然而，被赶出家门的这些中国人，警察局里容纳不下，其余之人则被集中于精奇里江畔一木材厂院内。第二日，所有被集中者全被驱赶至黑龙江岸，途中扶老携幼，状极悲惨，凡脱队、昏倒之老弱病残及妇女儿童，皆被押送的军警杀死。俄罗斯军警骑兵将人们驱赶至江岸后，便以刀枪逼其过江。海兰泡附近的黑龙江江面虽然不宽，但水深、浪大、流急，手无寸铁的中国人面临灭顶之灾，惶恐万分，哭声震野。一些人苦苦哀求，以东正教仪式在胸前画十字，恳求免于一死，但俄军绝不容情，他们将民众往江中驱赶，先入江者皆沉溺江中，不敢入江或迟疑者、反抗者，皆被刀砍枪杀。至二十一日，沙俄又进行了三次类似的大屠杀，被杀者在六、七千人以上，会游水过江幸免于难者不足百人。
与此同时，另一场大屠杀在海兰泡隔江相望的精奇里江南岸的江东六十四屯发生。江东六十四屯位于黑龙江东岸，与黑龙江城（瑷珲城，今黑河市爱辉乡）隔江相对，其南北长约七十五公里，东西宽约三十公里，是中国人早已开垦出的一片沃土，因曾有六十四个村屯，故称江东六十四屯。数万居民全是中国人。据《瑷珲条约》与《北京条约》所定，此地虽划归俄国，但中国人有永久居留权，而清政府对此地则有徵收赋税、行使行政管理的管辖权。此后沙俄政府为改变这种状况，强迫清政府三次划界，使江东六十四屯之土地范围逐渐缩小，其军警更经常非法闯入，调查登记居民之户口及财产状况，企图独占该地。
当沙皇下令出兵侵略东北后，这里便开始驱逐中国人过江出境。七月十八日，沙俄军警接得“消灭我境内出现的中国人，不必请示”之命，更有恃无恐地闯入各屯，驱逐中国人离境，实行与海兰泡一样的大屠杀。
沙俄血洗海兰泡和江东六十四屯，仅仅是东北人民在八国联军侵略中国时，所遭苦难的一个序曲而已。
紧随其后的大灾难，便是沙俄对东北的大举入侵及疯狂烧杀抢掠。
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