至于郭正域，他之所以被牵连其中，一是因为之前与沈一贯在楚太子狱一事上结下了深仇大恨；二是因为同知胡化上书告发训导阮明卿“造作妖书”，而阮明卿正是钱梦皋的女婿。钱梦皋为了替女婿脱罪，急需找个替罪羊。而郭正域作为沈鲤的门生，又是胡化的同乡，加上当时已被罢官，即将离开京师，自然成了他们眼中最佳的“发泄私愤”的对象。
就这样，沈一贯和钱梦皋的阴谋得逞，沈鲤和郭正域被无辜牵连，一场由妖书案引发的大狱即将拉开序幕。京城之中，暗流涌动，一场关于权力与复仇的较量正在悄然上演。
正当郭正域预备逃离京城之时，却不料落入了法网。巡城御史康丕扬在对沈鲤府邸的严密搜查行动中，意外牵扯出了三位重要人物：名震佛界的高僧达观法师（也就是声名卓着的紫柏大师）、医术高超的沈令誉大夫以及琴艺出众的钟澄琴师。康丕扬在奏折中揭示，“妖书案”与“楚太子案”两者实为同一源头。达观大师因积极呼吁朝廷停征矿税，穿梭于京城各个阶层，触动了当权者的利益，故而在此关头被有意无意地卷入旋涡。达观法师与沈令誉大夫遭受了极其严苛的刑讯逼供，尤其是达观大师在遭受酷刑后，虽被强加罪名，却保持了高尚的节操，最终忍辱负重，沐浴更衣，端坐在禅榻之上安然圆寂；而沈令誉大夫也同样承受了非人的折磨。
此时，东厂、锦衣卫与三法司（刑部、都察院、大理寺）共同组成的联合审判庭展开了对沈令誉的会审。为迫使沈令誉认罪，背后进行了精心策划的布局。令人瞠目的是，甚至连沈令誉家中年仅十岁的奶妈之女也被带到公堂作证。东厂提督陈矩，即先前曾携吕坤编撰的《闺范图说》入宫的那位关键人物，亲自向小女孩提问：“你可见到制作‘妖书’的雕版有多少块？”女孩天真无邪地答道：“好多好多，都堆满了房间。”陈矩听罢不禁哑然失笑，毕竟，《续忧危竑议》不过寥寥数百字，最多也就两页纸，怎么可能需要堆满一屋的雕版？如此明显的矛盾让沈令誉的冤屈暴露无遗，从而也让针对郭正域和沈鲤的栽赃陷害显得越发荒谬无力。
此时此刻，京城内风声鹤唳，各方人士争相涌现，纷纷指控他人涉入“妖书案”。锦衣卫指挥使王之祯等四人率先举报同僚周嘉庆与此案有关联，但很快查明此乃凭空构陷。案情愈发扑朔迷离，形势日益严峻。当事人胡化在巨大压力下坦白，承认自己恶意诬告阮明卿是妖书的始作俑者。历史记载，在那几天里，拘捕与审讯接连不断，整个京城弥漫着恐惧的气息，人人自危。
在沈一贯的暗中授意下，负责审讯的官员试图诱导胡化改口，指认郭正域才是妖书案背后的主谋。然而，胡化坚决否认，直言道：“阮明卿是我私人恩怨的对象，所以我才举报他。至于郭正域，他中进士后二十多年，我们从未有过交集，怎可能一同炮制妖书呢？”
郭正域曾在太子朱常洛身边担任讲官，教书育人。太子闻听此事，私下对身边亲近的人感慨万千：“为什么要陷害我这么优秀的讲官？”这句话内涵丰富，令听闻者无不感到震慑。为了保护老师，朱常洛特派使者秘密传达口信给东厂提督陈矩，请他宽宥郭正域。陈矩身为老练的权谋者，深知太子虽处境尴尬，但仍非轻易招惹的对象。况且，没有任何实质性证据能证明郭正域与妖书案有所牵连，显然这是一桩天大的冤案。得益于陈矩的巧妙运作与保护，郭正域才得以躲过此劫。
针对郭正域的连续五日审讯，始终未能找出确凿罪证定其罪。明神宗得知后勃然大怒，下诏严斥审理此案的官员。一时间，众官员惶恐不安，东厂、锦衣卫乃至京营巡捕皆感受到巨大的压力。京城中人人岌岌可危，为了尽快平息事态，必须找寻一个替罪羊来堵住悠悠众口。
在万历三十一年（1603年）十一月二十一日，距“妖书”现世后的第十个夜晚，东厂缉捕队锁定并逮捕了一个行为鬼祟的男子皦生彩。皦生彩在审讯中抖露出其兄皦生光与“妖书案”有着千丝万缕的联系。
皦生光，一个出身顺天府的秀才，凭借聪明狡黠的性格，混迹于市井之间，靠“造假诈骗”维生，其手段之高明，令人咋舌。明代作家冯梦龙在《智囊全集》中记录了他的一段传奇故事：有一位地方乡绅为讨好朝中权贵，遍寻珍贵玉杯作为寿礼，委托皦生光代为寻找。三日后，皦生光带来一对精美绝伦的玉杯，声称它们出自官库，价值百金，他只收五十金即可。乡绅满心欢喜购得玉杯。
没过多久，事情出现了戏剧性的转折。两名吵嚷不休的男子被卒吏快马加鞭地带到了乡绅面前，其中一人竟是皦生光，另一个则是宦官。皦生光满脸愁容，声称之前卖出的玉杯实乃皇宫藏品，因宦官私盗而出售，如今事情败露，唯有将玉杯归还宫中，双方才能化险为夷。乡绅顿时陷入窘境，因为玉杯已被赠予权贵，无法收回。无奈之下，他求助于皦生光，希望他能化解危机。皦生光一副为难的模样，思索良久后，建议乡绅出资贿赂宦官和衙门官员，或许还能侥幸过关。乡绅走投无路，只得答应，掏出将近千两白银。尽管事后明白自己被皦生光欺诈利用，但木已成舟，乡绅也只能哑巴吃黄连，有苦难言。这段往事揭示了皦生光擅长编织骗局，借机敛财的狡猾本性，也为他可能涉足“妖书案”增添了几分悬疑色彩。
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