昏倒在长廊里的少年藤丸立香和少女玛修初相遇。
作为最后一个拥有御主资质的人，藤丸立香被分到B组候选。
而拯救人理的主力却是其他八人组成的A组。
面对着这梦幻般的一切，藤丸立香很少新奇和迷茫。
他认识了在他寝室偷偷吃蛋糕的医生罗曼，认识了游荡在迦勒底的小兽芙芙，认识了身为人造人并叫他为前辈的少女玛修。
【爱尔特璐琪：“芙！芙！”】
【凯茜帕鲁格：“你有病吧？”】
【绫波丽：“和我相同的少女……一样的命运。”】
正当他感到新的生活将在雪山上重新开始的时候，噩梦降临了。
2015年
示巴所观测到的未来领域毫无征兆的消失。
根据计算，人类将于2016年灭亡。
【卢瑟：“人类灭亡？不可能！难道是外星人？或者是第三次世界大战？”】
【丁仪：“还有一年吗？太紧迫了，什么也做不了，人类的科技再怎么爆炸也不能在一年的时间里提升到解决这种危机。”】
【阿不思·邓布利多：“或许魔法可以解决呢？这可是有神秘的世界啊。”】
而示巴也观测到了新的异变。
西历2004年，在日本的冬木市出现了从未出现过的无法观测的领域。
迦勒底将这里假定为人类灭绝的原因，并对此展开实验阶段的第六实验。
那便是灵子转移，回到过去的旅行。
【安倍晴明：“和晓美焰相似的力量，但是回到的过去是平行世界呢？还是真正的过去。”】
【罗曼医生：“其实就是修复历史上的变革点，当修复完成时对现有的时间线毫无影响。”】
【苏：“也就是所谓的濒临毁灭的世界泡吗。”】
将术者灵子化送往过去，通过介入事项，寻找奇点，究明真相或给予破坏的禁断的仪式。
其名为Fate Grand Order！
【阿蒂拉：“抽卡是好文明！”】
……
一切准备妥当之时，迦勒底发生剧烈的爆炸，灵子转移的47名御主全部进入濒死。
【迪达拉：“这爆炸的时机把控的……虽然不是很剧烈，但确是完美时机，我愿称其为恰当的艺术！”】
迦勒底所长，奥尔加玛丽当场阵亡。
【奥尔加玛丽（魔眼列车）：“我……我未来会死！！”】
因为会议室睡觉被赶出会议而没能参加灵子转移的藤丸立香发现了被压在巨石下的玛修。
少年与少女在此结下了深厚的羁绊，作为人类最后的master，迦勒底亚斯于此启动。
拯救世界的征途在此起航！
【梅琳娜：“便让我看看你的潜力吧……你会走多远呢？”】
……
【序章 燃烧的冬木】
人理已然烧却开始，除迦勒底外，世界已然是一片火海。
黑色的阿尔托莉雅在此告知于藤丸立香。
【阿尔托莉雅：“黑色的我？是被污染了吗……”】
【阿尔托莉雅·卡斯特：“好……好可怕！”】
【阿瓦隆·勒菲：“泛人类史的你……如此肮脏堕落……”】
“去追寻吧，冠位指定。”
……
【第一特异点 救国的圣女】
【邪龙百年战争】
于圣杯中捏造，黑色的龙之魔女与纯白的救国圣女遥遥对立。
“幻想大剑·天魔失坠！”（白发的屠龙者拔出圣剑，邪龙法芙娜就此坠落。）
【齐格飞（18岁）：“帅！感觉和天火出鞘有的一拼了！”】
“咆哮吧，吾之愤怒！”（龙之魔女发出不甘的一击。）
“吾主在此！”（救国的圣女庇护者一切。）
【珈百璃：“这么虔诚的人真的存在吗？”】
【琴柳：“这个人和我如此相像！”】
……
【第二特异点 蔷薇的皇帝】
【永续疯狂帝国】
罗马的神祖聚集历代皇帝，欲要推翻尼禄的统治。
在域外的世界，藤丸立香作为蔷薇的勇者，协助尼禄击败敌人。
【少年郎：“为什么尼禄是女孩子啊！还有亚瑟王也是女孩子！”】
随后的阿蒂拉降临，在众人同心之下，巨神坠落。
……
【第三特异点 暴风雨的航海家】
【封锁终局四海】
神话中的传奇船长伊阿宋，最邪恶的海贼黑胡子，星之开拓者海盗王德雷克于此交锋。
【黑胡子蒂奇：“哈哈哈哈！是那什么平行世界的本大爷吗！在别的世界本大爷也是最邪恶的海贼啊哈哈哈哈！”】
【查理九世：“那个伊阿宋也很厉害呢！他船上的船员都是大英雄呢！”】
“记住我的名字吧！我可是海上的恶魔，击落太阳的女人！”
……
【第四特异点 死界魔雾都市】
【伦敦】
魔术协会时钟塔已然覆灭。
叛逆的骑士于黑色的王者宿命对决。
【阿尔托莉雅·卡斯特：“她发育的可真好……”】
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