长孙皇后去世，葬于昭陵，谥号文德皇后，长孙皇后入葬昭陵后，李世民对她思念无法停止，为了缓解思忆之苦，便在宫中建起了层观，终日眺望妻子的陵墓，还让大臣陪同悼念。一次，李世民让魏徵陪同，并指着昭陵的方向问魏徵是否看清了，魏徵装作没看见，李世民顿时着急，问“怎么会没看见，那是昭陵啊！”魏徵闻言回答说“以为陛下望的是献陵，原来是昭陵啊！”李世民听后明白魏徵是在提醒自己，不要只顾及思念亡妻而忘了父亲，于是便哭着下令拆掉了层观，尽管李世民这样追思妻子的行为是违背礼教传统的，却是一个天子的真情流露。
李世民东巡洛阳，住在显仁宫，因州县官吏供奉不好，大都受到了谴责，魏徵告诉李世民当初隋炀帝杨广曾在此让附近的百姓上贡，贡品吃不完就扔掉，十分浪费。礼部尚书王珪上奏说：“三品以上的官员在路上遇到亲王，都下车，违反法度来表示恭敬，这违背了礼仪的标准。”李世民说“：你们自己的地位都尊贵，就轻视我的儿子吗？”魏徵进言说“：从古至今，亲王列在三公之下。现在三品都是天子列卿和八座之长，为亲王下车，不是亲王所应当受的礼。求之于旧例，又没有可以作为凭证的依据；施行于现在，又违背了国法。”李世民说：“国家所以立太子，是准备他做国君。然而人的长短，不在老少，假如没有太子，那就依次立太子同母的弟弟。这样说来，怎么能轻视我的儿子呢？”魏徵说：“殷代崇尚质朴，有兄长去世其弟即位的礼义；自周以来，立太子必定要是嫡出的长子，以这杜绝各个兄弟的私念，堵塞祸乱的根源，这是国君应当十分慎重的事。”于是李世民同意了王珪的奏言。
李承乾的嫡子李象出生，因为皇孙诞育之喜，李世民诏令天下见禁囚徒都降罪一等，内外官职事五品以上子为父後者，各加勋官一转，天下大酺五日，又大宴五品以上于东宫。李世民对侍臣说：“贞观以前，跟随我平定天下，辗转奔波于乱世，这是房玄龄的功劳。贞观之后，尽心对我，进献忠直的劝告，安国利民，敢于冒犯国君尊严直言规劝，纠正朕的过失的，只有魏徵一人而已，古代的名臣，也不能超过他们。”于是亲自解下佩刀，赐给他们两人。
魏徵乘李世民诏五品以上官上封事之机，全面地、系统地总结了政事不如贞观之初的事实，上奏《十渐不克终疏》。疏中列举了李世民搜求珍玩、纵欲以劳役百姓、昵小人、疏君子、崇尚奢靡、频事游猎、无事兴兵、使百姓疲于徭役等不克终十渐，批评了李世民的骄满情绪，再次提醒他慎终如始。李世民看完奏疏后，欣然接纳，并对他说：“朕今闻过矣，愿改之，以终善道。有违此言，当何施颜面与公相见哉！方以所上疏，列为屏障，庶朝夕见之，兼录付史官，使万世知君臣之义。”遂赐黄金十斤、马二匹。
魏徵向李世民上谏，让李世民要善始善终，后来皇太子李承乾不学习德行和术业，魏王李泰的宠爱一天天增长，朝廷内外众官，都有些疑虑和议论。李世民听到后很厌恶这些议论，对侍臣说：“当今朝臣忠诚正直的，没有人能超过魏徵，我派他辅佐皇太子，用这杜绝天下的怨言。”李世民任命魏徵为太子太师，知门下省事如旧。魏徵自称有病推辞，李世民下诏回答说：“汉朝的太子以四老为辅佐，我现在依靠您，也是这个道理，知道您患病，你卧病也可以保全太子。”
魏徵病死，李世民非常伤心，并为此废朝五天，追赠魏徵为司空、相州都督，谥“文贞”。李世民下诏厚葬魏徵，但魏徵的妻子裴氏，以魏徵生平生活简朴朴素，豪华的葬礼不是亡者之志为由拒绝，裴氏只有小车装载魏徵灵柩，李世民召文武百官出城相送，并亲自刻书碑文。
魏徵死后，李世民经常对身边的侍臣说：“用铜镜可以端正自己的衣冠，以古史作为镜子，可以知晓兴衰更替，以人作为镜子，可以看清得失。我经常用这样的方式防止自己犯错，但现在魏徵去世，我少了一面镜子。魏徵去世后朕派人到他家里，得到他的一页遗表，才刚起草，字都难以辨识，只有前面几行，稍微可以辨认，上面写道：‘天下的事情，有善有恶，任用善人国家就安定，任用恶人国家就衰败，公卿大臣中，感情有爱有憎，自己憎的就只看见他的恶，自己爱的就只看见他的善。爱憎之间，应当审慎，如果爱而知道他的恶，憎而知道他的善，除去邪恶不犹豫，任用贤人不猜忌，国家就可以兴盛了。’遗表的大意就是这样，然而朕思考这事，自己恐怕不能避免魏徵所说的这些过错。公卿侍臣，可以把这些话写在手板上，知道朕有过错一定要进谏。”
李世民命阎立本画二十四功臣像置入凌烟阁，魏徵位列第四。不久之后，侯君集以谋反罪被处死，杜正伦被罢免，魏徵曾经向李世民推荐这两人，说他们有宰相之才，魏徵又拿自己前后的谏辞给史官褚遂良，李世民知道开始怀疑魏徵，是不是侯君集一党的，于是手诏取消衡山公主与魏徵长子魏叔玉的婚约，推倒了魏征的墓碑。
李世民亲征高句丽，唐军总共损失战士接近2000人，战马损失8000匹，唐军攻破高句丽10座城，迁7万人入中国，杀获大量高句丽军，斩首4万多级，唐军还缴获大量马、牛、装备、物资。从战果与损失上来说，李世民亲征高句丽，李世民取得了大胜，但是李世民对自己的对外战绩要求特别高，仍然因为没灭了高句丽而后悔，不禁慨然叹息说：“魏徵若在，不使我有是行也。”于是立命驰驿以少牢之礼祭祀魏徵，又重立墓碑。
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