十五日，曾国藩上奏称：“贼军战船逆流而上，东南局势实在令人痛心。湖广、江西、安徽四省只有臣这里兵勇稍多，每月需军饷近八万两。全靠劝捐勉强维持军需。目前湖南、江西、四川局势较为稳定，恳请皇上降旨委派大员专办捐输事宜，所得款项专供臣军使用。”并指出：“小乱之世统兵比筹饷难，大乱之世筹饷比统兵更难。此次出兵已竭尽全力筹措，若再因缺饷导致军队溃散，后果将不堪设想。”另附片奏：“胡林翼所率黔勇，暂令驻扎岳州附近，伺机协同剿贼。”
王錱率领的湘勇在乔口与太平军交战，取得胜利。曾国藩派遣的陆路各营由赵焕联、储玫躬、曾国葆等分头进攻。储玫躬在宁乡大败太平军主力，但在追击敌军时不幸阵亡。太平军溃败后向南逃窜，曾国藩命令各营及水师战船继续追击。
二十四日，曾国藩与骆秉章联名上奏“逆匪战船溯流而上，已派兵分路截击，接连获胜”的奏折。另附片奏明胡林翼暂留湖南剿匪，未能立即赶赴湖北。又附片报告官军收复湘阴后乘胜追击的战况。此时接到圣旨：“曾国藩统率炮船，想必已经出发。着即日夜兼程赶赴下游，迎头截击。现水路进攻全赖湖南炮船遏制贼势。务必火速前进，不得稍有延误。钦此。”
又接到圣旨：“今日据青麟奏报，探知曾国藩率军已距金口一百余里，贵州道员胡林翼随同前来，现又退往上游。贼船疾速上窜，必须出其不意顺流轰击。该侍郎炮船早该进入湖北境内，胡林翼为何退守？着曾国藩命令该道员迅速前进，不得稍有延误。钦此。”曾国藩于是专折上奏，详细说明胡林翼所部未能前往湖北、留在湖南的原因。并称胡林翼的才能胜过自己十倍，将来可倚重他剿灭贼寇。
胡林翼的部队返回湖南境内时，崇阳、通城等地土匪四起，太平军从兴国向上游进犯，攻陷崇阳、通城二县，匪患迅速蔓延。曾国藩调派胡林翼的贵州勇营从平江前往剿匪，平江县知县林源恩也率兵随后跟进。胡林翼部队抵达通城后请求增援，曾国藩又命令塔齐布、周凤山等将领率兵前往助剿。
太平军撤出岳州后，王錱率领的湘勇率先抵达岳州，随后向蒲圻推进。曾国藩派遣的三营陆军也抵达岳州。曾国藩亲自统领水师进剿。三月初二日，曾国藩抵达岳州。初五日，他通过驿站上奏称：贼军已全部退出湖南境内，臣现驻守岳州，搜剿湖汊残余匪寇，并就近剿办崇阳、通城一带的贼军。待上游肃清后，再迅速赶赴下游，以免陷入首尾难顾的困境。
曾国藩又上奏折，称训导储玫躬屡立战功，拟保举为同知直隶州升用。该员因冲锋陷阵遇害，恳请恩准按照同知直隶州规格给予抚恤。同时奏请对阵亡的勇目喻西林、文生杨华英一并给予抚恤，以慰忠魂。另附片奏称：在籍道员蒋征蒲捐助军饷，请先拨付十万两白银作为军营口粮，并请旨命该道员赴军营总办粮台事务，以便调度更为灵活。
当天，曾国藩派战船在西湖搜捕残余匪寇。卫千总邹国彪遭遇贼军投掷火器，被烧伤身亡。初七日，突然刮起猛烈北风，停泊在岳州湖畔的战船和辎重船被风浪掀翻二十四艘，撞损数十艘，许多士兵和民夫不幸溺水身亡。
骆秉章多次接到圣旨要求调兵支援湖北。他在二月上奏称：“湖南现有兵员不多，历次剿办土匪及此次派兵追剿贼匪，都是臣与曾国藩督促士绅招募训练的乡勇，较为得力。如今逆贼窜入湖南，湖北局势相对缓和，拟等湖南剿匪结束后，再派兵赶赴湖北追击。”皇上朱批道：“湖南的贼寇明显是分兵流窜。现在湖北仍有大量贼军。曾国藩的炮船本为肃清江面，但目前道路不通，可暂留湖南剿匪。但也不能专等湖南战事结束才北上。湖南战局稍定，仍应速赴湖北。曾国藩素明大义，谅必不敢只顾家乡而置全局于不顾。北方重于南方，安徽、湖北重于湖南，这是不可改变的战略布局。钦此。”
当时湖北的太平军势力正盛，武昌省城危在旦夕。曾国藩多次接到朝廷谕旨，命令他率领水师迅速赶赴长江下游救援。谕旨中特别强调：“现在能倚仗的精锐水师，只有曾国藩的水军。如果行动迟缓，导致汉阳的大股贼军占据武昌，长江水路将更加受阻。朕既已将剿贼重任托付给曾国藩，所有军情调度都由他全权处置。”曾国藩在出发前，先派遣精锐陆军从崇阳、通城方向进剿太平军，计划逐步扫清障碍，进而支援武昌。
曾国藩亲自率领水师顺长江而下，抵达岳州时遭遇风暴，多艘战船沉没损毁。此前王錱率领的湘勇于初八日进抵羊楼司，遭遇太平军后溃败，退回岳州。太平军乘胜追击，曾国藩之弟曾国葆以及邹寿璋、杨名声等驻守岳州的各营均溃败退入城中。太平军猛烈攻城。初十日，曾国藩紧急调集炮船赶赴岳州，登岸击退太平军，救出城中溃散的部队，随后乘南风返回。十四日，水师停泊在长沙城外，太平军战船又溯流而上进犯湘阴。
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