郑森命人在教堂台阶前摆下桌案，组成临时审讯席。佩德罗、两名负责粮库和银器房的核心修士被单独押到前方，其余修士留在侧面候审。
白石坡残账、教堂收据、暗库封印和车夫证词依次登记。被俘书记在看见那两张空白银货收据后终于松口，承认教会曾用未填数目的凭据掩盖银饼交割，白石坡每次送来的银货中都有一部分不进入港镇官账。
负责粮库的修士则供出，阿隆索断绝教民口粮后，佩德罗仍拒绝开放暗库，只准备把精麦装车运往南方。火并发生前，马车已经套好，相关绳索和油布也在教堂后院被搜到。
佩德罗起初还在否认，听见书记与修士先后供述，终于咬牙道：“粮食和银器属于教会。即便我要带走，也不是偷窃。你们这些异教军队无权用自己的律法定我的罪！”
郑森看着他：“你可以祈祷，也可以信奉自己的神，但宗教身份不能替你掩盖藏粮、私运银货和奴役苦役。白石坡死去的人不会因为你穿着神袍，便不算人命。”
临时审讯持续到天色将暗。并非所有修士都被定罪，两名只负责抄写经文、且能被多人证明未参与粮银交割的年轻修士被继续拘押候查；一名曾偷偷给贫民送粮的老修士则转为单独看管。
佩德罗与两名直接经手私运银货、扣押救济粮并参与惩罚逃亡苦役的管事修士，证词和物证能够相互印证。何文盛将罪项逐条写出，让通译用当地话和西班牙话分别宣读。
人群中随即爆发出要求处死佩德罗的喊声。几名教民试图冲上台阶，被明军盾手拦在绳栏之外。
郑森没有把人直接交给愤怒的人群，而是当众宣布判决：“三人依藏匿军粮、私运官银、虐杀苦役之罪处绞。其余修士逐人审查，不得株连。暗库粮食入公仓，先救治伤病与饥民；金银圣器封存验成色，任何人不得私取。”
刑架设在教堂前那棵枯橡树旁。米盖尔被指定为当地教民代表，与明军行刑手共同验明三人身份。
佩德罗被套上绳索时仍在咒骂。他先诅咒米盖尔背叛信仰，又声称南方舰队会把港镇重新夺回。米盖尔没有回骂，只把白石坡残账中带教会纹章的一页举到他面前。
“你挂在这里，不是因为你向谁祈祷。”米盖尔盯着他，“是因为矿洞里那些被鞭子打死的人，连名字都没资格写进你的账。”
木台被抽开，三具身体同时坠下。
行刑结束后，郑森在教堂台阶前宣布，港镇居民仍可自行祈祷，明军不得强迫任何人改换信仰；但教会土地、粮仓和银库全部收归新金山公账，教士不得再设私牢、征税或掌握武装。
教堂正厅随后贴上大明封条，改作港镇临时公署。侧面一间小礼拜室被保留下来，暂时允许居民在搜查完毕后使用。何文盛的文书抬入桌案，将原教会粮册、白石坡残账和今日查抄清册分开摆放，逐页编号。
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