五月二十一日，接到皇帝谕旨：“此前因江西贼军窜入浙江，恐周天受资历尚浅难以统率各军，故再次命令和春前往督办。现据和春奏报，他目前患病未愈，短期内难以启程。东南战事关乎全局，必须派遣威望素着的重臣统率各军，方能妥善调度。”
曾国藩因守制离职回乡，即将服丧期满。目前江西的抚州、建昌两府都已收复，仅剩吉安一府尚未平定，有曾国荃、刘腾鹤等部兵力足以剿办。此前已命令耆龄调派萧启江、张运兰、王开化等部火速增援浙江。这些将领都是曾国藩的旧部，所率部队若由曾国藩指挥调度，必能发挥更大作用。今日已正式颁布谕旨，命曾国藩立即启程赶赴浙江办理军务。
命令骆秉章立即传达圣旨，令侍郎曾国藩火速赶赴江西，率领萧启江等部日夜兼程增援浙江，与周天受等各军合力剿灭敌军。该侍郎此前在守丧期间从军，不辞辛劳，朕深为了解。如今正值浙江军情紧急之际，相信他必能体察朕意，不负重托。启程日期也须立即上奏，以慰朕心。钦此。
二十五日，骆秉章上奏称：目前增援江西的各军将领，都是前任侍郎曾国藩所熟悉的人员，不是他的同乡，就是他的旧部。如果让他统率这些部队前往浙江，必能使将士同心协力，对大局大有裨益。况且江西、浙江本是水乡，适宜使用水军作战，杨载福、彭玉麟两支部队也都是曾国藩的旧部。
曾国藩率领陆军前往浙江，可考虑从常山新建战船顺流而下，或派遣船只经长江进入太湖后逆流而上。这样江南大军既能免除后顾之忧，增援浙江的陆军也能得到水军支援。关于军饷问题，计划由湖南每月拨解饷银二万两。请皇上下令湖北巡抚胡林翼每月筹拨银二万两，专供曾国藩部队使用。
六月，接到皇帝谕旨：“骆秉章奏请调拨湖南军队增援浙江，并请命曾国藩统率前往，与先前所降谕旨正相符合。每月筹拨饷银二万两作为援浙军费，确能统筹全局，不分地域界限，着即照此办理。该侍郎既拥有精兵，又得充足粮饷，必能迅速建立功勋。钦此。”
初三这天，曾国藩接到圣旨。初七这天，他整理行装从家中出发。初九这天，经过湘乡县城。十二这天，抵达长沙，与骆秉章、左宗棠会商军事事务。刻制木质官印，印文为：“钦命办理浙江军务前任兵部侍郎关防。”
曾国藩发出调令，派遣萧启江、张运兰、王开化等湘军从江西抚州、建昌一路出发，拔营进驻铅山县的河口镇。他计划由水路东下，经九江登陆，在河口与各军会合，统率部队前往浙江。骆秉章派遣主簿吴国佐率领一千二百名练勇，归曾国藩指挥。曾国藩下令吴国佐率部由陆路先行赶赴江西。
十七日，曾国藩上奏折报告启程日期，并陈述进兵援救浙江的路线。接到皇帝朱批：“你此次奉命立即启程，足见心系大局，忠勇可嘉。待抵达军营后，速将如何部署进剿事宜，通过驿站快速上奏即可。钦此。”同日又上奏萧启江请假两个月回乡的奏片。
十九日，曾国藩从长沙乘船出发。二十四日抵达武昌，与胡林翼商议进兵路线、军饷数额、大营粮草转运及军费报销等事宜。在武昌官署停留十余日。湖北省协拨的二万两军饷，也奉旨批准调拨。曾国藩向来称赞胡林翼才略过人且心思缜密，无论大小事务都虚心与其商讨。胡林翼也尽心竭力为他出谋划策，二人常常商议至深夜仍不休息。
七月初三日，曾国藩从武昌启程。初四日，船停泊在巴河。他的弟弟曾国华，以及李续宾、李续宜、彭玉麟等人先后到巴河拜见，共同商议陆营统领、营官、哨长的安排，以及随营委员的章程、士兵行军驻扎和作战的方法。李续宾调拨两营湘勇，由副将朱品隆、唐义训率领，归入曾国藩麾下，作为亲兵营。曾国藩与李续宾商议改建湘乡忠义祠，李续宾捐银二千两，曾国藩捐银一千两，作为倡导。
十一日，曾国藩抵达九江府，前往塔忠武公祠祭奠。杨载福前来拜见。
十二日，船停泊在湖口。彭玉麟在石钟山修建水师昭忠祠，祭祀楚军水师阵亡将士，包括萧捷三等将领及士兵、夫役共数千人。十五日，曾国藩到昭忠祠祭奠，并犒赏外江、内湖水勇，共发放钱二千二百余贯。同时发令调遣朱品隆、唐义训率所部士兵先行赶赴河口镇。
曾国藩最初出征时，以肃清长江水域为目标。他亲自驻扎在水军营寨，将粮台设在水边。至此，湖北、安徽一带江面已逐渐肃清。下游虽仍有敌军活动，但已难以形成威胁。太平军首领石达开从江西流窜侵扰浙江、福建边界，所攻陷的州县都不再长期占据，逐渐呈现流寇态势。曾国藩率军增援浙江，放弃水路改从陆路进军。军队调度和粮饷运输的方式，都改变了原先的规划。
在湖口设立报销总局，发令调派李瀚章来江西主持报销局事务，负责清理东征水陆各军粮饷收支数目，分项审核报销。设立陆路随营粮台，委派喻吉三、彭山屺带领数百士兵护卫。在武昌、九江、贵溪三地设立转运局，在南昌省城设立支应局。发令委任道员李元度、知府王勋总揽营务处事务，并委派十余名官员分别管理陆营银钱所、军械所、发审所及公文案卷等事务。
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