同治二年五月，清军收复江浦、浦口，攻克九洑洲，长江沿线敌军被彻底肃清。由于淮南漕运通道恢复畅通，曾国藩着手筹划恢复盐务，改由民间商贩承运。他上奏朝廷，提出疏通销路、减轻成本、稳定盐价、杜绝私盐等整顿盐政的措施。
同治三年正月，官军攻占钟山，完成对金陵的全面包围。到六月，金陵被彻底平定。朝廷下旨嘉奖曾国藩，表彰他从咸丰四年开始率先组建团练、创建水师，屡建战功，保卫湖南，收复武汉，肃清江西，东征后又接连攻克安庆等地，最终成就大业，特加封他为太子太保、一等侯爵，并赐予双眼花翎。
浙江巡抚曾国荃也获得封赏，加太子少保衔，晋升一等伯爵，赐双眼花翎。其他将士也各有升迁奖赏。此时捻军势力强盛，僧格林沁在曹州战死，朝廷于是命令曾国藩前往山东剿灭捻军，并统辖直隶、山东、河南三省军务。
曾国藩计划前往徐州督师，招募训练新军骑兵，调集刘松山等部协同围剿。五月，捻军回窜至雉河集，曾国藩驻守临淮关，派兵将其击退。他上奏分析捻军流动作战的特点，建议以安徽临淮、江苏徐州、山东济宁、河南周家口为四大军事重镇，形成相互支援之势，以遏制捻军流窜。
当时捻军首领张宗禹、任化邦、牛宏升及太平军余部赖文光率领十余万部众，时而分散时而聚合，四处活动。曾国藩的战略意图是通过设立固定据点和机动部队相互配合，来应对捻军飘忽不定的战术，以期最终平定叛乱。
八月，曾国藩派遣刘铭传击败捻军，颍州一带的贼军向东逃往曹州。曾国藩命令潘鼎新全力扼守运河防线，同时调派军队火速赶赴山东协助围剿。贼军无法渡过运河，于是向南逃窜至徐州，占据丰县、沛县及铜山境内。九月，曾国藩又派李昭庆、潘鼎新率军将其击败。
徐州丰县的贼军又流窜到山东。十月，周盛波、刘铭传率军将其击退。宁陵、扶沟的贼军流窜攻陷湖北黄陂。同治五年正月，曾国藩派刘铭传击败贼军，收复黄陂城。任化邦率部回窜至沈丘，企图占据蒙城、亳州的老巢。
曾国藩派刘铭传、周盛波率军进剿。张宗禹分兵攻入郓城。三月，刘铭传、张树珊将其击败。颍州、周口一带的贼军会合后盘踞在濮州、范县、郓城、巨野之间，被各路官军击溃。张宗禹率部逃往单县，任化邦则逃往灵璧。
曾国藩驻守徐州，疏浚运河以巩固东路防线。五月，他派遣诸将在洋河、王家林击败张宗禹部，在永城、徐州击败任化邦部。当时贼军自二月北窜后，一直企图强渡运河，在曹州、徐州、淮安、泗州一带徘徊两个多月，始终未能得逞。
于是张宗禹率部进入河南，任化邦率部进入安徽。曾国藩派周盛波在陈州大败牛宏升部，在乌江河击败任化邦、赖文光两部。张树珊在周口击败张宗禹部。牛宏升、张宗禹两部渡过沙河南下，任化邦、赖文光两部也流窜渡过贾鲁河。
曾国藩鉴于此前防守运河已初见成效，决定参照此法在沙河沿线设防，以限制捻军骑兵的活动范围，使战局逐步明朗。最终议定从周家口往下至槐店扼守沙河防线，往上至朱仙镇扼守贾鲁河防线。
曾国藩上奏称，沙河防线长达七百余里，地段过于漫长，不敢保证防务万无一失。但臣必定始终坚持这一策略，不因困难而退缩，不因流言而改变，以求对当前战局有所裨益。
自古以来对付流寇都没有万全之策，唯有构筑防线限制其流窜，这仍是积小胜为大胜的办法。待河防工事完成后，可使驻防部队与机动部队相互配合，轮换作战，这样才能保持军队的旺盛战斗力。
六月，曾国藩派郭松山、张诗日率部在上蔡、西华大败捻军。捻军突破河南巡抚防区东窜，致使沙河防线计划受挫。七月，复命郭松山、宋庆在南阳、新野击溃敌军。九月，刘铭传、潘鼎新在郓城获胜，确保了运河防线安全。同月，曾国藩上疏陈请病休，朝廷准其回任两江总督，改由李鸿章接办剿捻军务。
曾国藩奏请以闲散人员身份继续留营效力，表示若朝廷不让他治军而仅负责筹饷，恐怕有推卸重任之嫌。他反复考量自身病情与职责大义，认为可以适当减轻职权，但直接回任两江总督不妥。此前两次上奏请求解除职务却未申请离营，正是为了稳定湘淮两军军心并协调将领合作，承诺仍会全力协助处理军务。
清廷下旨肯定曾国藩的勤勉之心，但强调两江总督职责重大，湘淮两军粮饷供应全赖其调度，与前敌作战同等重要。谕令曾国藩不应避繁就简，须立即回任以支持李鸿章前线军事。曾国藩再次上奏，坚持病体难以承担两江总督繁重政务，宁可让贤退位，重申请求解除职务。
朝廷严旨驳斥曾国藩的请求，称其作为朝廷重臣，粮饷军械供应事关战局成败，不容推卸责任。谕令其立即返回两江总督任所，确保李鸿章能专心剿灭捻军。同时要求李鸿章在军事决策上仍须咨询曾国藩，以维持湘淮两军协作。曾国藩最终奉旨返任，次年上奏请求将海关税收留用两成，其中一成用于建造战船，一成拨付淮军军费，获得朝廷批准。
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