为了调查神秘宝可梦线索的小智一行人来到了冲岛，并与目标相同的阿弘再一次重逢，他们也如愿以偿的见到了神秘的洛奇亚母子
可是企图得到洛奇亚母子的火箭队，却跑了出来，此次行动目标带头的南波博士为了实验新开发的宝可梦增强机与研究小智体内的奇怪能量，抓走了洛奇亚的孩子小银与小智
而在火箭队的海底基地内，洛奇亚和小智被关进了一个巨大的铁笼中，南波博士正站在外面打量着两个全新的实验体
“嘿嘿嘿，你们再怎么挣扎也是跑不出去的，这个铁笼可是为你们专门打造的，而且为了防止你这个小鬼头用那股奇怪的力量把这个笼子打碎，我专门在上面加固了屏障装置”
就在南波博士正准备开始进行研究时，身后雅玛多和小三郎忽然到来，站到了他的身后
“南波博士，这个宝可梦就是传说中的洛奇亚吗？而且为什么要把这个小鬼也一起抓过来？”
“嗯，确实没错，这个小东西就是洛奇亚的孩子，只要有小的在，大的肯定也在附近，利用它就能把那只成年体的洛奇亚吸引过来
至于这个小鬼嘛，他体内那股奇怪神秘的力量，如果能研究透彻的话，一定能加强我们火箭队的整体实力”
“不过南波博士，你背着坂木大人研究这个小鬼的力量，如果被他知道了，我们一定会很惨的”
说着，南波博士就大笑出声，雅玛多和小三郎，也想趁此机会向小智报复一下，之前被真鸟折磨的事情，与此同时，在冲岛的岸边，娜姿和小霞双眼无神的望着那一望无际的海洋，小刚和阿弘则垂头丧气的坐在岩石上
这时出去采购物资的露佳小姐也驾船来到这里，见到众人的情况不由好奇的询问起来
“你们这是怎么了？”
“小智，还有小银被火箭队抓走了”
“我们阻止不了”
就在这时，感知到小银和小智出事的洛奇亚从海中出现，眼神愤怒的看着周围的一切，并在空中不断的旋转制造出暴风雨，海中的海浪也因此变得汹涌
而在海底基地内，南波博士一边将从小智手腕上扒下来已经石化的阿尔宙斯手环放到仪器上检测，一边操作着困住小智的检测机开始分析他体内的那股波导之力
“嘿嘿嘿，你体内的那股力量真是神奇呀，只要把它研究透彻，我就可以向坂木大人邀功了”
“你这个可恶的怪老头，快放我出去！”
然而，就在南波博士忘我的研究着小智体内波导之力情况的同时，一名火箭队队员走进实验室内，汇报其关于探查到洛奇亚的事情
“南波博士，分析结果出来了，现在海面的风力是875点，暴风雨的威力是972点，诺基亚的攻击力是5532点，而且威力还在持续上升”
“我就知道愤怒是发挥宝可梦实力的最佳途径，他越是发怒就越能激发他的力量，我的理论是没有问题的，而且这个小鬼体内的力量很有趣，只要能研究出来，我的理论就可以更上一层楼了，顺便把那个石化了手环送到坂木大人手里”
听到下属的汇报，南波博士嘴角咧起了一个恶劣的笑容，继续压榨着小智的身体，研究着他体内的波导之力
而此刻，天空中的洛奇亚愤怒的不断发射，破坏死光破坏着周遭的一切，小霞也双眼猩红的放出了自己的水系宝可梦们潜入水中，寻找着火箭队他们的海底基地
“暴鲤龙，水精灵，太阳珊瑚，蚊香蛙，海星星，一定要把那个破海底基地给我找出来，我要把它拆了，把小智救出来”
接到命令的宝可梦们在海中不断地寻找着海底基地的线索，在看到火箭队三人组所驾驶的鲤鱼王潜水艇后，由太阳珊瑚浮上海面，带领着换好潜水服的几人一起跟在潜艇后方找到了那处基地
同时，在海面上的洛奇亚双眼中的愤怒被一股柔和的力量逐渐抚平，慢慢的恢复了平静
“无能狂怒是找不到小智的，那些家伙的基地在海里面，娜姿和小霞他们已经过去了，你先静等消息”
虚空中响起的威严温和的女声，让洛奇亚缓缓的点了点头飞向了天空，同时，跟着火箭队，他们来到海底基地的几人见到了那巨大的平台，开始缓缓的向海面浮去，直到离开了海底，将被困在铁笼中的小银放到了一处陆地上
“那个该死的臭老头，果然是要用小银来抓洛奇亚妈妈，我绝不会让你得逞的，我要把小智还有小银一起救出来，暴鲤龙，使出破坏死光”
“我要拆了这座基地，我要把那个臭老头碎尸万段，去吧，比雕，胡地，暴风加精神强念给我拆了这个破基地”
知道火箭队这次指挥官为南波博士的小霞和娜姿立刻放出了自己的宝可梦，并让暴鲤龙使出破坏死光，开始在基地周围进行破坏，胡地的精神强念配合上比雕的暴风也将困住小银的笼子，瞬间粉碎并袭向了火箭队的海底基地
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