随着一位独自旅行的、看起来温和内向的年轻大学生海老名稔登船，预定的十位乘客（加上柯南是十一人）终于到齐。
服务生向询问的管理人员解释，最早到达的那位“忘了带东西”的老先生其实已经返回船上，并在晚餐前先行休息，特意嘱咐不要打扰。
这位老先生被介绍为一位海洋研究学家，名叫 达才三。
“交响乐号”在夕阳的余晖中，拉响了汽笛，缓缓驶离港口，奔向浩瀚无垠的太平洋，壮丽的景色让乘客们心情舒畅。
小兰模仿着电影《泰坦尼克号》里的经典场景，冲到船头，张开双臂对着大海呐喊：“I am the king of the world！”
引得毛利小五郎在一旁嘟囔，担心地说：“电影看多了，要是沉船了怎么办？真是触霉头！”
而那位名叫矶贝渚的女青年，则独自倚在栏杆旁，望着被夕阳染成金红色的海面，幽幽地说：“是啊，大海永远都会隐藏一切……无论是痛苦的回忆，不安定的未来，甚至是……尸体一样啊。”
她随即意识到失言，连忙道歉：“真对不起，看我说到哪去了……我父亲过去就是死在海里，所以……”
这番带着不祥气息的低语，与眼前的美景形成了对比，为这次航行蒙上了一层挥之不去的阴影。
小兰试图驱散这压抑的气氛，说道：“说起来我们都得心怀感激，多亏了那个叫古川的人策划了这次的旅行。”
接着，她分享了自己的发现：“其实我知道这个人是谁哦！刚才我不是捡了个印章吗？刚好被我看到上面刻了古川两个字。柯南你也看到了吧？”
毛利小五郎恍然大悟，说：“哦，所以刚才你才会向那个家伙道谢啊！”
“对，这不就清楚了吗？刚才拿着那个印章的人就是古川先生，他一定是想在晚餐的时候再表明身份，好给大家一个意外的惊喜呀！”小兰兴奋的说。
但矶贝渚却皱起眉头，提出了一个关键的矛盾点：“那就奇怪了啊，我刚才问过那个人的名字，他明明说他姓龟田啊。”
晚餐时间，乘客们陆续来到餐厅。
除了毛利一行人、鲛崎组长、矶贝渚、以及那位神秘的龟田先生外，还有几位引人注目的乘客：
蟹江是久：一个眼神锐利、沉默寡言、身形高大的男子，透着一股精干甚至危险的气息。
鲸井定雄：一个看起来有些紧张、神经质，不停搓着手，眼神游移不定的男人。
晚餐后，鲛崎岛治将毛利小五郎拉到一处无人的角落，神情是前所未有的凝重。
他压低了声音，说出一个名字：“听着，毛利……我上这艘船，是为了抓一个人——达才三。”
在接下来的对话中，鲛崎向毛利揭示了20年前那桩悬而未决的巨大悬案：
“黑影计划师”达才三，是20年前“4亿元强盗杀人案”的主谋。他以思维缜密、计划周详到令人发指而闻名，作案时独来独往，且有一个不伤人的原则。
然而，在20年前那起最后的劫案中，他却意外地杀死了一个人。案发后，警方只在海边发现了他的带有弹孔和血迹的衣物，从此他便人间蒸发，被普遍认为已经死亡。”
“但是，”鲛崎组长目光如炬，斩钉截铁地说，“我坚信他还活着！而且，他就化名‘古川大’，住在这艘船的101号房！”
他之所以如此肯定，并在这个“特别的日子”出现在这里，是因为一个迫在眉睫的、无法逆转的期限——当晚午夜12点，将是这起4亿元强盗杀人案法律追诉期的截止时刻。
一旦时钟走过12点，即使找到了达才三，法律也无法再就这起案件对他进行制裁。
更关键的是，鲛崎组长指出，虽然达才三本人即将逃脱法网，但他的三名同伙却仍未脱离法律追诉期。
只要能找到达才三，就有可能顺藤摸瓜，揪出那三名同伙，追回部分赃款。
鲛崎组长甚至强烈怀疑，那三名同伙可能也已经混上了这艘船。
就在鲛崎与毛利紧张地展开搜索时，服部平次——这位来自关西的高中生侦探——也现身于甲板。
他与柯南、小兰的相遇，揭示了另一条线索。
平次表示，他之所以会上船，并非因为电视猜谜，而是因为在一周前收到了一封附有10万旧钞、署名“古川大”的神秘委托信，请他到小笠原调查一件案子。
他觉得事有蹊跷，本想找毛利大叔商量却联系不上，于是决定上船一探究竟，并将钱归还原主。
至此，两位侦探——工藤新一（柯南）与服部平次——因同一股神秘力量而齐聚“交响乐号”，他们都意识到，这次旅行是一个精心设计的局，背后必然隐藏着巨大的阴谋。
时间紧迫，鲛崎组长和毛利小五郎立刻前往101号房。然而，敲门无人应答，强行打开房门后，里面却是空空如也，床铺整齐，毫无任何近期有人居住过的痕迹。
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