二十七日，曾国藩率军开赴云际关。二十九日，部队抵达双港时接到警报，便就地驻扎。福建境内的贼军分兵大股回窜新城县，吉安残余匪军攻陷崇仁、宜黄两县，抚州、建昌两府形势紧张。曾国藩调派张运兰部进军围剿新城贼军，同时改变行军路线，向南急赴建昌。
九月初二日，李元度请假返回原籍。
刘长佑率军在新城迎击贼军，大获全胜。贼军败退回福建境内，盘踞崇仁、宜黄的贼匪也逃窜入闽。
初七日，曾国藩率军抵达金谿，听闻新城大捷的消息。初九日，部队到达建昌府，在城外驻扎。刘长佑前来拜见曾国藩。
曾国藩登上麻姑山，全面考察建昌的地形地势，研究高低远近的攻守路线。他下令深挖壕沟、加固营垒，派军官和士兵严密把守营门，并每晚亲自巡查。专门委派人员负责打更报时，确保晨昏时刻准确无误。又派员巡查营垒周围数里范围，严厉禁止赌博和吸食鸦片的场所。发布告示晓谕官兵，严禁强行征用民夫或压价强买货物。每天传见三名哨长，考察他们的才能和表现，暗中记录在册。
十三日，曾国藩紧急上奏，报告移师建昌及筹划抚州、建昌各府防剿事宜，计划从杉关进入福建剿灭贼军。随奏附片请求颁发捐生纪以凤等人执照。
萧启江休假期满返回江西，抵达建昌大营。曾国藩调派张运兰部从杉关进军剿贼，萧启江部由广昌进剿，并派遣吴国佐部作为后路策应。当时福建境内贼军气焰正盛，当地官员和士绅接连发来书信，催促曾国藩火速增援。然而山路崎岖难行，又逢连日阴雨，军中疫病流行，部队无法快速推进。
曾国藩的弟弟曾国荃攻克吉安后，将所部兵勇遣散回湖南。其统领的湖南援军各营也陆续撤回湖南境内。曾国荃亲自率领一千名兵勇前往建昌投奔曾国藩，于二十六日抵达大营。曾国藩将其兵勇编为亲兵，称为护卫军。对营官、哨长，每日也传见数人，考察其才能，择优奖励提拔。曾国荃在营中停留十余日。李鸿章从庐州应调前来大营。曾国藩核定在营委员、夫役等人的薪水口粮章程，并核查火器规格，包括火炮、抬枪、鸟枪等武器的弹药消耗数量及重量，制成表格记录。
十月十一日，曾国藩的弟弟曾国荃启程返回湖南，曾国藩亲自送行，并嘱咐他在家督促子弟读书。
十六日，曾国藩上奏折保举在玉山、广丰守城战役中表现突出的文武官员，并附名单请求嘉奖。同时紧急奏报调派官军分路进入福建的情况，陈述当前军事部署进展。另在附片中奏报：军中疫病肆虐，前所未见。张运兰、萧启江、吴国佐等部上报病员多则千余人，少则数百人，臣实不忍心催促他们继续进军。刘长佑部因长期劳累过度，染病者尤其众多，请求调往抚州休整治疗。
接到皇帝谕旨：“曾国藩所奏办理军务情形，朕亦不遥加干预。该侍郎应督率将士，审时度势进剿。探明何处有贼，即从何处进兵，务求迅速歼灭逆匪。至于建昌等地疫病流行，各营兵勇现多染病，着该侍郎妥善安抚，使其尽快康复调治，不得延误军事行动。钦此。”
李续宾与曾国藩的弟弟曾国华在巴河会面后，分别率军进入安徽。八月，攻克太湖、潜山两县。九月，又攻占桐城、舒城，兵锋锐不可当。此时庐州再次失陷，太平军聚集在三河镇。李续宾率军进攻三河镇太平军营垒。当月，太平军将领陈玉成调集大批援军，将官军团团包围。官军全军覆没，李续宾战死沙场，曾国藩的弟弟曾国华及军中将士共六千人壮烈殉国。
湘军精锐在此战中全军覆没！驻扎在舒城、桐城的后续部队相继溃败撤退，湖北、安徽一带大为震动。都兴阿原本从宿松、太湖进攻安庆的部队，也退守至湖北境内。李续宜收拢整顿溃散的士兵，驻扎在黄州。湖广总督官文上奏请求曾国藩移师救援安徽。朝廷回复谕旨称：江西派往福建的援军正逢疫病流行，难以长途跋涉。于是下诏重新起用胡林翼代理湖北巡抚，督办军务，以救援皖北地区。
这个月，曾国藩开始系统记录江苏、浙江、安徽、福建各省府州县的地理形势，特别是山川险要之处，每日详细标注，作为日常功课。同时发布告示，安抚被太平军占领地区的流亡百姓，招抚他们回乡恢复生产。
十一月，曾国藩得知三河镇惨败的消息，悲痛万分，数日饮食锐减，写下《母弟温甫哀词》悼念亡弟。他专门派遣亲兵，秘密进入皖北地区，寻找收殓阵亡将士的遗骸。
曾国藩制定了大营定期检阅操练的制度：每月逢三的日子检阅步兵弓箭、刀矛等冷兵器训练，逢八的日子检阅骑兵射箭、火器等训练。当时江西地方团练仍有截杀湖南勇丁的事件发生，曾国藩特作《爱民歌》一篇，命全军学习传唱。
张运兰率军进抵福建邵武府时，太平军已全部向南流窜，经汀州侵扰江西赣州、南安地区。萧启江部队抵达石城县时，正遇广东潮州勇丁作乱骚扰地方，萧启江立即出兵平定。
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