吸收记忆碎片后，紫色能量球产生了诡异的进化。它分裂出无数小型病毒体，每个都拥有独立意识，且能模仿三人的攻击方式。更棘手的是，这些病毒体开始吞噬古城的机械守卫，将其改造成半数据半实体的怪物。
X - 001的机械臂在战斗中受损，她将核心数据传输给沈烬离：“我的身体撑不住了，这些是古城防御系统的漏洞。你们必须在病毒体融合前找到中枢弱点！”沈烬离接过数据的瞬间，脑海中浮现出古城地下深处的结构图。沈烬离迅速将结构图分享给林悦。林悦看着复杂的线路图，眉头紧皱，“中枢应该就在这最底层的核心区域，但沿途肯定布满了那些半数据半实体的怪物。”沈烬离握紧拳头，“没时间犹豫了，X - 001牺牲自己给我们换来情报，必须成功。”三人小心翼翼地朝着地下深处前进。一路上，不断有被改造的机械守卫涌来，他们凭借着各自的能力艰难抵抗。就在即将到达核心区域时，一道巨大的半数据半实体怪物横在了他们面前，它融合了众多机械守卫的能力，攻击异常猛烈。沈烬离灵机一动，利用X - 001提供的漏洞，暂时瘫痪了怪物的部分数据。林悦趁机发动强力攻击，将怪物击退。终于，他们来到了中枢前。沈烬离深吸一口气，准备对中枢发动最后的攻击，能否阻止病毒体融合，成败在此一举。 沈烬离刚要动手，中枢突然发出一阵刺耳的警报声，无数道激光从四周射来，将他们逼退。原来，中枢启动了最后的防御机制。林悦迅速分析着防御机制的规律，喊道：“我找到攻击间隔了，趁这个时间你快动手！”沈烬离看准时机，再次冲向中枢。可就在他即将触碰到中枢时，那些分散的病毒体竟以极快的速度融合在一起，形成一个巨大的能量罩，将中枢牢牢护住。能量罩散发着强大的力量波动，沈烬离的攻击根本无法突破。这时，X - 001传输的数据中一条隐晦信息闪过林悦的脑海。她急忙提醒沈烬离：“试试攻击能量罩边缘的数据接口！”沈烬离依言而行，精准地击中接口。能量罩出现一丝裂缝，林悦和沈烬离同时发力，裂缝越来越大。最终，他们成功突破能量罩，摧毁了中枢。那些半数据半实体的怪物瞬间失去控制，化作数据消散。古城恢复了平静，而他们也成功阻止了一场危机。就在他们以为危机解除时，中枢残骸突然闪烁起奇异光芒，一个虚幻身影从中浮现。它竟是病毒体意识的集合，带着怨愤道：“你们以为摧毁我就结束了？我会在更深层的网络中重生。”说罢，身影化作一道流光消失。
沈烬离三人对视一眼，明白战斗远未结束。此时，X - 001剩余的数据传来声音：“我检测到古城有通向深层网络的隐秘通道，跟我指示走。”
他们顺着通道前行，通道内弥漫着诡异蓝光，四周不时有数据乱流闪过。突然，地面裂开，一群新的半数巨生物涌出。沈烬离三人迅速摆开战斗架势，再次投入激烈战斗。他们深知，必须在病毒体重生前将其彻底消灭，否则世界又将陷入危机，而这场与数据病毒的战斗，注定还会有更多艰难险阻等待着他们。 在激烈战斗中，沈烬离发现这些新的半数据生物虽攻击猛烈，但行动存在一定规律。他将这一发现告知林悦和X - 001剩余数据引导的他们。三人配合愈发默契，林悦负责吸引怪物注意力，沈烬离找准时机攻击弱点，X - 001则利用剩余能量干扰怪物的数据连接。
随着战斗推进，他们逐渐摸清了怪物的所有弱点。就在此时，通道深处传来一阵低沉的咆哮，比之前遇到的怪物都要强大的气息扑面而来。一只巨大的数据巨龙从通道尽头游出，它身上的数据光芒闪烁不定，仿佛蕴含着无尽的能量。
沈烬离三人深知这就是病毒体重生前的最后屏障，他们交换了一个坚定的眼神，再次握紧武器，朝着巨龙冲去。这一场与数据巨龙的战斗，将是他们阻止病毒体重生的关键之战，而胜利的曙光，似乎还隐藏在重重危机之后。 巨龙张开血盆大口，吐出一道道数据火焰，三人迅速分散躲避。沈烬离瞅准时机，纵身一跃，跳到巨龙背上，挥剑猛砍。可巨龙鳞片坚硬无比，剑刃仅仅留下浅浅划痕。林悦则在一旁施展法术，凝聚出冰箭射向巨龙眼睛，巨龙吃痛，剧烈甩动身体，沈烬离差点被甩下。
X - 001剩余数据分析出巨龙弱点在腹部，可它腹部防护严密，难以靠近。就在众人发愁时，沈烬离想到一个险招。他吸引巨龙注意力，让林悦和X - 001配合制造幻象，趁巨龙被迷惑之际，沈烬离以极快速度钻进巨龙腹部。他集中力量，将剑刺入弱点。巨龙发出痛苦咆哮，身体剧烈颤抖，数据火焰四处喷射。最终，巨龙轰然倒地，化作一团数据烟雾消散。
三人疲惫但坚定地继续沿着通道前进，他们知道，深层网络里的病毒体还在等待着他们，真正的挑战才刚刚开始。终于，他们抵达了深层网络的核心区域。这里的数据风暴肆虐，无数扭曲的代码如毒蛇般游动。而病毒体意识集合已然重生，它化作一个巨大的数据旋涡，周围环绕着尖锐的数据利刃。
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