元封二年（壬申，公元前109年）
冬天十月，汉武帝到雍地，祭祀五帝；回来后，又祭祀太一神，还特地举行仪式感谢德星的出现。
春天正月，公孙卿报告说：“在东莱山见到了神人，好像说想见天子。”汉武帝马上跑到缑氏城，封公孙卿为中大夫，接着赶到东莱山，停留了好几天，啥神也没见着，只看到了所谓的“巨人脚印”。随后又派出大量方士，成百上千地去找神怪、采灵芝。当时正赶上大旱，汉武帝出来一趟也没啥正当理由，就跑去万里沙祭坛祈祷求雨。到了夏天四月，往回走的时候，顺路祭祀了泰山。
早些年，黄河在瓠子决口，二十多年一直没堵住，梁、楚一带深受水患折磨。这一年，汉武帝派汲仁、郭昌两位大臣，征调几万名士兵去堵瓠子的决口。汉武帝从泰山回来，亲自到决口处，把白马、玉璧沉到河里祭祀河神，还让从将军到普通官员，全都背柴草填河，终于把决口堵住了。后来又在上面修了一座宫殿，叫宣防宫。还引导黄河分成两条河渠向北流，恢复了大禹治水时的河道，梁、楚地区这才恢复安宁，不再闹水灾。忙完这些事后，汉武帝返回长安。
这一年，开始让越地的巫师祭祀上帝和各种鬼神，还用鸡骨占卜。公孙卿说仙人喜欢住在高楼里，于是汉武帝下令在长安修建蜚廉观、桂观，在甘泉宫修建益寿观、延寿观，派公孙卿拿着符节，准备好供品，等着神仙降临。又建造了通天茎台，在下面设置祭祀用具。还翻新了甘泉宫前殿，扩建了不少宫殿。
在战国时燕国全盛时期，曾把直番、朝鲜一带纳入统治，设置官吏，修筑防御工事。秦朝灭燕后，这里就成了辽东郡的边疆。汉朝建立后，觉得这里太远不好守，就重新修复了辽东原来的边塞，以浿水为边界，归燕国管辖。后来燕王卢绾造反逃到匈奴，燕国人卫满带着一千多人，梳着蛮夷的发髻，穿着蛮夷的衣服，向东逃出边塞，渡过浿水，在秦朝废弃的空地上定居，慢慢收服了真番、朝鲜的蛮夷部落，还有一些从燕国逃过去的人，建立了自己的政权，定都王险城。到了汉惠帝、吕后当政的时候，天下刚安定，辽东太守就和卫满约定，让他做汉朝的外臣，管好塞外的蛮夷，别让他们侵犯汉朝边境；要是有蛮夷首领想入朝拜见天子，也不能阻拦。靠着这个约定，卫满凭借武力和财物，让周边的小部落纷纷归降，真番、临屯都成了他的属地，地盘方圆几千里。王位传到他孙子右渠这一代，引诱了很多汉朝人逃到朝鲜，而且右渠自己也从来没入朝拜见天子。辰国想给汉朝天子上书，也被右渠阻拦。这一年，汉朝派涉何去劝右渠，可他就是不听命令。涉何离开朝鲜走到边界，在浿水边，让车夫杀了送他的朝鲜一个小王长，然后渡河逃回汉朝边塞，回去报告汉武帝说：“杀了朝鲜的将领。”汉武帝觉得这事儿听起来挺厉害，也没追究，还封涉何为辽东东部都尉。朝鲜人咽不下这口气，发兵把涉何杀了。
六月，甘泉宫的房间里长出了九根茎的灵芝，汉武帝为此大赦天下。汉武帝正为干旱发愁，公孙卿说：“黄帝那时候，封禅之后就大旱，连着旱了三年。”汉武帝就下诏书说：“天旱，难道是因为我封禅，老天爷要‘乾封’吗！”
秋天，在汶上修建了明堂。汉武帝招募天下犯了死罪的人当兵，派楼船将军杨仆从齐国乘船渡渤海，左将军荀彘从辽东出兵，去攻打朝鲜。
之前，汉武帝派王然于去跟滇王说，汉朝刚灭了南越、平定南夷，军威正盛，劝滇王入朝拜见。滇王手下有几万人马，他东北方向有劳深、靡莫两个部落，和滇王都是同一族，互相依靠，根本不听劝。劳深、靡莫还多次骚扰汉朝的使者和士兵。于是汉武帝派将军郭昌、中郎将卫广，征发巴、蜀两地的军队，灭了劳深、靡莫，大军直逼滇国。滇王一看这阵仗，全国投降，请求汉朝设置官吏，自己也愿意入朝。汉武帝就把这里设为益州郡，赐给滇王王印，让他继续管理百姓。
那时候，汉朝灭了南越、东越，平定了西南夷，新设置了十七个郡，按照当地原来的风俗治理，不收赋税。南阳、汉中这些临近的郡，根据实际情况，给新设置的郡供应官吏、士兵的粮食、财物，还有驿站用的车马等物资。不过新郡时不时会发生小规模叛乱，杀汉朝官吏，汉朝就得从南方调兵去平叛，每年都得派出一万多人，这些费用都由大农（管理财政的部门）承担。大农靠推行均输法、调配盐铁专卖的收入来补贴赋税，这才勉强够用。但军队经过的地方，当地县衙只能尽量保证物资供应不断，也顾不上是不是违反了赋税的相关规定了。
这一年，汉武帝任命南阳人杜周为廷尉。杜周表面上看着温和宽厚，实际上心狠手辣，断案风格跟张汤差不多。当时朝廷下诏书查办的案件越来越多，被关进监狱的二千石官员，新旧加起来，不少于一百人；廷尉一年要处理一千多起案件，大案要牵连几百人来作证，小案也得涉及几十人，远的地方涉案人员要从几千里外赶来，近的也得从几百里外到案。廷尉和京城各官府奉诏查办的案件，关押的人达到六七万，再加上官吏随意抓捕的，有十多万人。
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