军饷及时发放的可靠性大大降低。
从此之后，明王朝常有“打不起仗”的忧虑。
“万历三大征”，仅援朝之役就耗资700万两，宁夏之役耗资200万两，擂州之役耗资至少200万两。后来的辽东战事、国内民变，无不在大量消耗军费开支。
天启、崇祯年间因军饷不能及时发放，兵变时发，兵士索饷哗变，遍及各地军卫。
明末农民大起义前期实力最强大的“闯王”高迎祥所属部队，多由明军变节而来，就是军饷不发的恶果。拖欠军饷甚至影响到了辽东，崇祯元年，辽东兵变，又是因军饷所为。
而崇祯十七年，因凑不齐一百万犒军军饷，而延误了调吴三桂的关宁铁骑入京，则又是放弃了明王朝的最后一颗救命稻草。设想若军屯体系未废，军费充裕，足以自给自足，又岂有此忧。
百年前军屯废驰的恶果，终于在天启、崇祯年间体现。
无论如何，明朝正统王朝直接灭亡于明末起义军，残部势力灭亡于清军。
与农民起义军和清军的长期两线作战是明朝灭亡的直接原因。
崇祯帝夙兴夜寐，勤于政事，不是一个中国传统史学中“亡国之君”的典型形象。
但遭遇内忧外患的现实局面，内有天灾大旱，以及以此为诱因而起的农民起义军，外有辽东后金八旗铁骑。
明末战事常常出现两大忧患交替之势。
明朝单独对后金时，曾取得了一定的胜利及战略优势，如天启年间的“宁锦大捷”。
但随之农民军在黄土高原不断发展，明末农民起义军的发展壮大，无疑有加派“辽饷”“练饷”以及“剿饷”的因素，“三饷”无疑大大加重了底层民众的负担，而为了支撑辽东战事而消耗的人力、物力、财力，最终将转嫁于底层民众。
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