与此同时，内阁首辅刘玄也在暗中行动。他多次秘密召见户部尚书刘焕、刑部尚书周铁等老臣，在府中密议。刘玄忧心忡忡地说：“魏进忠权势日盛，若再不加以遏制，恐会危及皇权。如今陛下被其蒙蔽，只知享乐，我们必须想办法让陛下看清真相。” 刘焕道：“刘大人所言极是。属下手中有一份魏党挪用边军粮饷的账册副本，当年沈仲书不肯签字的，便是这份账册。这份账册，足以证明魏进忠贪赃枉法。”
周铁道：“我刑部也有一些线索。魏进忠推行的‘连坐之法’，违背祖制，许多囚犯都是无辜被牵连，狱中冤情遍地。我已命人暗中记录狱中冤情，收集魏忠良酷刑逼供的证据。” 刘玄点头道：“好！我们分工合作，刘大人继续收集魏党贪腐的证据，周大人收集其酷刑逼供、违背祖制的证据，我则伺机向陛下进言，试探陛下的态度。待证据确凿，我们便联名上书，弹劾魏进忠。”
忠良之臣的暗中行动，并非一帆风顺。魏进忠的眼线遍布京城，玄夜卫的密探多次被魏党发现，秦飞不得不下令更换密探，改变联络方式；刘玄的府第也被缇骑暗中监视，他与老臣们的密议，只能在深夜进行，且需用暗号交流。一次，刘焕派人给刘玄送账册副本，途中被缇骑拦截，幸好送账册的亲信机智，将账册藏于发髻之中，才得以顺利送达。
这些艰难的努力，虽未能立刻扳倒魏进忠，却为后续的反击埋下了伏笔。周显将张启收集的伪造证据副本妥善保管，秦飞则继续监视魏党动向，寻找其贪腐的蛛丝马迹；刘玄则借着给皇帝讲经的机会，旁敲侧击地提及 “苛法害民”“奸佞误国”，试图唤醒德佑帝的良知。
魏进忠并非没有察觉忠良之臣的暗中行动，他深知，自己的权势是建立在构陷忠良的基础上，一旦真相败露，必将万劫不复。因此，他一面加紧清洗异己，一面采取更残酷的手段打压反抗者，同时在皇帝面前不断谗言，诬陷忠良之臣。
他得知玄夜卫在暗中调查自己，便向德佑帝进言：“陛下，玄夜卫指挥使周显，与谢渊过从甚密，近日暗中联络被贬官员，似有包庇谢党余孽之意。玄夜卫权力过大，若任由其发展，恐会危及皇权，臣恳请陛下收回玄夜卫的部分权力，交由镇刑司掌管。” 德佑帝本就对周显的权势有所忌惮，听魏进忠这么一说，便下令道：“准奏。玄夜卫的诏狱管理权，暂交镇刑司掌管，周显不得干预。”
这道圣旨，无疑是对周显的沉重打击。诏狱是收集魏党酷刑逼供证据的关键之地，如今管理权被夺，玄夜卫再也无法自由进入诏狱核查。周显得知消息后，愤怒不已，却又无可奈何 —— 他深知，这是魏进忠的阴谋，若强行反抗，只会被冠以 “抗旨不遵” 的罪名。秦飞安慰道：“大人，不必过于忧虑。属下已命密探买通诏狱的部分狱卒，仍能收集狱中信息，只是难度更大罢了。”
魏进忠还将矛头指向了内阁首辅刘玄。他暗中指使王坤弹劾刘玄：“陛下，内阁首辅刘玄，身为三朝元老，却暗中包庇谢党余孽，多次为被贬官员说情，甚至私藏谢渊的奏疏副本，意图谋反。臣恳请陛下严查刘玄！” 德佑帝将信将疑，便下令魏进忠 “彻查此事”。魏进忠立刻派缇骑包围刘玄的府第，以 “搜查谢党罪证” 为由，闯入府中大肆搜查。
刘玄的府第被翻得乱七八糟，缇骑却未能找到任何 “罪证”—— 刘玄早已将谢渊的奏疏副本藏于密室之中，且有玄夜卫密探暗中保护。魏进忠见状，便想诬陷刘玄 “私藏兵器”，却被刘玄当场驳斥：“魏进忠，你未经陛下允许，擅自包围首辅府第，搜查罪证，此乃大逆不道之举！我身为内阁首辅，家中只有笔墨纸砚，何来兵器？你若再胡搅蛮缠，我便进宫面圣，参你一本！” 魏进忠见刘玄态度坚决，又无证据，只能悻悻而去。
此次搜查，虽未抓住刘玄的把柄，却让魏进忠更加警惕。他下令加强对忠良之臣的监视，缇骑日夜徘徊在刘玄、刘焕、周显等人的府第外，记录他们的一举一动；同时，他还在朝堂上散布谣言，称 “刘玄、周显等人即将谋反”，试图动摇百官对忠良之臣的信任。
面对魏进忠的疯狂打压，忠良之臣并未退缩。刘玄在府中密议时，对众人道：“魏进忠的疯狂，恰恰证明他心虚。他越是打压我们，越说明他的罪证确凿。我们只需坚持下去，收集足够的证据，终有一日，能将他扳倒。” 刘焕道：“刘大人所言极是。属下近日又收集到魏党贪腐的新证据，他们不仅挪用边军粮饷，还私自贩卖官盐，获利颇丰。” 周铁道：“我刑部也收集到了魏忠良酷刑逼供致死的证据，已有三位囚犯死在狱中，皆是被活活折磨而死。”
魏进忠的罪网越收越紧，金陵城的黑暗也越来越浓。夜里的街道上，缇骑四处巡逻，马蹄声打破了城市的宁静，百姓们关紧门窗，不敢出声，生怕被缇骑抓住把柄。西市的茶肆里，说书先生不敢再讲忠良故事，却会在唱词里暗加一句 “奸人当道，忠魂含冤”，听得茶客们纷纷落泪；街头巷尾，百姓们悄悄为谢渊和被迫害的官员烧纸，纸钱的灰烬随风飘散，像是忠魂的呜咽。
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