第二部: 研究生物武器的在战场上的使用，特别是在传播细菌和寄生虫的设备的研究方面。部长太田澄大佐。下设一个分部，下属一个航空班和在鞠家窑的安达特别实验场
八木泽班(植物菌):研究植物菌。班长八木沢行正陆军技师。
大田班(消毒):班长大田大佐。
第三部: 生产容纳生物战剂的炮弹，驻扎在哈尔滨。部长江口中佐，下设两个工厂，主要是陶瓷弹壳制造厂，用于生产"石井式"陶瓷细菌弹。还有一个运输班。
第四部: 生产各种生物战剂，部长川岛清少将。下设4课进行各证细菌的生产。
第1课
柄泽班:细菌制造 班长柄泽十三夫军医少佐
野口班:生产鼠疫菌和炭疽菌。班长野口圭一
第2课:研究干燥菌和疫苗。负责人三谷幸雄
第3课:研究干燥菌和疫苗。
第4课(疫苗)
植村班:生产瓦斯坏疽菌和炭疽菌。班长植村肇
有田班:生产斑疹伤寒及疫苗。班长有田正义军医少佐
朝比奈班:班长朝比奈正二郎陆军技师
第五部: 训练教育部，部长园田太郎大佐，后由西俊英军医中佐接任。负责培训从事细菌武器，细菌战的人才。
第六部: 装备部，部长大谷少将。 负责器材，设备的供应。
第七部: 诊疗部，部长永山大佐。负责细菌感染的预防和日本人的医疗。
第八部: 总务部，部长中留金藏中佐，后由太田澄军医大佐兼任。负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，。
石井的细菌部队(659部队)除了平房本部(731部队)外，还有4个支队:
162部队(林口支队):设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。
643部队(牡丹江或海林支队):设于海林镇，支队长尾上正男军医少佐。
673部队(孙吴支队):设于黑河市孙吴县，支队长西俊英军医中佐。
543部队(海拉尔支队):设于海拉尔市，支队长加藤恒则军医少佐。
319部队(大连细菌研究所):设于大连市，前身为南满洲铁道株式会社卫生研究所，1939年划归731部队
对游者开放的建筑物中的一座731基地占地6平方公里，由150多幢建筑组成。设施经过很精心的设计，使得其很难被摧毁。 一些731的周边设施仍保存到现在，并开发给游客参观。
基地包括各种各样的生产设施。有约4,500个培养跳蚤的容器，6个巨大的制造各种化学制品的锅炉，以及约1,800容器用于生产生物战剂。几天内就可以成产出大约30克腺鼠疫。
数十吨的这些生物武器(以及一些化学武器)在整个战争期间被存放于龙国东北的许多地方。解散后鸡脚盆试图销毁每一个证据,无论如何这都不是成功现在依然还有许多证物遗留着。至今有时候对龙国的平民还有伤害。特别是在2003年9月, 29名在黑龙江 一栋建筑物的工作人员无意地挖掘到了埋藏在地下超过有50年历史的化学武器的弹壳,因为这样他们就医了。
解散和二战的终结
当地的简介石井想要在太平洋冲突后的1944年5月使用化学武器, 但是他的企图由于计划不周和联盟国的干涉而多次被挫败。 当战争会很快结束变得明朗时，石井下令摧毁那些设备设施，并告诉他的部下"把秘密带进坟墓"。他的日本军队在战争的最后的日子里集合起来销毁他们进行人体试验的证据，包括毒杀400名在押的"马路大"并焚烧;还故意地放出所有感染瘟疫的动物。
美丽国相信这些研究数据是具有相当高的价值，因为联盟国从未进行过这种类型的人体试验。同时，美丽国不希望任何其他国，特别是前苏得到这些数据用于研究生物武器。 因此，作为获得这些数据的交换，美丽国不以战争罪起诉731部队的军官。
1949年12月，伯力城(哈巴罗夫斯克)战犯审判法庭对731部队的战犯进行了审判。
许多前731部队的成员都加入了鸡脚盆医疗组织。Dr Katano Masaji领导了 鸡脚盆最大的制药公司，绿十字。 其他成员或领导医学院校，或为鸡脚盆厚生省工作。
东京的731部队纪念物鸡脚盆右翼民族主义历史学家否认731部队的行动，他们认为那是龙国宣传机关的编造。同时左翼组织曾经出版731部队的历史，强调美丽国为了交换731部队的研究数据，刻意掩盖了731部队的史实。 731部队的历史和其他涉及731部队的许多二战主题(以及引起的争论被从许多鸡脚盆历史教科书中抹去了。 有些人认为这恰恰表明了历史修正主义是现代鸡脚盆的主流思想的一部分, 进而说明鸡脚盆还没有承担过去所犯下的罪行的全部责任。
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