在遥远的另一端，大木博士的研究所笼罩在一片压抑的氛围中。这位享誉世界的宝可梦学者此刻正站在窗前，手指无意识地摩挲着那本已经翻到卷边的研究笔记。窗外，常磐森林的树影在暮色中摇曳，仿佛也在诉说着不安。
这孩子到底在计划什么？大木博士的眉头紧锁，眼镜片上反射着电脑屏幕的微光。屏幕上显示着小智最后出现的地点——一座连联盟档案都未曾记载的神秘遗迹。博士的手指在键盘上停顿了许久，最终沉重地叹了口气。他想起三天前那个看似平常的傍晚，小智来研究所时那欲言又止的神情，还有他背包里若隐若现的古老卷轴。
研究所的挂钟敲响了七下，往日这个时候，小智总会准时打来问候电话。博士的目光不自觉地飘向办公桌上的相框——那是去年夏令营时，小智和皮卡丘在真新镇后山的合影。照片里的少年笑得那么灿烂，而现在...
博士，您又没吃晚饭吗？助手的声音从门外传来，打断了博士的思绪。桌上那碗已经凉透的泡面表面结了一层薄薄的油膜，就像此刻笼罩在博士心头的阴霾。
与此同时，在世界各地的训练家们都不约而同地停下了手中的动作。关都地区的训练家们发现自己的宝可梦突然变得焦躁不安；城都联盟的冠军渡抬头望向突然阴沉的天空；就连远在阿罗拉的莉莉艾也感到一阵莫名的心悸。在卡洛斯地区，布拉塔诺博士的仪器突然发出刺耳的警报声，屏幕上显示着异常的能量波动。
生命圣殿内，原本璀璨的七彩光芒已被诡异的黑雾所取代。凤王栖息的圣树枝叶凋零，金色的羽毛失去了往日的光泽。炎帝的火焰忽明忽暗，水君的鬃毛不再飘逸，雷公的雷电也变得紊乱。三圣兽仰望着凤王，它们从未见过这位守护者如此痛苦的模样。凤王眼中流下的金色泪珠坠落在圣池中，激起一圈圈涟漪，池水倒映出的不是天空，而是一片混沌的黑暗。
这一天还是来了...大木博士摘下眼镜，疲惫地揉了揉太阳穴。他的研究笔记上密密麻麻记录着关于光明与黑暗平衡的古老预言。阿尔宙斯在创造世界时，就注定了光与影的永恒共舞。我们以为封印了黑暗，却忘了它本就是世界的一部分。
黑暗宫殿的走廊里，小智的脚步声在空旷的石壁上回荡。墙壁上的浮雕随着他的经过逐渐亮起幽蓝的光芒，展现着历代勇者与黑暗抗争的史诗。突然，一幅特别的壁画吸引了他的注意——画中的少年与皮卡丘，赫然就是他们现在的模样。
看来我们注定要来到这里。
就在他们即将踏入主殿时，一道黑影从天而降。神奇宝贝猎人首领的斗篷在诡异的气流中猎猎作响，他手中那只异色黑暗鸦的眼睛泛着不祥的红光。
我等你很久了，被选中的孩子。猎人的声音像是从很远的地方传来，又像是直接在脑海中响起。
小智下意识地后退半步，皮卡丘立刻跳到前方，尾巴高高竖起。你会说话？小智难以置信地看着眼前的黑暗鸦，它的喙明明没有动，声音却清晰地传入耳中。
比起这个，黑暗鸦发出刺耳的笑声，你更应该关心即将到来的永夜。
就在这时，宫殿的穹顶突然传来一阵骚动。火箭队三人组乘坐着他们标志性的热气球破顶而入，武藏的尖叫声和小次郎的惊呼此起彼伏。
喵喵！快控制方向！
我已经在努力了喵！啊！那是...会说话的黑暗鸦？！
热气球重重地砸在地面上，扬起一片尘土。当烟雾散去时，喵喵瞪圆了眼睛，连标志性的字结尾都忘了说：终于...终于见到其他会说话的神奇宝贝了！
武藏和小次郎手中的高科技装备掉在地上发出清脆的响声，两人张大的嘴巴足以塞下一整个精灵球。而在这混乱的场面中，没有人注意到黑暗鸦眼中闪过的那道诡异光芒，以及它爪间正在凝聚的黑暗能量...
跟我来吧，在这片被迷雾笼罩的古老森林深处，就连最资深的宝可梦训练师都为之震惊。传说中失落的祭坛上，一颗散发着幽暗光芒的宝珠正静静悬浮，周围环绕着若隐若现的符文。更令人难以置信的是，祭坛旁竟栖息着一只罕见的异色宝可梦！它的鳞片在月光下泛着诡异的紫光，双眼如同两颗深邃的黑曜石。
那位不怀好意的神奇宝贝猎人内心躁动不已，贪婪的目光在宝珠和异色宝可梦之间来回游移。她暗自盘算：若是将这两件稀世珍宝据为己有，在黑市上能换取多少财富？但当她注意到小智身旁那个若隐若现的守护者时，一道仿佛来自九幽地狱的冰冷声音骤然响起：别妄想打我的主意，否则你将遭受永恒的诅咒。原来这是一只被远古咒术束缚的宝可梦，它的存在本身就是一段被尘封的禁忌历史。
听闻二字，神奇宝贝猎人顿时面如土色。作为业内老手，她深知某些宝可梦因被施加了失落文明的古老诅咒而得以存活千年，这种存在无人敢轻易触碰——传说中那些觊觎诅咒之力的贪婪者，不是疯癫就是神秘失踪，谁也不知道会招致怎样的灭顶之灾。
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