众人不敌，主角再次究极超融合，变成诺亚，与1号操控的奥特之王进行死斗。
主角在众人的鼓舞下战胜了1号，吸收了最后一份能量源，进化仪补全，随后告知主角进化仪时空，黑暗之王的意识将占据主角的身体。
黑暗不断影响所有和主角有交集的宇宙，主角融合吸收所有有交集宇宙的光之力，光与暗交集，主角失去了意识。
主角发现回到现实世界，发现失去了所有的能力，只有步美送给自己的护身符还在身上。
神秘的陨石降落，主角遭遇变异人类的袭击，接着将其制服，成为了英雄。
进化的变异人出现，击退了主角，导致大量的负能量实体成怪兽。
主角一拳击杀了怪人，并共鸣了大家心里的光，变成了雷欧，随后不断的战斗，消灭了所有负能量怪兽。
主角开启了最终进化，进化仪消失了，传说印记出现，这是进化的最终阶段，001变成了零号。
主角再次穿梭时空，来到银河时空，借助银河火花变身，前往光之国，发现不是自己寻找的目标，随后再次变成银河，击败了路基艾尔。
主角归还了银河火花，接着留了下来，并发现自己和银河有了某种关联，印记也有所反应，零号开启了印记空间。
主角使用银河火花变身加入了几次战斗，并发现羁绊的力量可以给予印记力量，接着银河的意识也觉醒了。
主角目前无法变身，只能借助火花人偶，并且使用印记空间的力量，击败了路基艾尔，得到扎基的人偶。
路基艾尔终于复活，主角使用银河火花，与礼堂光一起变成银河，最后消灭了路基艾尔。
主角通过卡片，传送到泰罗时空，见到泰罗消灭了怪兽就被踢出去了，接着又仿造银河火花，打完了印记火花，可以变成扎基。
主角回到泰罗时空前遭到警告，这次帮助泰罗消灭了怪兽，随后再次进入，这次剧情是大海龟怪兽。
主角通过零号，得知在泰罗时空消灭怪兽，可以得到超次元能量，接着就这样过去了两年。
时间线到达银河S，主角遭遇神秘人袭击，随后发现变身后，实力会收到压制和排斥。
主角加入UPG，成为预备队员，新的银袍人出现，随后又成为正式队员。
五帝王出现，并击败了银河和维克特利，主角动用印记卡片的力量解除限制，将其击杀。
神秘人冒充主角，击杀了谢帕顿，接着翔变成维克特利与主角交战，因为翔的原因，导致印记暂时不能吸收能量。
UPG被解散，神山使用胜利加农炮攻击奥特曼，主角被打的解体，翔被逮捕。
海帕杰顿出现，后被主角击败，接着维克特路基艾尔登场，三人都被击败，扎基人偶接近报废。
主角使用银河火花，变身银河，与维克特路基艾尔决战，银袍人出现，最终被主角击败。
主角获得了两张卡片，随后离开了银河时空，前往艾克斯时空，为了救人，选择与川久保拓司融合，这是一个和孤门长得特别像的人。
主角再次变身卡利欧，得出结论，需要数次的进化过度，才能融合超次元能量，成为完全体。
拓司回到了日本，和主角一起守护地球，路西法也出现了，接着又看到穿梭时空的赛罗。
拓司被传送到黑暗领域，路西法出现，接着主角变成卡利欧和黑暗梅菲利特交手，不敌后变身扎基将其击退。
拓司表示自己也想战斗，主角将控制权转交，古阿三兄妹将穿梭到艾克斯时空，翔和亚里沙也被带了过来。
银河降临，与维克特利、艾克斯以及艾利欧一起联手，对付亡灵古阿，最后将其击败。
暗黑雷暴不断强化着火花人偶，异生兽爆发，
不断有异生兽追击着拓司，接着橘小百合变成奈克瑟斯出现。
拓司和橘互相坦白，怪兽来袭，二人纷纷变身投入战斗，接着前往调查超古代遗迹。
阎魔兽出现，黑暗扎基和艾克斯纷纷不敌，紧接着阎魔兽发起进攻，召唤大量怪兽，随后赛罗、银河、维克特利和麦克斯降临，众多奥特曼联手击败阎魔兽。
格利扎出现，它融合了路西法和赛格古，迪迦和初代奥特曼加入战斗，随后吞并了所有的怪兽，变成超融合怪兽。
奥特曼们纷纷变成究极形态，与超融合怪兽激斗在一起，卡利欧在战斗中完成进化，变成银红色形态，并释放超次元的力量消灭了怪兽。
主角获得了一样印记卡片，接着离开了艾克斯时空，进入欧布时空，在O-50行星上，和银袍人大战，最后将其消灭。
主角到达地球，在这生存了几年，赞助了SSP，
将奥特之枪交给了奈绪美，随后在伽古拉身上发现超次元能量波动。
主角单独消灭了风魔王兽和水魔王兽，对外宣称卡利欧其实是卡欧斯奥特曼，协助欧布消灭了土魔王兽，欧布独立消灭了火魔王兽。
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