攻克金陵后，太平军所建宫殿行馆尽数被官军焚毁。曾国藩遂于水西门内择取结构尚完好的房屋，派员修缮作为临时衙署。伪幼主洪福瑱逃往广德，残余叛军纷纷前往迎奉。
七月初十，曾国藩在城内设宴犒劳各军将领。
七月十一，鲍超率军收复东乡、金溪两座县城。十二日，江忠朝等部相继克复崇仁、宜黄两县，江西东路太平军势力渐趋衰微。
七月十三日，曾国藩下令裁撤湘军二万五千人，留一万人驻守金陵，另派一万五千人由刘连捷、朱洪章、朱南桂等统领，作为安徽南北游击部队。同时行文湖北、湖南督抚，要求筹措补发裁撤士兵的欠饷。
七月十六日，曾国藩专折上奏，叩谢朝廷封侯之恩，并呈缴缴获的三方太平军金印、玉印，送交军机处备案。
七月十七日，曾国藩巡视江南贡院，委派官员进行修缮。发布告示劝导百姓恢复生计，并制定金陵房产管理章程，共计八条。
七月二十日，曾国藩紧急上奏：福建陆路提督萧孚泗接到丧报需回乡守制，请求解除职务。另上奏折为一等子爵李臣典病故请求抚恤，并附李臣典战功清单呈报皇帝御览，建议在江西吉安府及安庆、金陵三地为其建立专祠。随奏附片说明：李秀成已处决，未能押送京城；洪秀全尸身被戮尸焚化，未能传首各省示众。
另附奏片举荐金陵各军将领熊登武、朱南桂、张诗日、伍维寿、朱洪章均具备独当一面的才能，请求朝廷依次授予提督、总兵实职。现驻守宁国的总兵刘松山亦能独当一面，实为后起之将才。
另附奏片陈述：近年来只见增兵，不见裁撤，无论军饷取自何省，消耗的都是百姓的血汗，损耗的都是国家的元气。先前因贼势猖獗，不得已增兵以解燃眉之急。如今大局初定，已与臣弟曾国荃商议决定，将金陵驻军裁撤半数；镇江冯子材所部，全部裁撤；扬州富明阿一军，暂时难以立即裁撤。
战事持续日久，将士们普遍厌倦军旅生涯，只要欠饷问题得以解决，应当不会引发其他事端。同时奏明曾国荃在攻克金陵后因过度劳累而病倒，现暂留金陵调养并处理善后事宜。“臣近日将返回安庆一次，部署长江上游军务。待江西战事取得进展，即由杨岳斌主笔会衔上奏。”
曾国藩上奏后乘船西行。七月二十五日，船停泊铜陵夹时，行文广东督抚停止征收厘金，改由本省自行收取。委派钱鼎铭、丁日昌等人办理上海捐输事务，并分拨淞沪厘金以补充军饷。
鲍超所部收复南丰县，继而攻克新城县，招降数万敌军。残余叛军向南逃窜，导致南安、赣州、宁都三郡戒严，战火逐渐蔓延至福建、广东边境。
七月二十七日，李鸿章、左宗棠联军攻克湖州府城。
七月二十八日，曾国藩乘船抵达安庆。
七月二十九日，曾国藩紧急上奏关于广东厘金一事：两年来广东厘金对军饷供应帮助极大，臣内心深感不安，如同背负重债！恳请皇上降旨，命广东督抚截至本年八月停止解送厘金。并请按照一百二十万两的数额，永久增加广东省乡试文武举人中额四名，以表彰粤人急公好义之举。另附奏片称：湘勇最初招募时，多选择本乡有产业的农民，无业游民较少，只要欠饷问题得到解决，应当能顺利遣散回乡。
昨日接奉谕旨，其中提到挑补绿营额兵一事，臣担心湖南百姓必定不愿填补三江绿营兵额。臣认为湘勇应遣返原籍，绿营兵则另行招募本地人，各归其本，方能长久施行。至于谕旨要求查明天王洪福瑱（洪天贵福）确切下落一事，待查明后再行续奏。另附奏片补送李秀成供词。又附片奏报军情：江西官军士气大振，无需增派援军；目前担忧的是皖南广德与皖北英山、霍山一带。现陈国瑞进剿麻城，英翰进驻商城，蒋凝学进驻英山，李榕调防桐城，防御部署尚属周密，唯缺精锐主力部队予以彻底清剿。
当日，曾国藩上奏结案，处理周汝筠、石昌猷一案。
左宗棠率军攻克安吉县城，至此浙江全境平定。李鸿章派遣刘铭传部收复广德州城，残余叛军挟持洪福瑱逃往宁国山区。
本月，僧格林沁率军由河南进入湖北，剿灭太平军、捻军等各部，取得胜利。
八月初一日，湖州、广德一带的太平军残部流窜至徽州南部，刘松山率军截击，将其击败。
八月初三日，左宗棠在昌化、淳安一带截击流窜的太平军，大获全胜，斩杀太平军将领黄文金。
八月初七日，唐义训、易开俊在歙县南部截击流窜的太平军，取得胜利。八月初九日，易开俊再次率军进攻太平军，大败敌军。
八月十三日，曾国藩紧急上奏，就钦奉谕旨逐条回复：第一，江宁省城（南京）被太平军占据时间最长，百姓流离失所尚未返乡，现委派记名按察使黄润昌立即修建贡院，以便吸引学子聚集，商民也能逐渐回归。第二，驻防八旗军营待贡院完工后依次修缮。现存旗兵八百余人，待营房初步修整完毕，再商议补充兵额。
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