原先在河内、东郡活动的白波黄巾军有的向曹操投降，有的向并州军投降，也有一部分流窜至河南郡，继续坚持斗争。
四月十三日，董卓率领张济、董旻、董璜等人浩浩荡荡地进入长安城。
入城时，他故意命令御史中丞皇甫嵩跪拜迎接，以达到羞辱的目的，报复当年之事，真是一个睚眦必报的小人。
朝廷各部门长官都要到他的太师府汇报工作，众大臣拜见董卓，都需下车跪拜，而他不需要回礼。
董卓封其弟董旻为左将军，侄子董璜为侍中，女婿牛辅为司隶校尉，宗族中人皆有封赏。
他还在封地修筑大型的坞堡，将搜刮来的财物，以及大量的粮食储备其中，幻想着即使被关东联军打败，也能躲在里面活到老。
董卓在长安还毁坏五铢钱，自己铸造了粗糙的小钱，疯狂敛财，导致市场紊乱，物价飞涨。
他还以种种借口，大兴牢狱之灾，没收财产，制造大量冤案。
朝中众臣，特别是董卓的幕僚们对董卓越来越不满，荀攸筹划，由伍孚前去刺杀董卓，不料临动手之际，被张济的侄子张绣识破。
张绣年纪虽小，却有一身的好本领，人长得也帅，平素就受董卓喜爱，经常带在身边，充作侍卫。
张绣只一枪就制住了伍孚，董卓本来还挺亲近这个伍孚，没想到伍孚会刺杀他。
董卓大骂：“你想造反吗？”
伍孚不屑，大声回应，：“你又不是我的君主，我也不是你的臣子，何来造反一说？你乱国篡权，罪大恶极，今天你死到临头，我就要杀你，只恨不能把你车裂于市，以谢天下！”
董卓一剑捅死伍孚，然后又追查同党，何颙，荀攸纷纷下狱，郑泰，华歆逃亡，投奔袁术。
当时的关东局势十分的复杂，袁绍与曹操同盟，袁术则与公孙瓒，陶谦结盟。
陶谦当时是徐州刺史，占据了除琅邪之外整个徐州。琅邪国在青州军手中，臧霸担任琅邪国相。
袁绍为了对抗袁术，便又联合袁术的邻居，刚刚统一荆州的刘表，双方结盟，以便南北钳制袁术。
袁术深感压力，便派孙坚攻打荆州，讨伐刘表。
刘表派大将黄祖在樊城迎战，可惜不是孙坚的对手，孙坚乘胜追击，渡过汉水，包围了襄阳城。
刘表闭门不战，却派黄祖在夜间悄悄出城，前往其他各城调集援军。
当刘表的援军到达之后，孙坚再次与其交战，还是获得了胜利。
孙坚不顾部下的劝阻，苦苦追杀黄祖，却被早有埋伏的黄祖部下，暗箭射中要害，不治身亡。
一颗璀璨的将星就此陨落，消息传开，举国皆惊！
董卓做为孙坚的敌人，也深感惋惜，追封其为龙骧将军。
吕布也是扼腕叹息，孙坚可是少有的胸怀国家之人，看他孤军讨董的过往，就足以见其品行！就连吕布也不得不佩服孙坚是一个真正的性情中人，忠烈之士！
孙坚战死，其侄孙贲带领孙坚余部扶灵还乡，依附于袁术。
一九零年八月
着名的谋士荀彧出人意料地离开袁绍，投奔了当时还只是东郡太守的曹操。
曹操得荀彧来投，如获至宝，夸赞荀彧是他的子房，任命为别部司马。
荀彧告诉他，让他做好准备，趁青州黄巾军寇犯兖州的机会，可以图谋兖州。
后来，事情果然如荀彧预料的一般发展，青州黄巾军进入兖州，攻破好多郡县，兖州刺史刘岱死于两军阵前。
济北相鲍信便奉迎曾经与他一起讨伐过董卓，志同道合的曹操入主兖州。
曹操自封兖州牧，与鲍信合兵一处，文有荀彧，武有夏侯惇、夏侯渊、乐进、李典、曹仁、曹洪。
屡次派出奇兵，连战连捷，最终成功击破青州黄巾军，不过可惜的是鲍信却死于最后一役，他的部下陈宫率领余部归顺曹操。
曹操还接收了十余万投降的青州黄巾军，他可没有杀俘虏，甚至连黄巾军的数十万家属也都接收安置在兖州屯田。
复起的青徐黄巾军至此基本上全部被平定，以后再也没有这么大规模以黄巾名义的农民起义了。
一九零年十月二十三日
清晨
长安未央宫
董卓今天起得格外早，他要参加在皇宫举行的庆祝宴会，庆祝皇帝大病初愈，献帝来到长安，可能是水土不服，就一直大病不起。
张绣早早就等在了太师府门外，应董卓的要求换上了一套华丽的铠甲。
董卓一见，赞不绝口，张绣倒提长枪，护送董卓进宫，不过董卓没有注意到的是，他的车驾周围的卫兵全都拉下了头盔的护面，护面之下都是些陌生的面孔。
车队沿着城中大道缓缓行进，当车队进入北掖门时，忽有董卓的部将李蒙、王方率大队甲士冲出，随后关闭了身后的宫门。
李蒙挺枪直刺董卓，董卓朝服之内却穿有内甲，一刺之下未伤及要害，不过也划伤了手臂。
董卓一边躲闪，一边高呼张绣护驾。张绣却不紧不慢地从怀中掏出一份诏书，大喊道：“奉诏讨董贼，乱臣贼子人人得而诛之！”
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