他首先帮助杨广扳倒太子杨勇，使杨广成为了新任太子。然而，隋文帝在弥留之际发现太子杨广并非善类，于是准备重新立回原太子杨勇。杨素则与杨广合谋，隔绝了宫内与外界的信息来往，杨广这才顺利继承了隋文帝之位。
但杨素虽然是功臣，却也是权臣，对隋炀帝的事情一清二楚。因此，隋炀帝在表面上厚待杨家，内心却恨不得早日灭其满门。
杨素生病时，隋炀帝不停地派人看望，名义上是关心，实际上是想打听杨素的病情，唯恐其不死。
杨素对隋炀帝的真实想法心知肚明，干脆拒绝一切治疗，最终善终于家。这样不仅保住了家族的名声，同时也让隋炀帝没了灭其满门的理由。
杨素去世之后，杨玄感袭爵为楚公，同时升任礼部尚书。虽说隋炀帝在之后对杨家还算不错，但杨玄感始终认为是隋炀帝逼死了父亲，因此他的内心早就埋下了仇恨的种子。
根据《资治通鉴》记载，隋炀帝曾在醉酒之时对大臣大喊：“始祖不死，终当一族。”意思就是如果杨素不死，他一定要杀光杨家全族。杨玄感因此每日生活在恐惧之中，从而逐渐有了造反的念头。
之后，杨玄感跟随隋炀帝征讨吐谷浑。他原本准备趁着隋军狼狈之际袭击隋炀帝，但被其叔父以时机不成熟为由阻止。
直到公元613年春天，隋炀帝因为第二次亲征高句丽，导致天下百姓怨声载道。再加上连续数年的大兴土木，已经爆发的农民起义更加严重。杨玄感认为时机已经成熟，便准备趁着隋炀帝亲征的机会起兵造反。
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