初七日，鲍超等陆军与彭玉麟等水师联合攻克东关太平军营垒。初十日，官军攻占铜城闸。
十二日，曾国藩紧急上奏，报告石涧埠、庐江、桐城、舒城、六安州等地相继解围的情况，并随折保举刘连捷、毛有铭等六名将领，同时为阵亡参将黄仁亲等十一名军官请求抚恤。附片中汇报近期军情，奏称：徽州郡防务兵力薄弱，是臣部署最为疏忽之处。流窜至鄱阳的太平军已逼近浮梁，江西门户堪忧。皖北的太平军全部向东转移，并未西犯湖北边境，已属大局之幸。现已命令鲍超等部进军追击，并调派蒋凝学、毛有铭、成大吉等部在寿州会师，共同剿灭苗沛霖叛军。
同日，曾国藩又上奏折陈述：江苏、湖北等省原本属于两淮盐引销售区域，但长期被邻近地区的私盐侵占，难以在短期内恢复原有制度。经核查当前形势，暂时难以改行官运盐法。另在附片中奏报：在籍侍讲吕锦文于宁国办理团练防务期间，因捐输事宜遭人弹劾，现已查明实情并覆奏。同时上呈第十四批忠义事迹采访结果。
此时都统富明阿驻军江北地区，委派知府杜文澜试行官运淮盐，销往湖北口岸。
十八日，易开俊在泾县击败太平军。朱品隆在青阳击溃敌军。
二十二日，曾国藩上奏谢恩折称：臣弟曾国荃补授浙江巡抚，兄弟二人同担重任，皇恩愈重，报效愈难！恳请辞去浙江巡抚一职，以布政使身份效力军前！随折附奏新授江苏布政使万启琛请求辞官之片。另为胞弟曾贞干获朝廷追赠官衔、议定抚恤、赐予谥号并建专祠一事，专折叩谢皇恩。同日鲍超等军收复巢县县城。
曾国藩派遣李榕率军渡江南下增援池州。二十三日，攻克建德县城。
二十四日，鲍超等部攻克含山县城，继而收复和州城。至此皖北地区的太平军全部撤退。
二十七日，曾国藩紧急上奏，报告水陆官军联合攻克东关、铜城闸两处要隘的战况，并为阵亡士兵彭胜华、曾彩云、胡德云、石太和请求抚恤。随附奏片陈述军情，称战事进展迟缓，半因军饷极度匮乏，鲍超、毛有铭两军均出现因缺饷而士兵逃散的情况。臣治军九年，向来不敢轻易上奏请饷，既不愿以危言烦扰圣听，又不愿以苦语动摇军心。现因发生士兵逃散事件，不得不据实密奏。恳请从九江洋税项下每月拨银三万两接济安徽军饷，并请朝廷特派大员南下，稍分臣之责任。
同日，曾国藩又上奏折，附保雨花台解围战役中表现突出的官员将领，开列名单请求嘉奖。另在附片中奏报：新任云南迤东道黄冕，现正负责东征筹饷局事务，请准其暂缓赴任。并拟调该道员来营，当面商议淮盐事务，与运使郭嵩焘共同筹划盐政。同时附片奏请抚恤被苗沛霖部练勇杀害的凤台县知县蔡锷。
曾国藩初任两江总督时，曾奏请拨付江西漕粮折银，用以供给徽州、宁国防军粮饷。此时沈葆桢上奏请求将这笔款项留作江西本省防军使用，经户部审议批准。曾国藩既失去这笔巨额饷银，此后请求筹饷的奏折，言辞愈发恳切，而奏请朝廷派遣重臣分担责任的奏疏，也已三次上呈。
曾国藩的弟弟曾国荃率军攻破雨花台及金陵南门外太平军营垒共十座，这些均为敌军坚固工事。同时调遣彭毓橘部回防金陵大营。
寿州知州毛维翼率少量守军顽强固守州城，虽兵寡粮尽仍坚守不退。毛有铭、蒋凝学两部前往增援，在九里沟扎营时遭遇捻军阻截，未能继续前进。
皖南地区遭受战乱最久，百姓甚至数月间人吃人。曾国藩听闻后，神色悲痛，引咎自责，常感叹道：“身处乱世而担当重任，实乃人生最大的不幸。”
当月，李鸿章率军攻克昆山县城。
骆秉章擒获太平军首领石达开，并将其处决。自永安州起事以来，最初受封的五个太平军伪王，至此已全部毙命。
五月初三日，易开俊在泾县击败敌军。
初五日，江北敌军从九洑洲渡江南下。
曾国藩调派成大吉、周宽世两军增援寿州，同时命李朝斌率水师前往上海，以便腾出黄翼升水军沿长江进入淮河，支援临淮官军。
初七日，李裕军前往湖口县增援剿匪。
初十日，李朝斌率水师顺流而下进驻浦口，截击渡江南逃的敌军，致使大部分敌军无法渡江。杨岳斌指挥水师攻入浦口，收复江浦县城。鲍超、刘连捷等部陆军沿江追击，与水师形成夹击之势，未及渡江的残敌被全歼，尸横遍野达数万具。至此长江以北地区彻底肃清。
十二日，曾国藩紧急上奏，报告金陵官军攻克雨花台太平军所筑伪城及聚宝门外各处石垒的战况，并随奏折保举总兵李臣典、晏澧周等八名将领。同时奏报水陆两军联合攻克巢县、含山、和州三城，随折保举成发翔、彭毓橘、萧度衍等十名将领，并为阵亡参将陈邦荣等十二名军官请求抚恤。另附奏片报告皖南、江西军情，提及寿州形势危急，虽已调派水陆官军增援剿匪，但恐难以及时救援。
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