联合舰队在惨烈的战斗中逐渐找到了原核的弱点——它的能量输出存在周期性波动，每一次波动的间隙，就是发动攻击的最佳时机。机械文明的工程师们紧急研发出“波动捕捉器”，可以提前三秒预判原核的能量波动；翡翠星的生命科学家培育出“混沌净化种子”，这些种子在接触到暗熵能量时，会产生剧烈的能量对冲；星语者们则通过星语密钥，构建出能够暂时稳定时空的“秩序锚点”。
当原核的下一次能量波动即将来临时，联合舰队发起了总攻。林深带领的突击小队驾驶着装备了波动捕捉器的先锋舰，率先冲入原核的能量场。他们在波动间隙发射出特制的“逻辑锚弹”，试图固定原核周围的法则逆流。但原核意志具现体突然分裂出无数个暗熵分身，这些分身不仅拥有本体的部分力量，还能互相吞噬进化。
艾雅的星语方舟在此时释放出最后的力量。所有灵能者将灵魂之力注入星语密钥，密钥化作一道金色光柱，直冲原核核心。光柱所到之处，虚无低语被净化成纯净的星语，被转化的暗熵生物也逐渐恢复意识。但星语方舟的船体在强大的能量冲击下开始崩解，艾雅看着破碎的甲板，眼神却异常坚定：“只要能封印原核，我们的牺牲就有意义。”
翡翠星的混沌净化种子在战场上发挥出惊人的效果。这些种子在暗熵能量中疯狂生长，绽放出的花朵产生的能量对冲，形成了可以抵御原核攻击的能量屏障。生命古树在最后的时刻，将剩余的全部本源之力注入种子，树冠上绽放出的血色花朵化作漫天流星，每一颗流星都带着翡翠星生命的最后呐喊。
夏辰的意识星芒在战斗的关键时刻，引导所有文明的力量汇聚成一股“平衡洪流”。这股洪流中，既有机械文明的秩序之力，又有翡翠星的生命混沌，还有星语者的精神共鸣。当洪流冲击到原核表面时，原核的意志具现体发出了震天动地的怒吼，它的身体开始出现不稳定的闪烁，暗熵分身也在洪流中纷纷崩解。
然而，就在原核即将被封印之际，最后一座枷锁突然完全破碎。原核释放出的能量瞬间暴涨，形成了一个足以吞噬整个多元宇宙的“熵灭漩涡”。漩涡中，无数文明的残影在痛苦中挣扎，时间与空间在其中失去了意义。夏辰的意识星芒在漩涡中感受到了前所未有的压力，他的存在开始变得不稳定，随时都可能消散。
在这千钧一发之际，宇宙各处的文明再次展现出惊人的团结。机械文明启动了隐藏的“终焉计划”，将所有量子计算机的算力集中，构建出可以短暂逆转时间的“量子沙漏”；翡翠星的生命祭司们在永恒沉睡中，用最后的生命力激活了远古的“生命契约”，召唤出了守护宇宙的生命巨灵；星语者们则通过星语密钥，与创世之初的星语共鸣，引来了能够重塑秩序的“星语洪流”。
夏辰的意识星芒在这些力量的支持下，与平衡洪流融合成一把“终焉之匙”。他引导着这把钥匙，插入熵灭漩涡的核心。在钥匙转动的瞬间，整个多元宇宙都响起了创世时的轰鸣，秩序与混沌在这一刻终于达到了真正的平衡。熵之原核的意志具现体在光芒中逐渐消散，它最后的意识波动中，充满了不甘与无奈：“你们...暂时赢了，但混沌...永远不会消失...”
随着原核的封印完成，宇宙开始了缓慢的修复。破碎的星系重新聚合，被暗熵污染的星球逐渐恢复生机。联合舰队的幸存者们在废墟中建立起新的文明据点，他们将这场战斗的记忆刻在星舰的装甲上，作为对未来的警示。01-Ω在战后将自己的核心系统进行了彻底升级，新增的“混沌监测模块”可以提前预警任何异常能量波动；艾雅在星语者圣殿中建立了“希望祭坛”，用来纪念在战斗中牺牲的灵能者；林深则带领着新的探索队，开始寻找宇宙中可能存在的其他威胁。
然而，在宇宙最神秘的角落，一个新的危机正在悄然酝酿。一片从未被探测到的星域中，出现了一个散发着诡异紫光的球体，球体表面的纹路与熵之原核有着惊人的相似。球体内部，一个模糊的身影正在苏醒，它的低语在虚空中回荡：“平衡只是暂时的幻象，真正的混沌...即将再次降临...” 而这一次，宇宙中的文明又将面临怎样的挑战，他们能否再次守护住来之不易的和平，一切都还是未知之数......
在熵之原核被封印后的漫长岁月里，宇宙各处的文明在废墟上重建家园。机械文明将破碎的量子城市重组为悬浮在星云中的环状都市，城市表面流转的蓝光如同银河的碎片；翡翠星的生命祭司们以古树灰烬为基，培育出能自我修复的新型生态森林，林间飞舞的荧光蝶翼上镌刻着战争的记忆；星语者们则在星空中搭建起跨维度的“希望灯塔”，每座灯塔都储存着不同文明的抗争史诗。
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