二十一日，船队停泊在黄石矶。曾国藩的弟弟曾国荃、曾贞干以及杨载福都前来会面。曾国藩派遣官员勘察皖南山区的道路情况。
二十三日，曾国藩发公文给江西粮台，拨付白银数千两，委派守备成名标前往广东采购西洋火炮。
二十六日，曾国藩向巡捕、门印、签押等各级属员发布训令，订立三条禁令：一不准欺压地方官员，二不准收受贿赂礼品，三不准举荐私人关系。全文共计六百余字。二十七日，曾国藩离船登岸，抵达东流县。
二十八日，曾国藩抵达建德县，视察普承尧所部军营，并接见各营哨官。
当月，张玉良被革职但仍留营效力，由瑞昌公统率江南各路军队。江苏巡抚薛焕驻守上海，暂时代理两江总督职务。松江府一度失守，官军随即收复该地。
六月初三日，曾国藩驻守建德县。他紧急上奏称：安庆围城之军不可调动，此举意在形成以上游压制下游的战略态势。臣所率南岸部队当先固守徽州、宁国等要地，暂不深入敌境，以免贼军包抄我军后路。至于地方政务，亦不可视为次要之事而延误处置。
臣在皖南设立行营驻扎，同时在安庆江畔设立老营，其规制与行省官署相仿。历年文书档案均存放于江畔官署，专门委派司道级官员负责管理。地方日常事务即交由该署代为处理，重要事项则汇总密封送至行营审核办理。此乃臣为兼顾军务与地方政务所采取的权宜之计。
另附奏片：请求恢复已革职守备成名标的原官职。又附片奏请：水师各营候补候选官员，请依照咸丰六年奏准的先例，按各自晋升的官阶给予封典。再附片奏请：调四川万县知县冯卓怀来营任职。又上奏副将成发翔恢复原姓归宗一事。初四日，拔营启程。
初九日，行军途中接到圣旨：曾国藩现已调集兵勇万人，由宿松进驻祁门，待鲍超、张运兰、李元度到齐后，即刻分路进兵。足见其胸有成竹，谋定后动。但江苏军情紧急，该署督应催促鲍超等速来会师，共商进剿。援军早到一日，百姓便早一日脱离苦难，朕甚为期盼。该署督现统兵力尚显单薄，不可轻率冒进，务必持重行事。钦此。
十一日，曾国藩率部抵达祁门县。各路军马陆续集结，他亲自调派兵力择要地驻防。
十三日，曾国藩专门委派官员管理地方文书档案。由于当时公文日益增多，便仿照常规官署制度，分设吏、户、礼、兵、刑、工六科，选派书吏分类收存，最终汇总至安庆老营统一保管。
十六日，上奏报告抵达祁门日期的奏折。同时奏明：鲍超、张运兰都难以按期到达安徽，左宗棠、李元度新招募的兵勇，要到七八月间才能陆续前来。臣目前兵力过于单薄，不敢贸然进军。
另具奏折称：杨载福、彭玉麟原为臣之旧部，现又奉旨归臣调遣，自当遵旨办理。但军情瞬息万变，奏报不可延误。杨载福统领水师，其谋略、勇略、器识均远超诸将。所有江面战守事宜，仍令该提督自行具折上奏。
另附奏片：臣奉到谕旨，徽州、宁国等府本属臣兼辖范围，该处军务亦由臣督办，以统一事权。经查徽、宁两地兵勇战力不足。臣初至祁门，对当地情形尚不熟悉，兵将尚未到齐，不便立即接管皖南军务。张芾所辖各军，应暂由该副都御史继续统筹调度。
同日，又与官文、胡林翼联名上奏，请求调派左宗棠率军来皖。当时张芾在徽州遭人弹劾，而左宗棠此前已奉旨前往四川督办军务。
曾国藩统兵八年，转战两湖、江西、安徽等省，与地方大员形成主客分治之势。此时兼任封疆大吏，政务纷繁。于是以安庆江畔为总营，设立行营衙门，奏请派遣要员统管地方文书，委任官员分管银钱、军械、司法等事务，颁布军营制度条例，整训各营将士。
刊印《居官要语》一书，用以训诫下属官员，并秘密行文各司道官员，要求举荐或弹劾属员；同时发文各营统领，要求举荐或弹劾营官哨弁，均可用密信直接上报。又行文命令道府州县官员，查访地方利弊、山川险要，留意辖境内有才干的士绅百姓及农桑畜牧情况。对于当前急需办理的事务，均以书面函件形式批复处理。
发布告示晓谕江南江北士民共六条：第一，禁止官民奢侈之风。指出吴地民风本善，而遭祸患的根源在于过于繁华。第二，命士绅百姓举荐人才。认为以两江本地人才，足以平定两江之乱。第三，妥善安置流民。凡世家大族、饱学儒士与为国殉难者家属，均令地方官特别抚恤，贫困者发放口粮。
第四，征求批评意见。凡本人过失及军中弊端，允许据实直言举报。第五，表彰忠义节烈。在行营设立忠义局，委派专员查访核实，详细记录事迹，或由地方官上报，或由家属邻里直接呈报，定期汇总奏请朝廷。申请建立总祠总坊，对殉难尤为壮烈者，另建专祠专坊，以告慰忠魂，匡正风气。
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