皇帝朱批批复：“知道了，何必如此固执！你能为国忘家，鞠躬尽瘁，正是告慰亡亲的最好方式。尽孝之道，莫过于此！论功行赏乃国家制度，岂能因你一人请求而更改？你的心意，朕明白，天下人也都知道。钦此。”
胡林翼率军抵达通城后，因骆秉章奏请留驻，随即回师驻守岳州。
塔齐布与罗泽南从咸宁向北进军，在横沟桥击溃贼军，随后与曾国藩在金口会师。此时崇阳残余贼众再度集结攻陷县城。曾国藩统筹水陆各军分兵进剿，并与塔齐布、罗泽南商议进攻武昌的作战计划。贼军在城外洪山、花园两处要道均驻有重兵，修筑坚固营垒。罗泽南主动请缨攻打花园一路，塔齐布负责进攻洪山一路。二十一日，罗泽南连破九座贼军营垒，塔齐布亦攻克洪山贼垒，水师则击毁贼船五百余艘。
二十二日，曾国藩紧急上奏水陆两军连日获胜及进兵武汉作战部署的奏折。当日，水军奋勇攻击贼船，几乎将其全部焚毁；陆军攻克武汉城外所有贼军营垒，先后歼灭贼军万余人。二十三日，官军收复武昌省城及汉阳府城，贼军全面溃败。湖广总督杨霈率军驻扎汉阳以北，急奏武汉收复的简要战况。
朝廷谕旨批复：“曾国藩等攻剿武汉的详细战报尚未呈递，塔齐布所率陆路官兵此时应已与曾国藩水师会合。待杨霈抵达省城后，应会同商定，挑选精兵水陆并进继续追剿。朕日夜期盼捷报传来。钦此。”
二十七日，曾国藩紧急上奏水陆两军大获全胜、武昌汉阳两城同日收复的奏折。奏折中称：“臣等已率部先后入城安抚百姓，并火速行文代理总督杨霈立即渡江，妥善筹划后续剿匪事宜。”随折保举水军将领道员李孟群、游击杨载福、守备萧捷三，陆军将领知府罗泽南、知县李续宾、都司彭三元、守备唐得升、文生李光荣，同时保举荆州将领已革都统魁玉、总兵杨昌泗等共计十人。
另附奏片称：“军务繁重，差遣人员不足，不得不临时起用丁忧守制及被降职革职的官员，权宜办理军务。若这些人能奋勇效力，臣仍当奏请皇上恩准，给予同等保举嘉奖，以激励将士，鼓舞军心。”
又专折奏报：“六、七月以来，水陆两军屡战屡胜，此前已奏请对有功将弁兵勇予以保举，蒙圣旨恩准。现谨将保举名单分为三批，先呈上第一批名单。其中粮台各员昼夜操劳，经各营官开列请保，臣等核实后，恭谨缮写名单呈请御览。”
关于收复武汉的奏折，皇帝朱批道：“览阅奏章，深感欣慰！取得如此大胜，实在出乎意料！朕唯有谨慎自持，祈求上苍早日解除百姓苦难。另发谕旨。钦此。”
又奉上谕：“此次收复两城，三日之内焚毁敌船千余艘，荡平贼寇营垒，运筹帷幄，决策得当。理当厚加封赏，以酬其功：曾国藩赏赐二品顶戴，署理湖北巡抚，并加恩赏戴花翎；塔齐布赏穿黄马褂，并赐骑都尉世职。钦此。”
又奉皇帝谕旨：“湖北大局已定，应立即分路进剿。由九江、安庆直抵南京，肃清长江沿线。具体如何分兵进击、如何留兵驻防，着杨霈、曾国藩、塔齐布共同筹划商定，迅速上奏。曾国藩既以剿贼为己任，必能谋定后动，确保万无一失。长江沿线剿匪事务，朕就托付给曾国藩与塔齐布。湖北防堵贼匪回窜及清剿江北等地残余匪患事宜，朕则责成杨霈负责。务必同心协力妥善部署，切不可稍有疏忽。钦此。”
武汉收复后，仍有大量敌军船只盘踞在襄河一带，企图从汉口突围顺流而下。曾国藩派遣魁玉、杨昌泗率军进剿，同时命令杨载福率领数十艘水师舢板逆流而上驶入汉口，纵火焚烧敌军船只千余艘，几乎将其全部歼灭。
三十日，曾国藩紧急上奏水师在襄河继续清剿并取得重大胜利的奏折。奏折中称：“此次水师战船出力不多，却收获巨大战果。如今江汉一带敌军船只所剩无几。我军可全力东进，再无后顾之忧。然而臣仔细考量当前局势，仍有几处隐忧：一是军队士气容易涣散，二是流民数量过于庞大，三是军队离湖南越来越远，军械粮饷运输日益困难，恐有物资短缺、军心涣散之患。臣不得不深思熟虑，详细陈明。”
另附奏片请求圣旨饬令江西巡抚筹措白银八万两，广东、四川两省各筹措白银数万两，火速解送军营。现因陆军兵力过于单薄，拟增募陆军勇丁二千名，率领东下作战。
又附奏片禀报：湖北省城收复后，查获贼军文书档案，其中记载七月十八日城陵矶之战中，贼首曾天养被击毙情形，此前奏报未能详细说明。另经审讯俘虏，获悉武汉贼军内情曲折，现一并具奏陈明。
皇帝下谕旨道：“曾国藩等人既以剿灭贼寇为己任，虽应乘此良机迅速顺流东下，逐步收复沿江各城，但必须谋划周全，稳扎稳打，方能避免失利。若能由九江、安庆直取金陵，将长江数千里逆匪扫荡一空，朕定当破格封赏随征将士，以酬其功勋。钦此。”
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