他甚至对都城的布局也按照《周礼·考工记》的理念进行规划，使洛阳城尽可能恢复魏晋旧观，象征着对华夏正统的全面回归。
然而，这场自上而下、急风暴雨式的改革，不可避免地遭遇了强烈的反弹。
改革的反对者并非仅限于平城的留守贵族，即便在迁到洛阳的统治集团内部，不满的情绪也在暗流涌动。
他们认为皇帝过于激进，抛弃了祖先的勇武传统，使鲜卑人变得文弱，且过度优待汉族士人，损害了他们的既得利益。
这种矛盾最终以最激烈的形式爆发出来。
太子元恂，年仅十四岁，体貌肥大，深苦河洛暑热，每每追念北地凉爽，且其本性不喜读书学习，对汉化政策极为抵触。
他趁孝文帝巡幸嵩岳之机，与左右密谋，欲轻骑奔回平城，并亲手杀死了屡次劝谏他的中庶子高道悦。
事发后，孝文帝震怒异常，返回洛阳后，即刻将元恂废为庶人，囚禁于河阳无鼻城，不久后又赐其饮鸩自尽。
与此同时，穆泰、陆叡等鲜卑元老在平城秘密联络，推举阳平王拓跋颐为首领，策划发动兵变，欲拥立朔州刺史、阳平王拓跋颐（后因其不从，改谋拥戴赵郡王拓跋干之子拓跋祯）为帝，据守平城与洛阳对抗。
孝文帝获悉密报后，当机立断，派任城王元澄率军疾驰平城，以迅雷不及掩耳之势扑灭了这场未遂的叛乱，穆泰、陆叡等主谋皆被处死。
太子被废杀与平城叛乱的平定，标志着孝文帝以铁血手腕扫清了改革道路上最直接、最危险的障碍，但也揭示了这场文化革命所付出的惨痛代价与内部撕裂的深度。
在镇压了这些反抗后，孝文帝的改革步伐并未停歇，他继续向南朝用兵，渴望在军事上也能证明北魏作为华夏正统继承者的实力，最终于太和二十三年在南征途中病逝，年仅三十三岁。
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