王仙芝死后，农民军余众一部分南下，活动于江浙一带，另一部分则由尚让率领北上，与黄巢会师于亳州。众将推黄巢为王，号称“冲天大将军”，并设官分职，驱河南、山南之民十余万劫掠淮南，建元王霸。
曾元裕在申州击败草贼，死者数万人，唐僖宗因为宋威讨贼无功，让曾元裕代替他做招讨使，张自勉为副使。黄巢率军袭破了沂、濮二州曾元裕在荆、襄，援兵被阻隔，朝廷任命张自勉伟东北面行营招讨使，督兵进剿农民军，黄巢欲进兵襄邑、雍丘，为滑州节度使李峄所阻。
黄巢攻打叶城、阳翟，欲进攻东都，左神武大将军刘景仁率兵五千援东都，朝廷诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙。河阳节度使郑延休率兵三千驻守河阴，黄巢在江西的兵马，为镇海节度使高骈所破，攻打新郑、郏、襄城、阳翟的军队，被崔安潜击退。在浙西的部众，被节度使裴璩斩杀两个首领，死者甚众，黄巢十分沮丧，乃拜见天平军乞降，诏命黄巢为右卫将军。
黄巢估量藩镇之间号令不一，不足以威胁自己，于是又反叛唐朝，进攻宣州，高骈派遣大将张潾、梁缵在南陵攻打草贼，打败了他们，草军秦彦、毕师铎等纷纷投降。于是，草军又进入浙东，抓获越州观察使崔璆，黄巢带兵越过江西，与旧部王重隐相呼应，攻破虔、吉、饶、信等州，趁机开山辟道七百里，直趋建州。
当初，军中盛传：“遇到儒者就杀，军队必定覆灭。”黄巢进入福建后，但凡俘虏自称为儒者的皆释而不问，当草军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“这是读书人家，灭掉火把，不要焚烧”。寻找隐士周朴，找到后，问他：“能从我乎？”周朴回答道：“我尚不仕天子，安能从贼？”黄巢一怒之下斩杀了周朴，当时福建诸州都失陷可，朝廷下诏高骈为诸道行营都统来抵御草贼。
黄巢翻越五岭，攻陷桂管，兵围广州，却并没有立即攻城，反而托被俘虏了的越州观察使崔璆写信给困守在广州城内的岭南东道节度使李迢，让李迢向朝廷上书，求表为天平军节度使，宰相郑畋与枢密使杨复恭奏，欲请授同正员将军。宰相卢携、宦官田令孜执意不可，黄巢又请求任安南都护、广州节度使，亦不允，右仆射于琮议：“南海市舶利不罚，贼得到更富，而国家财用屈。”拜巢率府率，请授率府率，如果黄巢不接受，就让高骈去讨伐他。黄巢见到诏书后，大骂执政，急攻广州，仅一天，即破城，生擒李迢，自称“义军百万都统”，并发布檄文，斥责朝廷宦官柄朝，污垢败坏纲纪，指他们和宫中人贿赂勾结情况，选贡不当，禁止刺史殖财产，县令贪赃的家族，他们当时很疲惫。
宰相王铎毛遂自荐请求讨伐黄巢，天子任命王铎为荆南节度使、南面行营招讨都统，率诸道兵进讨，王铎屯兵在江陵，请求任命泰宁军节度使李系为招讨副使、湖南观察使，作为先锋屯兵潭州。
黄巢军已转战各地多年，这次占领广州，“欲据南海之地，永为巢穴”，作为反抗唐朝统治的根据地。但在这一年，从春至夏，疫病大为流行，不少义军将士染上了疫病，死者十三四，部下“劝请北归，以图大利”。黄巢见在广州难以持久，于是决定杀回中原地区，率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州，控制了岭南全境。
恰遇湘江水暴涨，义军便乘数十只大木筏顺流而下，沿着湘江，穿过永州、衡州，攻占了潭州。李系败走朗州，十万大军尽皆被杀，尸体遮蔽了宽阔的湘江。之后，尚让乘胜进攻江陵，号称五十万。江陵之前被王仙芝攻破过，焚烧屋舍，百姓都逃窜到了山谷之中。不久，李系的败讯传来，荆南节度使王铎见义军声势浩大，诸道兵又未赶到，以为江陵兵少难以固守，便退守襄阳。官军乘乱纵掠，恰逢下雪，百姓死伤甚多。黄巢占据了荆南，胁迫前岭南东道节度使李迢上书天子，李迢说道：“吾腕可断，表不可为。”黄巢大怒，杀了他。
尚让攻克了江陵后即与黄巢合兵进攻襄阳，恰逢江西招讨使曹全晸与山南东道节度使刘巨容坚守荆门，让沙陀人把坐骑赶到黄巢军营前，然后逃跑，但在荆门中了埋伏，被官军击败，损失甚大，贼军认为他们胆怯。第二天，诸将骑着这些马出来作战，这些马听得懂沙陀语，一喊就跑了回去，不能阻挡，官兵埋伏在林中，等马一跑进林中，大败之，抓获贼首十二人。黄巢害怕了，渡江东走，追击贼军，俘虏了十分之八，有人劝刘巨容继续追，刘巨容答道：“国家多辜负别人，危险不吝啬奖赏，事情平定就得罪，不如留下贼希望今后的幸福。”
因此没有追击黄巢收集余众，稍加休整遂渡过长江进攻鄂州，攻破了外城。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。这时黄巢军又得以发展，“众至二十万”，在江浙一带的胜利进军再次震撼了唐廷，唐僖宗一面任命淮南节度使高骈为诸道行营都统，命他迅速进攻义军，同时征调昭义、感化、义武诸道兵南下，与高骈协力作战。
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