五月二十三日，杨载福（谥号公）休假期满返回军营，到安庆拜见曾国藩，随后前往金陵视察水师。
李世忠归降的部众共计数万人，不领取朝廷粮饷，专靠两淮盐利维持。他派员到安庆请求补给，曾国藩调拨军火、银两和粮米供给，李世忠感激喜悦。
五月二十八日，曾国藩呈递庆贺皇帝万寿的奏折，并专折代弟弟曾国荃、曾贞干叩谢皇恩。
本月，李鸿章率军收复南汇县、川沙厅。太平军大举进犯青浦、嘉定，外国军队战败撤退，上海宣布戒严。李鸿章在虹桥迎击敌军，取得大胜，松江之围解除，上海防务也随之解除警戒。李鸿章多次接到移驻镇江的谕旨，因上海军情紧急，最终上奏请求直接进攻苏州，不再移师镇江。
六月初三日，曾国藩与彭玉麟（谥号公）共同修缮元朝名臣余阙（谥号忠宣公）的陵墓。工程完成后，亲自前往墓前祭奠。
当时安徽省内各级官职多有空缺，缺乏合适官员委派。曾国藩决定每日接见三名州县佐杂官员，与他们长谈，并教导为政之道。
西洋军队被太平军击败后，有传言称将调遣印度军队来上海协同大规模围剿。曾国藩接到总理衙门公文后，深恐江浙百姓遭受严重战祸，对此深感忧虑。
六月初六日，曾国藩上奏折回复：请求不要裁撤南洋通商大臣一职，建议改为长江通商大臣，专门处理沿江四省的中外交涉事务。广东、福建、浙江三省的交涉事宜，则由当地海关道员负责。同时上奏选拔官员代理安徽各府州县空缺职位，并附名单呈报。另附片奏称：安徽地区逐渐收复，急需整顿吏治，请吏部在本年新科进士和拔贡生抽签分配时，多派十余名到安徽，以充实官员队伍，使吏治气象一新。又附片奏报：上海四面受敌，李鸿章无法移驻镇江；多隆阿率军进入陕西，不能参与合围金陵。并附陈鲍超、曾国荃两军的大致情况。另附片奏明新任甘肃按察使刘于浔因江西本省防务紧要，暂时难以赴任。最后上奏江西士绅商人捐输军饷的名单，请予奖赏。
曾国藩的弟弟曾国荃击退来援的太平军。
六月初十日，金陵大营营官张胜禄（谥号壮勇公）在作战中阵亡。
六月十五日，鲍超（谥号公）率军攻克宁国府城。太平军将领洪容海献宁国县城投降，鲍超予以收编，并借助其部众收复广德州城。曾国藩命令鲍超挑选两千名降兵留用，其余人员设法遣散。
六月十六日，金陵太平军大举进攻湘军营垒，曾国藩的弟弟曾国荃率军将其击退。
曾国藩正式回复总理衙门，极力陈述借用印度军队协助剿匪的危害，建议应当婉言谢绝这一提议。
六月二十二日，曾国藩上奏折称：近日传闻洋人计划调遣印度军队于秋季大举来华助剿，臣就此致函与左宗棠、李鸿章商议，二人均认为洋人未必真会采取此行动。然既有此传闻，应由总理衙门向驻京公使核实确认，而后以道义为由婉拒，并陈明利害关系加以劝阻。若洋人执意不听，则须重申此前约定，声明我军进攻时无需外援助剿，克复城池后亦不留外兵驻守。
我们正全力与太平军作战，不宜再树强敌，应当以谦逊退让、忠诚信义的态度与洋人相处，避免猜疑，防止节外生枝，如此方能忍辱负重、成就大事。另附片奏报宁国府收复及各路军队情况。又附片奏报浙江失守后，投降太平军的官员林福祥、刘齐昂、米兴朝等人，请由左宗棠审讯后依法处决。又附片奏报提督江长贵请假回乡安葬亲人，其所属各营暂由唐义训兼管，并酌情裁撤部分兵力，以节省军饷开支。又上奏采访忠义事迹第七案的奏折。另附片奏报阳湖、休宁等县绅士杨锡嘉、汪念祖、胡泽顺等人殉难情况，汇总入第七案，分别请求朝廷赐予表彰和抚恤。
这个月，曾国藩的次子曾纪鸿以县试第一名的成绩考入县学。
七月初二日，曾国藩紧急上奏：金陵陆军多次击退强悍敌军，阵亡总兵张胜禄请从优抚恤，阵亡军官刘永祥、鄢兰亭二人请予抚恤。又奏报鲍超一军围攻宁国、克复府城详细战况，并开列立功人员名单请奖。阵亡军官马胜奎、楚训武等十一人请予抚恤。附片奏报太平军将领洪容海率部归降，建议妥善安置。另上奏折请求核查江西受灾州县，减免钱粮赋税。附片奏请朝廷特旨豁免江西各州县历年摊派捐税款项，使地方官员免于亏累，百姓免受苛征之苦，以整顿吏治。又附奏遵旨推荐西北各省布政使、按察使人选。另奏请暂缓江南、江西三省军政考核。
七月初四日，曾国藩视察轮船机器设备。
七月初六日，李续宜接到丧报回乡守制，曾国藩暂时代理安徽巡抚职务。李续宜将其麾下成大吉、萧庆衍、蒋凝学、毛有铭等部军队交由曾国藩统一调遣。
七月初十日，曾国藩紧急上奏：安徽巡抚李续宜因丧母请求回乡守制，请朝廷参照此前胡林翼丁忧之例，准予数月假期，仍令其假满后回安徽署理巡抚事务。附片奏报近期军情概况。又上奏采访忠义事迹第八案。同时奏请暂缓江南武举乡试。另附片奏报水师将领杨载福更名为杨岳斌。
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