由于在军事上见识过人，有人就向刘裕推荐了王镇恶，刘裕和王镇恶见面交谈之后，非常欣赏他的才华，得知王镇恶是王猛的后人，更是夸他是“将门有将“，当即提拔了王镇恶。
加入刘裕的班底之后，由于王镇恶表现突出，此次讨伐后秦，刘裕决定让王镇恶继续担任前锋，进攻后秦的东部地区，刘裕随后自己带领部队跟进。
大将檀道济很早就跟随刘裕作战，在讨伐卢循的战斗中立下了赫赫战功，此次他被封为冠军将军，和王镇恶一起出征后秦。
除此之外，为了迷惑敌人，刘裕还布置了一支“疑兵“∶让将领沈田子带上少数人马，进攻后秦的南部地区。
公元416年，王镇恶和檀道济率领大军，从东晋势力范围内的淮河一带北上，攻击后秦控制下的许昌和洛阳一带。
当时后秦君主姚兴刚刚去世，继位的姚泓无力控制大局，后秦人心不稳，而王镇恶的部队有备而来，士气如虹，很快打下了许昌，进逼洛阳。
守洛阳的姚洗一看东晋部队来势汹汹，直接投降了，王镇恶轻松地拿下了洛阳。继而向西进军，逼近潼关。
洛阳离后秦的核心区关中较远，所谓“关中“，指的是今天的陕西省中部一带。
这个地区东有潼关，南有武关，西有散关，北有萧关，位于四关之中，所以被称为“关中“，历来是兵家必争之地。
后秦在洛阳一带的防守力量比较薄弱，打起来相对容易一些，而潼关不一样，潼关是关中的门户，在这里王镇恶遇到了硬钉子。
潼关设在黄河和高山之间，易守难攻，后秦老将姚绍充分利用地形优势，带兵严防死守，王镇恶的部队难以前进，同时由于突进过快，后勤运输跟不上，导致部队开始缺粮。
王镇恶只好派人向在后面跟进的刘裕求援，然而没想到刘裕那边也遇到了麻烦。
刘裕率军登上战船，顺着黄河向后秦的腹地进军，没有遇到后秦什么抵挡，倒是遇到了另外一个强敌——北魏军队。
对刘裕发兵进攻后秦这样的大事，北魏也一直在关注，当时黄河以北被北魏占据，北魏派出十万大军在黄河北岸防备东晋部队。
当时黄河水流较急，东晋的船只如果不小心漂到北岸，就会遭到北魏骑兵的截杀，要是东晋大部队过河来报复，北魏骑兵立即骑马撤走，等东晋人马上船之后，他们又会来到岸边骚扰，这严重影响了东晋部队的行军速度。
北魏之所以敢如此嚣张，靠的是他们有强大的骑兵。刘裕沉思良久，想出了一个“以步制骑“的阵法，那就是着名的“却月阵“。
刘裕派出猛将丁武带上几百名士兵，加上一百多辆战车，登上黄河北岸，在岸边摆出“却月阵“，此阵呈半月形，两头在水边，中间突出。
北魏骑兵看到对方突然摆出一个阵，不知道他们葫芦里卖的什么药，没有轻举妄动。
趁北魏人发愣的这段时间，刘裕命令大将朱超石迅速带人冲上岸，带上上百张大弩，并在阵前设下障碍物，很快建起了一个简易的防守阵地，北魏骑兵看对方设下障碍物，立即发起冲击。
朱超石是一名智勇双全的将领，他命令全军先用软弓小箭射击，箭射出去没多远就掉在地上，北魏骑兵一看，认为东晋部队没什么威胁，于是又调来三万骑兵，把“却月阵“团团围住，发起强攻。
在北魏骑兵逼近之时，“却月阵“终于开始发威。
眼见敌人进入射程，朱超石下令百弩齐发，北魏骑兵纷纷中箭，但他们仗着自己人多，继续一股脑地向前冲，这时候朱超石拿出了大杀器。
上岸的时候，朱超石率众带来了很多大锤和一千多支长槊，他命令士兵们把长槊打造成三四尺长，放在大弩之上，用锤子击发，在大弩强大的作用力之下，一支支“巨箭“向敌人暴射而去，北魏骑兵距离很近，人又密集，一支槊往往能够洞穿三四个北魏骑兵。
遭到如此恐怖的大杀器打击之后，北魏骑兵损失惨重，纷纷逃窜，刘裕得以顺利向前进军。
王镇恶虽然暂时得不到刘裕的支援，但是他面对粮食紧缺的问题也没有慌乱，立即派人就地筹集粮食，暂时解决了缺粮问题。
不久之后，刘裕率军赶来，潼关守将姚绍又突然发病而死，代替他的守将姚赞见东晋大军人多势众，率军后撤。
后秦君主姚泓，一面要应付从东边打过来的王镇恶部队，另一面又要应付从南边打过来的沈田子部队。
姚泓本来准备主攻王镇恶部队，又担心沈田子从侧翼偷袭，左思右想之后，姚泓决定先派兵消灭沈田子，再来全力对付王镇恶。
虽然沈田子的队伍只是刘裕派来的“疑兵“，人数不多，但是沈田子打得很猛，竟然把姚泓派来的人马打败了。结果就导致姚泓既没有消灭沈田子，也没有挡住王镇恶。
沈田子打得好，王镇恶表现也不俗，他充分发挥东晋部队擅长水战的优势，分兵坐上多艘轻便小船，顺着渭水进入关中，他们的船外面包了起来，士兵在里面划船，羌人看到船上无人却可以在水中前进，全都惊叹不已。
船队靠近长安附近之后，王镇恶让士兵们饱餐一顿，然后下令破釜沉舟，弃船上岸。战斗打响之后，王镇恶部队人人奋勇杀敌，而后秦守军由于之前屡战屡败，士气低迷，不久就被击溃。
公元417年，出兵仅仅一年之后，王镇恶部队攻克了后秦都城长安，后秦君主姚泓投降，后秦灭亡……
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