二十五日，上呈奏折继续保举攻克金陵的水师官兵，开列名单请予嘉奖。另附片奏称：彭玉麟坚决推辞署理漕运总督的任命，并陈述捻军行动飘忽不定，恐其南犯江苏境内，已调派张树声所部驻守清江浦，调刘铭传、周盛波两军从六安移防徐州、宿州。此时彭玉麟已专折力辞新任，而捻军流窜至山东境内，蔓延曹州、济宁一带，徐州、清江均需防范其窜扰。吴棠也因防务需要留在清江，未能赴任两广总督。
二十七日，曾国藩乘船出长江，停泊于瓜洲。
二十八日，登焦山游览，彭玉麟随行。
二十九日，渡江登上北固山，察看京口地形。随后又登金山，返回瓜洲，查阅盐河工程进展。
四月初一日，抵达扬州。盐运使李宗羲前来商议盐政与厘金事务。决定在瓜洲新河口设立盐栈，以方便捆运。同时裁撤部分江北厘卡，修订江北厘务章程。
初三日，返回金陵官署。
十五日，上呈奏折报告黄翼升所率水师和张树声所部淮军已抵达清江防区，刘铭传、周盛波两军近日内将进驻邳州、宿州一带。另奏请恢复前任漕运总督袁甲三在临淮已奉旨建立专祠之事，此前因故撤销，现恳请仍准予重建。附片奏称皖南镇总兵唐义训已开缺，拟由总兵刘松山、道员金国琛接办徽州、宁国防务。此二人虽蒙恩授甘肃镇道实缺，但请暂留皖南，并建议以刘松山调补皖南镇总兵实缺。另附片奏请新授安徽按察使李宗羲暂留两淮任内，继续整顿盐务。
二十日，审阅并最终确定瓜洲盐栈的管理章程。
二十一日，接到朝廷寄来的谕旨，在曾国藩的爵位封号上增加“毅勇侯”的称号。
鲍超回四川后，他统领的霆字营被分为两支：一支由总兵娄云庆率领前往福建；另一支由总兵宋国永率领赶赴四川，准备出关作战。进入福建的部队在上杭县发生大规模哗变，掉头返回江西索要军饷。江西布政使孙长绂紧急调拨六万两白银，在军前发放，哗变士兵才稍得安抚。前往四川的部队行至湖北金口登岸时哗变溃散，作乱后攻陷咸宁县，侵扰江西、湖南边境，李瀚章调兵将其平定。曾国藩早先就担忧霆字营可能生变，此时接到警报，果然如他此前奏疏所料，不禁怅然，忧虑不已。
僧格林沁亲王率军追击捻军进入山东境内，每日疾驰百余里不停歇。捻军行动同样飘忽不定，朝廷多次下旨告诫要谨慎持重。曾国藩也秘密上奏，建议让僧格林沁所部稍作休整以蓄养锐气。奏疏尚未呈递，二十四日，忠亲王僧格林沁在曹州遭遇埋伏战死。兖州、河南一带捻军势力更加猖獗，远近人心惶惶不安。
二十五日，曾国藩接见外国使节，商议江南通商事务。当月，他与李鸿章联名上奏，汇报遵照圣旨核减苏州、松江等地超额征收粮赋的情况。
郑敦谨奉旨出任湖北巡抚，吴昌寿调任河南巡抚。
五月初一日，曾国藩紧急上奏，回复朝廷多次谕旨，陈述主要应对措施：
其一，关于鲍超霆字营溃散叛变的原因，既因畏惧远征万里之苦，更因长期积欠军饷所致。已迅速发函催促鲍超立即赶赴湖北，调解安抚溃兵。同时调派刘连捷等部渡江南下至九江，并咨请彭玉麟部署水师扼守江西防务。
其二，水师炮船适合在长江等宽阔水域作战，而运河河道狭窄、堤岸高耸，难以施展。黄河与长江的船型差异极大，水性也不同，建议由山东、河南巡抚另行建造舢板船，分别防守黄河与运河，如此可永保京畿免受捻军侵扰。
奏折共列两条建议。
另附奏片说明：金口霆营叛乱或许另有隐情，而娄云庆部在福建鼓噪生事，实因缺粮引发哗变，并无其他缘故。臣当时不在江西，未能筹措补发欠饷，又明知霆营出关必生变故，却未能及时奏请停止调遣，以致酿成今日之祸，全因臣谋划不周、威信不足，难辞其咎！待查明详情后，自当请求严惩。
同时代呈陕西按察使陈湜谢恩折，并请示是否需进京面圣。
初二日，接到朝廷谕旨，命曾国藩出省前往淮安、徐州一带，统率水陆援军，择机剿灭捻军。
初三日，曾国藩得知僧格林沁亲王战死的消息，同时接到上谕：“钦差大臣、协办大学士、两江总督、一等毅勇侯曾国藩，立即前往山东一带督军剿贼。两江总督一职暂由李鸿章代理，江苏巡抚暂由刘郇膏护理。钦此。”
又奉上谕：“曾国藩即刻携带钦差大臣关防，率领所部各军星夜出省，赶赴山东督剿。钦此。”
初四日接到一道朝廷谕旨，初七日又接到两道谕旨，均催促曾国藩尽快启程。
初九日，曾国藩紧急上奏，陈述奉命前往山东剿贼却难以迅速行动的缘由：金陵的楚勇已裁撤殆尽，仅剩三千人作为亲兵护卫。此外只能调遣刘松山驻守宁国的部队，若楚勇不愿远征，臣亦不强求。淮勇如刘铭传等部人数有限，难以分派，需酌情选拔将领，另在徐州招募新勇。以楚军制度整训，开齐鲁兖州风气，预计数月方能练成新军，此乃难以速行之首因。
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