曾国藩与塔齐布乘胜收复广济、黄梅、孔垅口、小池驿，长江上游江面完全肃清，随即进兵围攻九江。十二月，咸丰皇帝因曾国藩指挥得当，特赏赐黄马褂，并加赐狐腿黄马褂、白玉扳指、白玉巴图鲁翎管、玉靶佩刀、小刀、火镰各一件。
曾国藩派水军进攻湖口、梅家洲，以打通江西的粮饷运输通道。经过大小十余次战斗，精锐部队千余人被困在鄱阳湖内，被湖口的太平军阻截，水军被分割成两部分。咸丰五年（1855年），太平军进犯武昌，并分兵趁夜从小池口偷袭，烧毁曾国藩的战船，清军作战失利。
数日后，狂风又损毁数十艘战船。曾国藩遂将剩余水师交由李孟群、彭玉麟统领，并联合胡林翼所率陆军回援武汉，自己则亲赴江西督造战船、招募新勇，扩充水师。新军接连攻克姑塘、都昌，继而进攻湖口，大败太平军水师。
七月，塔齐布去世，曾国藩立即赶赴九江接管其部队。八月，水军收复湖口。九月，曾国藩被任命为兵部右侍郎。九江久攻不下，曾国藩因军队长期作战未能取得成效，主动上疏请求朝廷严厉处分。
咸丰皇帝下谕：曾国藩统领水师屡建战功，虽到九江后未能迅速攻克，但鄱阳湖一带贼寇已被肃清。其自请处分之处，特予宽免。咸丰六年，太平军首领石达开率部进犯江西，各府县相继失守。
曾国藩火速赶赴南昌坐镇，派彭玉麟统领内湖水师退守吴城镇，以巩固鄱阳湖防线；命李元度回师围剿抚州太平军，确保广信府安全。各路将领分兵扼守战略要地，相继收复进贤、建昌、东乡、丰城、饶州等地，并在抚州、樟树镇、罗溪、瓦山、吴城等地连败太平军。
曾国藩联合湖北援军将领刘腾鸿、曾国华等部，在瑞州大败太平军，随后收复靖安、安义、上高等地，使江西通往湖南、湖北的交通要道得以畅通无阻。
咸丰七年正月，清军接连收复安福、新淦、武宁、瑞昌、德安、奉新等城，军势大盛。不到一年时间，石达开兵败溃逃，江西全境平定，此皆曾国藩运筹之功。二月十八日，曾国藩突接父亲去世噩耗。朝廷以军情紧急为由，本可命其夺情留任，但体恤其孝心，特准三个月假期回乡治丧，期满后须立即返回江西继续督办军务。
曾国藩上奏请求按制守孝三年。朝廷回复称，他此前戴孝从军屡立战功，其父曾麟书还派次子曾国华带兵助战，满门忠烈。虽理解其孝心，但江西战事未息，湘军需其统率，故命其守孝期满立即回营，并暂代兵部侍郎职务。待攻克九江后，准其回乡安葬父亲，以成全忠孝两全之义。
曾国藩再次上奏，说明江西军情稳定无需亲往，并自谦才能不足难当重任。朝廷批准他暂时卸任兵部侍郎职务，留乡守孝，但规定若江西战事有变仍需返营指挥。咸丰八年五月，曾国藩奉调率军转战浙江，继而移师福建支援，同时分兵清剿流窜江西的太平军残部，亲自驻守建昌统筹南北战线。
曾国藩研判形势，认为连城东路的太平军势力已衰，福建战事不足为虑；景德镇北路的战况关系全局最为紧要，信丰南路次之。于是派遣张运兰率部进攻景德镇，调萧启江追击信丰敌军，自己则坐镇中军统筹调度。至此，曾国藩凭借战略远见分兵部署，继续掌控江西周边战局。
咸丰九年，萧启江率军攻破南康太平军，攻克新城墟、池江等敌军据点，随即收复南安，解除信丰之围。残敌逃往湖南，企图经广东、贵州进入四川。曾国藩立即调萧启江急赴吉安，支援湖南战场。同时张运兰收复景德镇与浮梁县，江西全境平定，残余太平军逃往皖南地区。
曾国藩奉命前往四川布防，行军至阳逻时接到圣旨，因安徽太平军势力日益猖獗，命其筹划从湖北分路进剿。曾国藩随即回师驻扎巴河，整训军队清点装备。他在奏折中分析战局：自洪秀全、杨秀清内讧后，清军收复镇江，南京城内的太平军首领气焰早已衰落。
只因陈玉成在江北活动，联合捻军作乱，致使庐州、浦口、三河等地多次挫败清军。这导致皖北局势日益恶化，江南太平军的粮草供应始终未断。要肃清各地敌军，必须先攻破金陵；而要攻破金陵，就必须在滁州、和州一带驻扎重兵。
这样才能扫除江宁外围屏障，切断芜湖的粮道。要在滁州、和州驻军，必须先围攻安庆，摧毁陈玉成的根据地，同时进攻庐州，迫使陈玉成回援。进军需分四路：南路沿长江而下，一路从宿松、石牌进逼安庆，一路从太湖、潜山直取桐城。
北路则沿山区推进，一路从英山、霍山进攻舒城，一路从商城、六安直指庐州。南路军驻扎石牌，就能与杨岳斌、黄石矶的部队相互策应；北路军抵达六安州，便可与寿州的军队形成联动之势。
曾国藩请求亲自率军进攻安庆，派多隆阿、鲍超攻取桐城，胡林翼进攻舒城，李续宜直指庐州。奏折呈上后，皇帝表示赞同。咸丰十年二月，太平军首领陈玉成进犯太湖，曾国藩分兵将其击退。
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