十九日，接到朝廷紧急谕旨一道，措辞严厉急切，催促尽快调派援军赶赴陕西、洛阳增援。
二十五日，接到皇帝谕旨：“该大臣功勋卓着，声望素高，因积劳成疾确属实情，特再赏假一个月，准其在军营安心调养。钦差大臣印信暂由李鸿章代理。待曾国藩病体痊愈后，即刻进京面圣，以慰朝廷关切！朝廷论功行赏自有考量，该大臣效仿古人自贬之举，奏请暂销封爵一事，不必采纳。钦此。”
三十日，任柱、赖文光率领的捻军从山东回窜至陈州境内。曾国藩大营随即戒严，调派亲兵出营截击围剿。
同月，曾国藩之弟曾国荃率部移驻黄州。
十一月初二日，曾国藩紧急上奏汇报：西路张宗禹部捻军已深入陕西境内，尚无回窜迹象，现调鲍超军进驻荆紫关以增援陕西；东路任柱、赖文光部回窜河南，已令刘松山部速赴汝州，阻截其西窜之路。另附奏片回复圣旨，自称行军迟缓，精力日渐衰退，待病体稍愈即入京面圣，自请剿捻不力之罪。又附奏片报告杨鼎勋、张锡嵘追击任、赖部捻军至沙河以南，刘松山仍从汝州、洛阳进兵，以力保黄河防线，优先确保山西安全为主要战略。
初六日，接到皇帝谕旨：“曾国藩即回两江总督原任，暂缓进京面圣。江苏巡抚李鸿章授为钦差大臣，专职剿匪事宜。钦此。”
十七日，曾国藩紧急上奏筹划西路军务：鲍超军增援陕西，委派江苏道员薛书常专职办理霆字营粮饷，采办军粮。又上奏称：已交卸钦差大臣印信，送往徐州移交李鸿章接收。虽奉旨命臣回任两江总督，但自忖病体难以胜任，若离营返署，恐招畏难取巧之讥，故请仍留军营协理军务，维系湘淮两军士气，以不负古人鞠躬尽瘁之义。
另附奏片称：现刻制木质关防一枚，印文为“协办大学士两江总督一等侯行营关防”。又附片奏报：任柱、赖文光部捻军流窜至信阳以南，即将进入湖北境内，已令周盛波部跟踪追剿，现调张树珊部拔营追击。刘铭传部因长期作战疲劳，暂在周家口休整后即赴湖北。同时调派李昭庆全军从安徽赶赴湖北，以期形成夹击之势。
另附密片举荐湘淮两军将才：如道员刘盛藻、总兵戴春林、潘鼎立、提督章合才等均为后起之秀；前任大名道祝垲、编修张锡嵘皆为文官中杰出人才，简要陈述其才能品性，以供朝廷选用。
十九日，派遣专员将钦差大臣印信送往徐州大营。
二十八日，接到皇帝谕旨：“曾国藩请求以闲散人员身份继续留在军营效力，足见其奋发图强、不避艰险的报国之心。但两江总督职责重大，湘淮两军粮饷供应尤其需要曾国藩统筹办理，其重要性不亚于前线督军，均为朝廷所倚重。该总督向来忠勤为国，且系朝廷特旨简任，正不必因避劳就逸之嫌而多生顾虑。钦此。”
本月，曾国藩的弟弟曾国荃率军驻扎德安。湖广总督官文奉旨解除职务，进京任职。钦差户部侍郎谭廷襄暂时代理湖广总督一职。
十二月初三日，曾国藩紧急上奏，再次陈述恳切请求，奏请辞去两江总督及协办大学士职务。另附奏片称：任柱、赖文光部捻军流窜至孝感一带骚扰，湖北驻军交战获胜，现调刘秉璋部与刘铭传军合兵一路，跟踪追剿。又上奏折保举刘铭传部收复黄陂，以及在济宁、雉河、阜阳、抚沟等地战功最为卓着，作战尤为艰苦。将五起战功合并保举，开列名单请求奖赏。另附奏片保举在军营效力的吏部主事钱应溥，请加授四品卿衔。
十五日，接到皇帝谕旨：“曾国藩应当体察朝廷心意，为国家分忧解难，岂能稍存疑虑，固执己见？着即恪遵先前谕旨，限期返回两江总督本任，以使李鸿章得以专心剿灭贼寇，早日建立大功。钦此。”
二十一日，曾国藩紧急上奏：遵旨返回徐州驻守，暂时代理两江总督印信。臣病体尚未痊愈，仍恳请朝廷另选两江总督人选，而臣愿以闲散人员身份在军中效力。至于中外交涉事务，臣素来未曾研习，请旨命两淮盐运使丁日昌暂时代理通商钦差大臣印信，必能有益于时局。另附奏片称：东路任柱、赖文光部捻军，在安陆境内盘旋流窜。刘铭传等部追剿，贼军逃往鄂东一带。西路张宗禹部逆贼已渡过渭水北岸，鲍超主动请求移师湖北，先剿灭东路贼军。因此已令刘松山、张锡嵘等部由潼关进入陕西，并在陕州设立粮台，仍派薛书常负责管理。
当日上奏折汇报江西南康县查办案内充公田产已处理完毕。又上奏保举刘松山、张诗日等部在西华、上蔡、新野等地取得大捷，汇总战功请求奖赏。附片奏请酌情提取安徽丁漕银两，增加该省兵勇粮饷。另附片奏报前年委派运同衔容闳前往西洋采办机器百余种，均已交付上海制造局使用。该员不避艰险，请予奖励以示激励。又附片参劾安徽涡阳县知县沈濂，请予革职处分。
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