十三日，曾国藩的弟弟曾国荃与杨岳斌、彭玉麟率领水陆两军联合攻克下关、草鞋夹、燕子矶等处的太平军堡垒。
十五日，李朝斌、成发翔、刘连捷等部猛攻九洑洲太平军营垒，激战后大破敌军，斩杀两万人，清军官兵也伤亡两千余人。当日攻克九洑洲，长江江面敌军被彻底肃清。鲍超等部陆军随即渡江，会攻金陵。曾国藩自奉旨肃清江面、组建水师以来，历经十年，至此终告全功。长江上下游完全平定。曾国藩从安庆拨发白银一万两，犒赏此役参战将士。
芜湖方面，吴坤修等率陆军击溃敌军，乘胜收复金宝圩。
易开俊、刘松山在泾县连续击败敌军。
十八日，曾国藩之弟曾国荃攻克长干桥敌军堡垒。
二十三日，朱品隆在青阳接连击破敌军。
二十六日，刘典、王文瑞联合江西官军在陶溪渡大败敌军。景德镇、鄱阳县一带宣告肃清，残余敌军全部退往湖口。
二十七日，曾国藩紧急上奏，汇报水陆各军联合攻克江浦、浦口、草鞋夹、燕子矶等城垒，并全力攻破九洑洲要隘，长江江面已完全肃清。随奏折保举总兵喻俊明、丁泗滨等二十六名将领，并为阵亡副将邬桂芳、胡俊友请求抚恤。另附奏片报告皖南、江西及寿州军情，指出金陵城大且敌军众多，难以迅速合围，必须严密封锁敌军粮船补给。请求朝廷下令总理衙门照会西方各国，禁止其轮船在金陵城外停泊。
同日，曾国藩又上奏折，为鲍超部攻克宁国府及在泾县、西河取得胜仗的三次战役中表现突出的将士请功，并附名单请求嘉奖。另上奏折为毛有铭部屡次攻破颍西捻军圩寨、协同攻克运漕镇的有功将士请功，同样附名单请求嘉奖。随奏附片举荐和弹劾江西厘金局官员。同时报告江忠义率领楚勇抵达江西，正从九江渡江进剿湖口敌军。
本月，曾国藩与李鸿章联名上奏，请求朝廷核减苏州、松江两府及太仓州过重的赋税。
六月初二日，朝廷颁布上谕：“曾国藩为其弟曾国荃上奏恳请辞去巡抚任命，曾国荃亦奏请收回成命，以辞去布政使职务专心办理军务。该大臣等受宠若惊，坚决辞谢恩命，确实出于至诚。但朝廷论功行赏，权衡得当。现今军务紧急，时局艰难，凡为臣子，正应勤勉效忠，共济时艰。该大臣应当督率曾国荃忠诚报国，以不负朝廷委任，不必再行辞谢朝命。钦此。”
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