同治六年七月，曾国藩被授予体仁阁大学士衔，仍留任两江总督。同年十二月捻军被平定后，朝廷赏赐他云骑尉世袭爵位。在任期间，他力主发展造船业作为挽救时局的重要策略，并统筹协调剿捻战役的后勤保障。虽多次上疏请辞，最终仍以国家大局为重继续履职。
同治七年四月，曾国藩补授武英殿大学士。七月调任直隶总督，十二月抵京后获赐紫禁城骑马殊荣。八年二月，他查明大洼涝地区赋税征收问题，上奏请求减免受灾地区税赋，获得朝廷批准。三月又奏报直隶积压刑案过多，与按察使张树声共同清理已初见成效，因张树声调任山西巡抚，特奏请暂留其一年以完成积案清理工作。
朝廷下旨肯定曾国藩到任后整顿吏治、改善民风成效显着，批准其请求，允许张树声暂留协助清理积案。曾国藩先后两次考核下属官员政绩优劣，上奏请求实施奖惩以整肃官场风气。当时直隶军备松弛，朝廷决议组建六营练军，命其制定完善的练兵章程。五月，曾国藩上奏表示朝中大臣已详细讨论过直隶不宜长期保留外省勇营，但仍应参考东南各省招募勇丁的经验。
曾国藩建议练兵应借鉴勇营三项原则：第一是规章制度应当简明，勇营军规简洁实用，而旧式兵制过于繁琐，官僚习气严重；第二是事权必须集中，勇营将领拥有完整指挥权，而直隶六军统领职权分散，受多方牵制，难以施展才能；第三是官兵情谊需融洽，勇营各级军官均由主将选拔，上下齐心，而旧制官兵关系疏远，临阵难以效死作战。
曾国藩进一步说明，勇营如同树木般脉络贯通，士兵感念将领的选拔之恩，因此能够同甘共苦。而现行的练军体制层级繁多，总理衙门、户部、兵部层层制约，将领顾虑重重，难以放手行事。他建议朝廷借鉴勇营的优点，精简规章制度，赋予将领实权，以此振兴直隶军务。
如今练军中的士兵，离开原属营汛，被调往新编哨队，其选拔权仍由原营军官掌握。新编练的营官既无决定士兵去留的权力，又缺乏优待亲兵、提拔精锐的权限，导致上下级隔阂严重，彼此毫无情谊可言，如此军队岂能在危急时刻堪当大任？这虽是想借鉴勇营制度的优点，但实际条件却难以实现。
此外还听说各营练军普遍存在冒名顶替的弊端，防不胜防。由于兵丁的军饷不足以维持生计，往往兼营小买卖或手艺，这是各省通病。直隶六军将此处兵丁调往他处训练，其训练饷银二两四钱由练营发放，基本饷银一两五钱仍由原属营发放。
士兵不愿离开家乡，常常仍留在原驻地，在练营附近雇人顶替自己点名操练。一旦遇到需要远征的情况，受雇者又不愿前往，便转而雇佣乞丐或穷苦百姓代为出征。一个兵额，实际已换了三人；十名练兵中，顶替者超过半数。这样的军队还如何指望他们发挥作用？
如今应当寻求改革之法，首先必须杜绝冒名顶替的弊端。建议今后一旦士兵被选入练军，就立即裁撤其在原营的编制名额。练军每增加一名士兵，原营就减少一名士兵；无论基本军饷还是训练军饷都统一由练军发放。若士兵因故被革退，也由练军负责招募补充，原营不得干预，希望能借此稍改积弊。
此外，还需进行适当调整。例如骑兵不应混杂在步兵各哨之中，应当单独设立骑兵营，以免临阵时造成混乱；每队人数不应增至二十五人，仍保持十人一队的编制，使士兵更容易理解和执行命令。
基于这些情况，臣原本计划制定简明章程重整练军，练足万人规模，以符合朝廷的殷切期望！至于未被选入练军的士兵，各原营剩余兵员也需妥善安置，不可任其陷入困顿而军纪废弛。
计划参照浙江裁兵增饷的做法，不必大规模削减兵额，只需淘汰老弱士兵且不再补充，病故者空缺也不补员。将节省下来的军饷，酌情补发各营历年积欠，使各营稍有余款，用于添置器械旗帜等装备，既可整肃军容，又能提振士气。
数年后，或许能将原本只发五折、七折、八折的军饷全额发放。入选练军的士兵，待遇自然优厚；即便留在原营的士兵，也能维持生计。这样营务或许能逐渐好转，而京畿地区练军的计划，也不至于屡次推行又中止，如同儿戏。请皇上敕令原议各衙门审议施行。随后朝廷命曾国藩拟定简明章程，上奏确定最终方案。
曾国藩上奏说：臣认为用兵之道，应当根据地形、敌情而灵活变化。原本就没有固定不变的规则可以拘泥，古人取得成功的战例，后人效仿却未必奏效。今日克敌制胜的方法，他日因循沿用反而可能失败。必须明白既有的经验不可因循守旧，个人的见解也不可盲目依赖。
就以扎营一事来说，湘军初出时，屡次被太平军攻破。后来采用高垒深壕的策略，先求自保，随即以此克敌制胜。淮军兴起后，同样以深沟高垒作为立足根本，擅长扎营的部队便被视为主力。后来转战剿捻时，每日需按行军远近评判各营优劣，根本无暇修筑营垒壕沟，而营垒坚固与否，对胜负已无直接影响。
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