九江、湖口一带的陆营数月来未发生大规模战事，敌军也未派大部队进犯。水师驻扎在青山、屏风等沿岸，由两营陆勇护卫。曾国藩本人驻守屏风水营，时常巡视青山、苏官渡等营地，采取严密防守策略，暂不主动进攻。此时贼首石达开从湖北崇阳、通城等地纠集党羽，窜入江西境内，攻占新昌县。同时吉安境内的匪军接连攻陷安福、分宜、万载等县，与石达开部队会合。赣江以西地区乱民纷纷响应，聚众达十余万。瑞州、临江、袁州、吉安等地同时告急。代理巡抚陆元烺调兵救援，应接不暇，只得抽调湖口的陆勇回援江西西部。
十一月初五日，九江的贼军出营进犯，被周凤山率军击退。初七日，湖口的贼军出营进犯，被李元度率军击退。
初十日，贼军攻陷瑞州府。十一日，又攻陷临江府，并进犯袁州、吉安二府。四郡所辖县城大半失守，省城南昌进入戒严状态。当时江西官军部署如下：西路由按察使周玉衡、总兵阿隆阿率军驰援吉安；东路则由道员耆龄、游击遮克敦布率军防守饶州；从湖口调回的平江勇在瑞州剿贼，但营官李锟、刘希洛战死，部队随即溃散。代理巡抚陆元烺只得再调耆龄、遮克敦布的部队回援。
十五日，曾国藩调周凤山的九江驻军回防南昌，并调水师防守省城河道，另增调一营平江勇驻扎青山，以保护水师。十七日，九江贼军进攻军营，被周凤山击退。十八日，周凤山率部拔营返回省城。二十日，湖口贼军进犯军营，被李元度击退。
二十一日，曾国藩上奏谢恩，感激朝廷宽免处分。同时呈递三份奏折：一份报告九江、湖口陆师及青山水师交战情况；一份陈述逆匪攻陷瑞州、临江并逼近省城，已紧急调派周凤山全军及抽调水师前往堵剿；另一份则分条详述当前军事部署情况。
第一，江西省腹地缺乏重兵驻守，只能先撤九江驻军以解燃眉之急；第二，江西水军力量薄弱，已抽调战船前往省城河道，防止敌军东渡；第三，计划调罗泽南部回驻通城，既可牵制贼军后路，又能兼顾湖北防务；第四，决定留遮克敦布部驻守东北四府，确保钱粮征收和奏报传递渠道畅通。同时说明自本年三月起，奏报均由湖南转递，现因道路阻隔，改由浙江驿站紧急呈递。
接到圣旨：“曾国藩、陆元烺要妥善筹划，统筹兼顾，切不可因军情紧急而慌乱失措，徒然使军队疲于调遣，反给贼军可乘之机。钦此。”又接到圣旨：“石达开所率贼众虽多，但经罗泽南全力围剿，已接连受挫，可见兵力不在多少，关键在于将领得人。曾国藩等要激励文武官员奋勇作战，务必剿灭这股强敌。至于九江方面，能否有效堵截，若有疏漏，不仅江西内地堪忧，更会危及长江大局，该侍郎等务必统筹兼顾，不得顾此失彼，至关重要。钦此。”
罗泽南率军攻克咸宁县，在山坡大败贼军，随后会师金口，向武昌发起进攻。二十八日，清军大破武昌城外贼军营垒，在洪山扎营驻守。贼军水师则进泊至沌口一带。
三十日，贼军攻陷袁州府城。
彭玉麟多次接到曾国藩催促调兵的文书，从衡州赶赴江西。当时贼军势力遍布各地，彭玉麟化装潜行，徒步跋涉七百余里，最终抵达南康。曾国藩见到他十分欣喜，立即派他率领战船前往临江扼守剿匪。何桂珍驻军英山，本月被降将李兆受杀害，安徽地方官员却未上奏请求抚恤。曾国藩听闻此事深感痛心。
十二月初三日，九江贼军出城袭击青山陆营。营官林源恩、黄虎臣、胡应元等率部击退敌军。贼军占据临江后，分兵驻扎樟树镇。周凤山率部返回南昌。初四日，周凤山部进攻樟树镇并成功收复。刘于浔率领水师摧毁贼军搭建的浮桥。初十日，周凤山率陆军进剿新淦县城，顺利攻克该城。
十二日，紧急上奏九江、湖口、青山、姑塘等地水陆交战情况，为阵亡千总吕国恩请求抚恤。同时附奏在瑞州剿贼殉难的知县李锟、刘希洛二人，请求追赠知府衔并给予抚恤。另附奏樟树镇获胜战况的奏片。
十九日，紧急上奏周凤山所部会合水师收复樟树镇、攻克新淦县城的战况。同时呈递奏折，汇总保举在收复义宁、进攻湖口两场战役中表现突出的文武官员及士兵，列明名单请求嘉奖。曾国藩每逢战事紧急之时，必定及时奖赏有功将士，优厚抚恤伤亡人员。这两项工作他都处理得极为细致谨慎。因此军心稳固，虽屡遭挫败，士气始终不衰。江西巡抚文俊到任履职。
贼军进攻吉安，按察使周玉衡入城坚守，已持续一月有余，求援十分急迫。周凤山收复樟树镇、攻克新淦后，本欲率军驰援吉安。但担心贼军卷土重来，便分派八百人回驻樟树镇，以保护水师，扼守南昌西南方向的要道。
这一年正月，江苏巡抚吉尔杭阿率军收复上海县。僧格林沁亲王统率大军全歼连镇贼军，生擒贼首林凤祥，用囚车押送京城处决。黄河以北地区就此平定。二月，僧王攻克高唐州。贼军逃窜至冯官屯，被官军围困。四月，官军攻破冯官屯。山东全境平定，官军凯旋撤回。七月，江南大营分兵攻克芜湖县。十月，安徽官军收复庐州府，安徽、湖北的贼军势力有所削弱。吉尔杭阿率军进攻镇江，未能攻克。苏州、浙江、湖北、湖南等地都在这一年开始仿效推行厘捐制度，以筹措军饷，后来逐渐扩展到四川、两广地区。
咸丰六年（丙辰年），曾国藩四十六岁。
正月，曾国藩驻守在南康水军大营。
正月初二，敌军进攻樟树镇，陆军受挫溃败，营官岳炳荣退往丰城；刘于浔率领水军攻击敌船，将其击溃。正月初三，周凤山从新淦回师增援樟树镇，在瓦山遭遇敌军，将其击败。
彭玉麟率领水师抵达樟树镇。初七日，水师攻击敌军战船，将其击溃。初九日，官军进攻临江敌军营垒，再次取得胜利。
此前御史萧浚兰上奏条陈江西军务，曾国藩接到谕旨责问，又奉旨要求兼顾临江战事并严密扼守九江。曾国藩于是详细复奏各路军事情况。他在奏折中称：瑞州、临江紧邻省城，臣与巡抚文俊商议后，已命周凤山部先剿灭临江之敌。湖口、青山的水陆驻军兵力极为薄弱。九江敌军日夜窥伺。另有湖北兴国土匪流窜侵扰德安县，来去不定。我军勉力支撑，深恐局势崩溃。
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