然而，黑暗之中，仍有微光。被流放的官员沈仲书，在临行前，将魏党伪造证据的细节刻在一块木牌上，藏于自家后院的老槐树下 —— 木牌上详细记录了密信的伪造过程、幕僚的姓名、墨汁和纸张的来源。他对妻子说：“我此去生死未卜，但若有一日，忠良之臣能扳倒魏进忠，这块木牌便是重要证据。你一定要妥善保管，等合适的时机，交给玄夜卫的大人。”
被革职的御史李修，在流放途中，遇到了一位玄夜卫密探。他将自己被诬陷的经过、魏党成员的名单及他们的罪行，一一告知密探，并托付密探将这些信息转交周显：“魏进忠奸贼，祸国殃民，我虽被革职流放，却仍心系朝廷。恳请周大人务必收集证据，为我等冤臣平反昭雪。” 密探将李修的话一一记下，快马加鞭赶回京城，向周显汇报。
百姓们也在用自己的方式反抗。有人悄悄在街头张贴匿名告示，历数魏进忠的罪行；有人将魏党成员的丑事编成歌谣，在市井间传唱；还有人冒着生命危险，给玄夜卫传递消息，告知魏党成员的动向。玄夜卫的密探，正是凭借这些百姓提供的线索，才得以顺利监视魏党，收集证据。
魏进忠得知百姓的反抗后，勃然大怒，下令理刑院番子四处抓捕张贴告示、传唱歌谣的百姓。许多百姓被抓入诏狱，遭受酷刑，却仍不肯说出幕后主使。一位老妇人因传唱歌谣被抓，魏忠良对她严刑逼供，她却笑道：“魏进忠奸贼，你坏事做绝，百姓们都看在眼里，记在心里。你能抓我一个，却抓不住天下的百姓！” 魏忠良恼羞成怒，下令将老妇人打死，却仍无法阻止歌谣的传播。
这些来自官员和百姓的反抗，如同一点点星火，在黑暗中汇聚。周显将这些线索一一整理，与张启、秦飞一同分析：“沈仲书的木牌、李修的证词、百姓的举报，这些证据相互印证，已能初步证明魏进忠伪造证据、构陷忠良、贪腐枉法的罪行。但我们还需找到更直接的证据，比如伪造密信的幕僚、贩卖官盐的账本，才能彻底扳倒他。” 秦飞道：“大人，属下已查到伪造密信的幕僚名叫赵升，如今躲在魏府的偏院中，被魏进忠严密保护。只要能抓到赵升，便能让他指证魏进忠。”
魏进忠对即将到来的危机毫无察觉，他正沉浸在权力的快感之中。他在府中举办盛大的宴会，宴请魏党核心成员，席间，他端着酒杯，得意地说：“如今朝堂之上，皆是我等亲信，谢党余孽已被肃清，再也无人敢与我作对。日后，我等定能辅佐陛下，开创盛世。” 魏忠良连忙附和：“全凭大人英明！若不是大人运筹帷幄，我等岂能有今日之地位？大人之功，堪比周公！” 蒋忠贤也道：“大人，如今玄夜卫已被削弱，刘玄等老臣也被打压，再也无人能威胁到大人的权势。大人不如趁此时机，请求陛下封您为‘九千岁’，以彰显大人的功绩。”
魏进忠眼中闪过一丝渴望，“九千岁” 的称号，是他梦寐以求的荣耀。他沉吟片刻，道：“此事不急。如今还有一些小麻烦尚未解决，等彻底清除刘玄、周显等余孽，再议此事不迟。” 他口中的 “小麻烦”，便是玄夜卫的暗中调查。虽然他已削弱了玄夜卫的权力，却仍担心周显会找到自己的罪证。因此，他下令魏忠良：“立刻派人抓住玄夜卫的密探，严刑逼供，找出他们的联络点和收集的证据，一网打尽！”
魏忠良领命，立刻调遣缇骑，在京城内大肆搜捕玄夜卫密探。玄夜卫的密探虽行事隐秘，却仍有几位被捕。魏忠良对他们严刑逼供，试图找出周显的计划和证据存放地点。然而，这些密探皆是忠勇之士，宁死不屈，没有透露任何信息。魏忠良无奈，只能将他们杀害，却仍未能阻止玄夜卫的调查。
就在魏进忠计划清除玄夜卫的同时，周显也在紧锣密鼓地准备反击。秦飞已找到伪造密信的幕僚赵升的藏身之处，并制定了抓捕计划；张启则在百姓的帮助下，找到了魏党贩卖官盐的账本副本；刘焕也收集到了魏党挪用边军粮饷的完整证据。刘玄认为时机已成熟，便决定向德佑帝进言，弹劾魏进忠。
这一日，刘玄借着给德佑帝讲经的机会，将收集到的部分证据呈给皇帝：“陛下，魏进忠构陷忠良、贪赃枉法、结党营私，证据确凿。沈仲书、王彦等官员皆是无辜被冤，魏党挪用边军粮饷、贩卖官盐，已严重危害国家安危。臣恳请陛下下令，彻查魏进忠及其党羽，为冤臣平反昭雪。” 德佑帝看着证据，脸色凝重，却仍犹豫不决：“刘卿，魏进忠是朕的亲信，你所说的这些，是否有误？”
刘玄道：“陛下，臣所言句句属实，证据确凿。若陛下不信，可召周显、刘焕等人入宫对质，也可派人查勘魏党贪腐的证据。魏进忠的所作所为，已引起天怒人怨，若再不加以遏制，恐会危及社稷！” 德佑帝沉吟片刻，道：“此事事关重大，容朕三思。你先退下，朕自有决断。”
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