早朝之时，皇后和懿贵妃临朝听政，其中还有一个年幼的皇帝，之后由恭亲王奕?为首传上谕，尊皇后钮钴禄氏为母后皇太后，尊号慈安。尊懿贵妃叶赫那拉氏为圣母皇太后，尊号慈禧。因皇帝年幼无法执掌朝政，由两宫皇太后垂帘听政，掌握实际政权长达半个世纪。
同治元年，1862年元年正月，太平天国内部发生了政变，史称天京事变。天京事变之后李秀成率军攻上海，清军联合美国人弗雷德里克.汤森德华尔组成的洋枪队，致使太平天国惨败。陈玉成在寿州被叛徒苗沛霖的出卖，逮捕，同年6月被处死。就在此时，曾国藩率领湘军围攻天京，洪秀全命令各地的太平军回援。同年，李鸿章攻江苏南部，左宗棠攻浙江，天京成为孤城。1863年12月4日，苏州守将谭绍光被部下杀死，苏州失守。1864年5月11日，常州失守。7月19日天京很快陷落，太平天国失败而告终。
同治十三年1874年2月，日本以台湾高山族误杀琉球船民为借口，出兵台湾。12月初五，同治皇帝载淳病逝于养心殿，享年19岁。两宫皇太后召醇亲王奕譞之子载湉入承大统，赐奕譞以亲王世袭罔替，第二年尊其为光绪皇帝。
1870年7月14日，普鲁士首相卑斯麦就西班牙王位继承问题发表了挑衅性的埃姆斯密电，此事件触怒了法国皇帝拿破仑三世，并向普鲁士宣战，两军在阿尔萨斯和洛林地区展开阵势。天空黑云压顶，使附近的莱茵河失去了它本来的颜色，更多的是灰暗。两军相对炮轰，浓烟滚滚，炮火连天，而后骑兵相互冲杀，混战在乱军之中，马鸣长嘶，之后法军接连败北，皇帝拿破仑三世率近十万名法军在色当投降。9月4日，巴黎爆发革命，法国大资产阶级建立法兰西第三共和国，法兰西第二帝国灭亡，但普鲁士的军队仍在长驱直入。1871年1月18日，普鲁士国王威廉一世在法国凡尔赛加冕成为皇帝，成立德意志帝国。法国资产阶级**请求停战，2月26日在法国凡尔赛签订和约，取代法国在欧洲大陆上的霸主地位。
1873年11月，法国派安邺率军百余人攻陷河内及其附近各地，河内等地区战事告急。越南王阮福时请求驻扎在中越边境保胜地区的刘永福救援。刘永福接到越南王的求救书信之后，一手拿起油灯站于墙壁之前，望着贴在墙壁之上的地图，心里在想，越南与中国属于近邻，二者是唇亡齿寒在加之越南是中国的附属国，越南危在旦夕岂有不救之理。于是走出账外集合黑旗军向河内附近地区进发。这里多密林分布，再加之多河流湍急，容易埋伏。于是命令黑旗军埋伏于密林深处，另一部分的军队占领高山地区等待法军的前来。虽然是进入了冬季但是在这里没有冬季那么的严寒，多于瘴气所阻，百余名法军摸索着前进进入密林，等全军进入之后四周是万箭齐发，如同雨水落下，这些法军是来不及开枪也不知道这是哪里来的军队，四面的喊杀声一起，他们便是惊慌失措，胡乱的开枪。看着对方的旗帜原来这些都是中国的军队。安邺率领残军仓皇撤回，在撤回的小路两边有高山，正当他们缓下一口气之时，没想到山林之中惊鸟四起，滚石檑木而下，法军死伤无数，法军统帅安邺死在乱军之中，只有撤回越南南部。
1874年3月15日，法方全权代表与越方的全权使官在西贡谈判。法方在谈判桌上扬言，道：“越方向我们开放红河且给予我们在越南北部通商等多种权益，如果你们继续抵抗我们将向你们的王宫开炮。”此时越方代表正在想，清廷与他们的力量悬殊实在是太大了，光想依靠清廷是绝对不可能的保全自己，想到这里他们只有在法国高压之下被迫签订《越法和平同盟条约》、《西贡条约》。1880年11月，法国外交部通过驻俄文使曾纪泽表示法国在越南依《西贡条约》行事，法国有权保护越南。1881年初，法国外交部再次向曾纪泽表明越南与中国脱离一切关系。
1881年5月19日，刘永福率领黑旗军在怀德府纸桥展开决战，搬来土炮与法军对轰，其炮火连天，李维业及其副司令卢眉以下三十余名军官，两百余士兵葬身于炮火之中，狼烟遍地，地上是尸积如山，其军旗斜插在这片热土之上，在这战火之中燃烧，主将李维业的尸体运会军营。在此之间，法国**继续增兵，成立北越舰队。8月间，兵分两路，一部分加紧对黑旗军发起进攻，一部分进攻越南中部。舰队集结于在海面之上，炮轰越南中部，由于炮火太过于猛烈，越军败退，法军直逼其都城顺化，顺化危机被迫投降。越南王派出使节要求停战，迫使签订《顺化条约》，取得了对越南的保护权。
1882年9月15日，外交部向中方递交国书，国书有两条内容，第一，中方必须无条件的撤出驻越军队；第二，开放云南门户。之后将此国书呈上于朝廷。光绪皇帝看了看国书，心中怒火中烧，但是还是要看看身后的两宫太后的脸色，道：“法方提出两个条件，第一的撤军；第二是打开云南门户为商埠，诸位卿家议议吧。”
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