲自编写了一部薄薄的小册子——《新军步兵操典》。
这本操典，语言简洁，图文并茂（由朱由检口述，徐光启门下擅长绘图的弟子执笔），其内容却与当时明军乃至世界上大多数军队的训练方式大相径庭。
操典的核心，首重“纪律”与“队列”。
当孙应元和他的军官们，捧着这本由皇帝亲笔题写书名、内文却充斥着“立正”、“稍息”、“向左转”、“向右转”、“齐步走”等陌生词汇的操典时，内心是茫然甚至有些不以为然的。在他们看来，士兵只要能开弓放铳、敢于搏杀便是好兵，为何要花费大量时间在这些看似无用的“走路”、“转身”上？
质疑，在第一次正式操练时达到了顶峰。
西苑划出的新军专用校场上，第一批招募来的五百名青壮，多是北直隶、陕西流民中遴选出的朴实汉子，他们怀着对饱饭和军饷的渴望而来，却发现自己首先要面对的，不是想象中的舞刀弄枪，而是军官声嘶力竭地吼叫着他们听不懂的口令，要求他们像木偶一样站直、转身、走步。
“手臂摆动幅度要一致！腿抬起来！看着你旁边的人！”孙应元按照操典要求，亲自下场示范，嗓子已经喊得沙哑。
然而，效果甚微。这些习惯了自由散漫的汉子，要么左右不分，要么步伐错乱，队伍歪歪扭扭，如同蚯蚓在爬。烈日下，枯燥重复的动作引发了普遍的不满和懈怠。
“孙千总，这……这练的是哪门子兵？转来转去，能转死建奴吗？”一名来自边镇、有些行伍经验的老兵油子忍不住嘟囔，引来周围一阵低低的附和与窃笑。
孙应元心中何尝没有疑虑？但他牢记着皇帝的信任和燧发枪测试那天带来的震撼。他相信，陛下如此安排，必有深意。他脸色一沉，厉声道：“陛下的旨意，便是军令！谁敢质疑操典，便是违抗军令！鞭笞二十，以儆效尤！”
军法无情。在狠狠责罚了几个带头抱怨、消极训练的兵卒后，校场上的怨言被强行压了下去，但那种无形的抵触情绪，依旧弥漫在空气中。士兵们机械地执行着命令，眼神中却缺乏光彩。
消息很快传到朱由检耳中。他并未感到意外，观念的转变从来非一日之功。
这一日，他再次亲临校场，没有穿龙袍，而是一身与军官类似的劲装。他没有训话，而是让孙应元将五百人分成十队。
“今日不练队列。”朱由检朗声道，“朕与你们做个游戏。”
游戏？士兵们面面相觑，不知皇帝意欲何为。
朱由检指着校场一端堆积的几十个麻包（内装沙土，每包重约五十斤），又指向另一端划出的白线。“每队五十人，以队为单位，将这些麻包以最快速度搬到白线之后。最先完成者，全队今晚加肉！最后三名，全队加练一个时辰！”
命令一下，原本沉闷的校场瞬间炸开了锅！加肉的诱惑和加练的惩罚，瞬间点燃了这些汉子的好胜心。各队士兵在临时指定的小旗官带领下，如同脱缰的野马，嗷嗷叫着冲向麻包。
然而，混乱也随之而来。有人抢到麻包就往回跑，有人挤作一团互相阻碍，有人力气小抬不动，有人跑得快却无人接应……现场一片狼藉，人仰马翻，速度反而快不起来。只有一队，在一位略显沉稳的小旗官指挥下，稍微组织了一下，两人一组，轮流搬运，虽初始稍慢，却渐渐超过了那些乱成一团的队伍。
最终，这支略有组织的队伍获得了第一，兴高采烈。而最后三名，则垂头丧气。
朱由检让获胜和失败队伍的队长站到前面。
“告诉朕，你们为何能赢？你们又为何会输？”他问道。
获胜队的小旗官挠挠头，憨厚地说：“回陛下，俺就是觉得，乱抢不行，得……得有点规矩，俩人一伙，轮流着来，省劲，还不乱。”
失败队的队长则懊恼道：“陛下，俺们……俺们就是一窝蜂上去，光顾着自己使劲，都堵一块了……”
朱由检点点头，目光扫过所有士兵：“都听到了吗？这就是‘队列’和‘纪律’的作用！战场上，面对的是比这些麻包凶险百倍的敌人！如果像刚才一样乱冲乱撞，非但杀不了敌，反而会自相践踏，被敌人轻易击溃！只有像那支获胜的队伍一样，听从号令，行动一致，相互配合，才能将所有人的力量拧成一股绳，形成排山倒海之势，碾碎一切敌人！”
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