若皇上破格超迁一二贤才，则楩楠一升而草木皆振，此培养之方也。古者询事考言二者并重，近来各衙门办事小者循例大者请旨，本无才猷可见，则莫若于言考之。而召对陈言天威咫尺，又不宜喋喋便佞，则莫若于奏折考之。
依照国家制度，京官中的九卿科道、外官中的督抚藩臬都有进言职责，地方道员也可专折奏事。然而十多年来，九卿无人议论朝政得失，司道官员没有奏折陈述地方利弊，科道官员既不规谏君主德行，也不弹劾大臣过失。这种风气形成的原因实在令人费解。
本朝向来不乏直言进谏的先例，如孙嘉淦规劝高宗皇帝、袁铣进谏大行皇帝，都获得嘉奖；李之芳弹劾魏裔介、彭鹏参奏李光地，四人反而成为一代名臣。可见直言敢谏的风气没有比本朝更兴盛的了。皇上即位之初曾下诏求取谏言，对倭仁奏疏的褒奖令臣深受感动，但臣仍不免心存忧虑。
臣担心皇上求言心切，可能导致奏折内容雷同，或流于相互攻讦。恳请皇上将奏折作为考察人才的依据，对内容雷同的不予讨论，对言辞过激的不予采纳，如此则利大于弊。现行考核制度中，九卿通过面圣应对、科道通过京察、司道通过督抚评价来评定，若能辅以奏折相互印证，则考核将更为公允。
这份奏折获得圣旨嘉奖，称其切中要害，命百日后举行日讲。曾国藩随即拟定十四条日讲章程，包括讲官设置、人数、进讲内容及礼仪等事项。但经部臣商议后未被采纳。同年六月，曾国藩暂时代理工部左侍郎职务。
咸丰元年，曾国藩代理刑部右侍郎，担任武科会试正考官。咸丰二年，代理吏部左侍郎，出任江西乡试正考官。后因母亲去世回乡守制。此时太平军起事进犯湖南，围攻长沙未能攻克；转而攻袭武昌，将其攻陷。随后接连攻占长江沿岸各州县，江南地区大为震动。
十一月二十九日，皇上特命曾国藩会同湖南巡抚，办理本省团练事务，搜剿土匪。当时塔齐布还以都司身份代理抚标参将，曾国藩上奏称赞他作战勇猛、吃苦耐劳，深得民心。并称若塔齐布日后作战不力，自己愿同担罪责！请求下旨嘉奖，专门委派他统率部队剿灭贼寇。
当时太平军攻破金陵后逆长江西进，安徽、湖北各州县相继失陷。皇上因曾国藩训练的乡勇作战得力，剿匪成效显着，便下诏命他火速赶赴湖北剿灭贼寇。曾国藩认为敌军之所以能肆意流窜，是由于长江沿线没有官军防守。于是驻守衡州打造战船，训练水师，并劝募富户捐助军饷。
咸丰四年正月，曾国藩率军东下，在岳州与太平军交战，随后又在靖港作战，均遭失利。朝廷下旨将其革职，但仍准许他专折上奏。此时曾国藩已派杨岳斌、彭玉麟与塔齐布合击湘潭的太平军，大获全胜，收复湘潭城，太平军败退至岳州据守。
七月，曾国藩率军攻克岳州，焚毁太平军战船。敌军乘船再次进犯，又被击溃。曾国藩随即与塔齐布分率水陆两军追击，从城陵矶开始连续追击二百余里，将敌军彻底剿灭。朝廷赏赐三品顶戴以示嘉奖。九月，湘军收复武昌、汉阳两城，并将襄河一带的太平军战船全部焚毁。
朝廷赏赐曾国藩二品顶戴，任命他代理湖北巡抚，并赐戴花翎。不久因曾国藩坚决推辞，改授兵部侍郎衔，专办军务，不再代理巡抚。曾国藩制定三路进兵策略，上奏称江汉地区已肃清，太平军残余多聚集在兴国、蕲州、广济等地负隅顽抗。
从巴河到九江一带，沿江各处都有太平军战船驻扎。曾国藩计划派塔齐布率军从南路进攻兴国、大冶；由湖北总督派兵从北路进攻蕲州、广济；他自己则率水师顺江而下，与陆军相互配合，协同作战。皇帝批准了这一作战方案。
曾国藩率水师顺流而下，接连击败太平军。蕲州的太平军前来进犯，又被击溃。此时塔齐布已收复兴国、大冶。当时太平军以田家镇为大本营，以蕲州为后援，从蕲州到田家镇四十多里的江岸上修筑土城，架设炮台，对江面进行炮击。
太平军在江面横贯铁链封锁航道，以阻截清军水师。南岸的半壁山、富池口均有大批精锐太平军驻守，江上船只往来频繁。曾国藩谋划要攻破田家镇，认为必须先夺取南岸要地。
十月，罗泽南大败太平军，攻克半壁山。曾国藩调派战船分为四队：第一队阻截上游来犯之敌，第二队携带火炉、铁剪、铁锤等工具准备切断江中铁链。太平军炮船前来救援，第三队立即围攻，击沉两艘敌船，余敌不敢靠近。不久铁链被熔断，太平军惊慌失色，纷纷驾船逃窜。
第四队战船顺流追击，在邬穴追上敌军。此时东南风大作，太平军船只无法行进，清军将其包围并纵火焚烧，百里江面火光冲天，浮尸塞流。陆军从半壁山呼啸而下，一举荡平田家镇、富池口营垒，蕲州守敌闻风逃窜。此战歼灭太平军数万，焚毁战船五千余艘。
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