五月二十九日，曾国藩呈递奏折回复称：据天津镇道官员禀报，武兰珍供出的王三已经抓获，必须审讯取得确切供词。武兰珍是否确实受王三指使？王三是否确实由教堂豢养？挖眼剖心的说法，究竟是凭空谣传，还是确有证据？这两点是本案最关键之处！必须从这两方面深入审讯，力求公平公正，才能令中外人士心服。圣旨命臣前往天津，仍关心臣的病情。臣的眼疾是根本之病，将来必须辞官调养，不敢以病体长期担任要职。至于新患的眩晕之症，现已好了八成，臣不敢以病推诿，只要稍能支撑，就立即前往。现先派道员博多、宏武等人迅速赶赴天津，会同天津道、府官员详细审讯办理。
六月初一，朝廷颁布上谕：“曾国藩奏折中所说‘案中最关键之处’等语，可谓切中要害，简明扼要。近日若身体尚能支撑，即命其前往天津，会同崇厚认真商议办理。钦此。”
崇厚驻守天津近十年，长期在民众与教会之间调停，颇受世人讥讽。天津教案爆发后，崇厚发布告示要求民众解散，其中包含严禁聚众闹事的言辞，因此招致民怨沸腾。不久崇厚奉旨出任驻法国公使，其三口通商大臣一职由大理寺卿成林暂时代理。
六月初四，曾国藩临行前写下遗书，主要内容是：“我自咸丰三年招募乡勇之初，就立誓为国效命疆场。如今年老多病，值此危难之际，决不会吝惜一死，辜负当初的誓言。”初六日，他从保定启程，当晚住宿高阳县。初七日，抵达任邱县暂住。他上奏折报告启程日期，并说明已与崇厚多次书信商议，计划先处理俄国方面被误伤的三人，以及英国、美国两国教堂的赔偿事宜，不与法国案件一并解决，以免混淆不清。
六月初八日，朝廷颁布上谕：“此案起因在于拐卖幼童，最关键之处在于是否确有实据，必须彻底查究。待是非曲直查明后，方可另作处置。至于洋人死伤众多，若不严惩带头闹事者，此案难以了结。曾国藩计划先将俄国人命案及英、美教堂事宜单独议结，此议甚为妥当。钦此。”
六月初十日，曾国藩抵达天津。天津民间原有名为“水火会”的民团组织，人数众多，因怨恨崇厚偏袒教会，都期待曾国藩到任后能彻底改变崇厚的做法。曾国藩刚受命处理此案时，前来献策者众：有人主张利用天津民众的义愤驱逐洋人；有人建议联合俄国、英国等国共同对付法国；有人要求弹劾崇厚以振奋民心；还有人提议调集军队以备战事。
曾国藩坚持维护和局，不愿与洋人挑起争端引发战事。他在给崇厚的信中写道“有福同享，有谤同当”。到天津后发布告示晓谕民众，非但没有嘉许他们的义愤，反而严令禁止滋事。因此天津百姓将对崇厚的怨恨转移到了他身上。
曾国藩刚到天津时受理诉讼，收到数百份状纸。经查证，所谓“挖眼剖心”之说并无实据；而拐卖案中抓获的教堂涉案人员王三、安三等人都是市井无赖，供词反复狡辩，难以定案。曾国藩命办案官员暂缓审讯，为洋人留出转圜余地，只下令缉拿天津闹事民众。这一做法立即招致京城士大夫们的纷纷非议。
六月十一日，曾国藩收到法国外交官发来的一份照会，是由北京总理衙门转递至天津的，措辞语气还算平和。
十二日，英国外交官前来拜会。
十三日，美国外交官前来拜会。
十四日，内阁学士宋晋上奏称：和局固然需要保全，但民心也不可丧失，建议在沿海口岸部署防御兵力，同时委婉劝谕各国，采取分化瓦解的策略。朝廷下旨命曾国藩酌情处理，并据实奏报。
六月十六日，曾国藩正式行文回复总理衙门，为洋人辩白“挖眼剖心”的谣言纯属诬陷。
十八日，他专门上奏折报告永定河南岸五处堤防决口之事，自请朝廷处分，并建议对相关河工官员予以惩处。
十九日，法国外交官罗淑亚前来会面。
二十一日，崇厚前来通报，称洋人将借机生事，提出要天津知府、知县等官员抵命的要求，曾国藩当即严词拒绝。
二十二日，法国外交官罗淑亚再次前来，态度极为蛮横。随后又送来一份照会，公然要求“将天津知府、知县及提督陈国瑞等人抵命”。
六月二十三日，曾国藩将当前查办情况正式照会洋人，并对其无理要求予以驳斥。当日即与崇厚联名上奏，奏报称：王三虽曾供认向武兰珍提供迷药，但供词反复无常。经查仁慈堂收容人员，均无被拐卖证据。至于挖眼剖心之说，纯属谣言，毫无事实依据。
这类谣言不仅天津流传，各省皆有。按常理推断，绝无此事。至于天津民众产生愤懑情绪，确有其因：其一，教堂终年紧闭，外人无从窥探内情；其二，中国百姓到仁慈堂治病，往往久留不出。
其三，仁慈堂处理死者时存在清洗尸体、缝合眼睑等异常举动；其四，病患在仁慈堂接受治疗期间，即使亲属在场也不得相见；其五，堂内掩埋尸体时，常有一棺装入两三具尸体的现象。百姓积此五重疑虑，终致群情激愤不可遏制。
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