二十八日，曾国藩在南昌调派六十多艘大小战船进驻康山水域设防。驻扎在九江、湖口及长江北岸小池口的太平军则加紧挖掘壕沟、增筑堡垒，防御工事更为坚固。湖口的太平军从都昌方向攻陷饶州府后，分兵进犯乐平、景德镇、祁门、徽州等地，甚至侵扰至广信境内。曾国藩遂调派罗泽南率领三千湘勇从南昌绕道湖东地区展开攻击，同时新招募四千名平江勇一同出征进行东路会剿。而塔齐布在九江城外驻扎的陆军仅有五千人，此时主要采取坚守策略，放弃了主动进攻的作战计划。
清军水师抵达武昌后，将战船停泊在城外水域。不料接连遭遇大风袭击，多艘船只损毁沉没，于是移驻上游金口驻扎，以阻止太平军沿江西进。胡林翼的部队也退至金口驻防。
二月间，太平军大举进攻武昌城。十七日武昌沦陷，湖北巡抚陶恩培（谥号“文节”）在城破时壮烈殉国。各路援军闻讯疾驰救援，但终究未能及时赶到。
正月二十七日，曾国藩紧急上奏《统筹全局折》。奏折中称：臣抵达江西已一月有余，已基本掌握各路敌军动向。纵观江西、湖北、安徽三省全局，陆路需要四支精锐部队，水路需要两支水军，才能有效开展剿匪作战。长江北岸方面，自蕲水、广济、黄梅至太湖、宿松为第一路；自汉口、黄州、蕲州沿江而下至小池口为第二路。
长江南岸方面，自九江上游的兴国、通山等地为西路，湖口以下至皖南地区为东路。臣的水师已分为两支，若再将陆军分散，势必导致兵力薄弱。现谨就当前紧要军务，将臣力所能及之事分条上奏。并说明上月所呈奏报均未收到批复，故此次奏折改由湖南绕道荆州驿站递送进京。
另附奏片称：从凤阳、临淮经寿州、光州、固始至麻城、黄州，路程不过八百余里。恳请皇上降旨命袁甲三招募五千乡勇，训练成精锐部队，迅速进驻黄州，以沟通安徽、湖北两省军情，挽救江北战局。又附片奏报：水师大营遭敌船突袭时，臣的座船被夺，所有文书档案尽数丢失。其中所领兵部执照及监照遗失数目，待查明后再行咨文上报。
另附奏片称：臣所率军队万余人，粮饷运输受阻，恳请皇上降旨调拨江西漕粮折银就近接济，并请福建、浙江两省每月各筹措银二万两，解送军营。同日又上《恭谢天恩宽免处分折》。此时袁甲三已奉旨革职进京。曾国藩所筹划的四路分兵进剿方案虽获圣旨嘉许，但最终未能实施。
杨霈的军队驻扎在德安，太平军又四处侵扰长江、汉水流域各城镇，从岳家口、仙桃镇进犯荆州、襄阳，被荆州将军官文率军击退。胡林翼抵达湖北后，被提拔为湖北布政使，不久又奉旨代理湖北巡抚。当时驻守金口的水陆两军兵力薄弱，而太平军攻势日益猛烈。湖北官军在德安屡战屡败，士气低落，军饷更是匮乏。胡林翼与李孟群、彭玉麟、王国才等人竭力防守荆州、湖南上游地区，才使局势稍得安定。
江西新招募的平江勇抵达南康后，曾国藩委派幕府中的候选同知李元度负责管带操练。同时调遣战船前往南康，命令陆军紧密配合护卫。曾国藩指出，这支军队的组建初衷就是为肃清江面，陆军的作用在于保护水营。此前九江、湖口的失利，皆因水师孤立无援，与陆军相距过远所致。当时塔齐布部驻守浔阳城，罗泽南部东进剿匪于广信、饶州，两军无法会合。三月间，曾国藩在南昌登船，亲自督导将士操练，分批调往南康，与平江勇水陆并进，扼守要地，使敌军无法在鄱阳湖上劫掠船只往来。
十九日，罗泽南率军从贵溪出发进剿敌军。二十日与敌交战，大败贼军。二十一日，攻克弋阳县城。
曾国藩两次接到统筹全局的圣旨。二十三日，他再次上奏《谨陈水陆军情折》。奏折中称：臣等所率军队，水陆两军分为四支，其中回援武汉的部队距离臣的大营有八百里之遥。长江两岸仍被敌军占据，若想调楚军回剿武汉，存在三大困难：其一，浔阳郡是长江的战略要地，陆军不可轻易撤离；其二，内湖水师可趁春汛水位上涨之机，由鄱阳湖进入长江，但担忧出湖后会陷入孤立无援的境地；其三，金口的水陆各军粮饷已十分匮乏，若再增派军队前往，更无饷银可拨，恐怕会因粮饷断绝而引发意外变故。
臣确实缺乏良策，只能固守中段防线，保全这支军队，以供皇上调遣。接到圣旨批示：“用兵之道，集中则力量雄厚，分散则力量薄弱。自从水师战船被困鄱阳湖，贼军再次侵扰武汉，广信、饶州一带又有贼寇流窜。该侍郎等所率水陆两军，确实面临不得不分兵作战的形势。”
该侍郎所提千里奔袭不如固守中段的建议，确实有其道理。如今长江上下游皆为贼军占据，用兵必须确保万全之策，既不可轻率出战错失良机，也不可犹豫不决贻误军情。所有作战方略，朕不会过多干预。该侍郎切不可因先前失利就束手无策，仍应激励将士奋勇作战，谋定而后动，不忘初心，方能不负朕之重托。
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